發(fā)布時間：2020-07-12 08:55

【摘要】：利用可靠且準確的特征選擇方法識別不同狀態(tài)之間的差異表達基因及其交互作用在疾病診斷和預(yù)后中起著重要的作用。然而,基因組學(xué)數(shù)據(jù)一般具有小樣本和高維特征的特點,這給基因組學(xué)分析帶來了極大的挑戰(zhàn)。目前已經(jīng)有很多基于這種高維數(shù)據(jù)的統(tǒng)計方法來探索其差異表達基因和基因共表達網(wǎng)絡(luò)。本文的研究內(nèi)容主要分為兩個方面:(1)構(gòu)建了一個識別微陣列數(shù)據(jù)的差異表達基因的統(tǒng)計模型;(2)構(gòu)建一個新的統(tǒng)計模型探索基因共表達網(wǎng)絡(luò)的重布線模式。目前大多數(shù)方法主要通過假設(shè)檢驗來確定癌癥的微陣列數(shù)據(jù)中的單個基因是否有差異表達。由于癌癥的微陣列數(shù)據(jù)一般存在噪音,因此不能通過直接分析這些數(shù)據(jù)來檢測癌癥相關(guān)的基因。進而,需要新的統(tǒng)計方法來分析微陣列數(shù)據(jù)中基因表達水平的差異。在第一項研究中,我們使用學(xué)生t統(tǒng)計量來分析乳腺癌的微陣列數(shù)據(jù)。相同的基因在不同的數(shù)據(jù)集中可能有不同p值,我們將整合不同樣本集中相同基因的p值來聯(lián)合分析基因的差異表達水平�；谶@種整合多個獨立數(shù)據(jù)集的學(xué)生t統(tǒng)計量的p值思想,我們提出了一種新的整合多變量的群稀疏(IMGS)模型。這個模型可以學(xué)習(xí)有關(guān)乳腺癌數(shù)據(jù)中的差異表達基因。在乳腺癌的微陣列數(shù)據(jù)集中,我們將由穩(wěn)定性選擇確定調(diào)優(yōu)參數(shù)的IMGS模型與學(xué)生t統(tǒng)計量方法以及元分析模型進行比較分析。實驗結(jié)果表明,我們的方法比對比模型的結(jié)果都好。在高維數(shù)據(jù)的條件下,盡管所有方法都能合理的識別出真正差異表達基因。在關(guān)于基因表達數(shù)據(jù)的生物醫(yī)學(xué)分析中,IMGS方法是一種更為合適的確定顯著性基因的統(tǒng)計方法相對于對比方法。本文的第二項研究主要是通過建立一種新的統(tǒng)計方法來確定基因共表達網(wǎng)絡(luò)中的中樞基因�；谕茢喾喊┌Y數(shù)據(jù)的過表達基因的特有模式,我們提出了一種新的整個差異基因共表達網(wǎng)絡(luò)(IDCG)模型。我們采用皮爾遜相關(guān)系數(shù)刻畫基因表達數(shù)據(jù)間的相關(guān)性和Fisher z變換初始化模型。IDCG模型是一種較為合適的統(tǒng)計分析方法來推斷泛癌癥數(shù)據(jù)的相關(guān)基因。同樣,我們采用穩(wěn)定性選擇方法確定調(diào)優(yōu)參數(shù)。共表達數(shù)據(jù)可以富集不同癌癥的基因表達信息,這有助于對每種癌癥中的中樞基因進行功能性分析�；贗DCG網(wǎng)絡(luò)方法確定的功能基因具有相似或相同的表達模式,這有助于揭示泛癌癥研究中潛在分子機制以及其差異共表達模式。
【學(xué)位授予單位】：華中師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：Q811.4;R73-3

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 郭昌;傅明駿;邱龍新;;共表達網(wǎng)絡(luò)分析方法及其在生物醫(yī)藥領(lǐng)域中的應(yīng)用[J];高師理科學(xué)刊;2018年01期

2 宋欣雨;文昱琦;劉禎;何松;伯曉晨;;基于LINCS轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)的藥物誘導(dǎo)基因共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[J];軍事醫(yī)學(xué);2018年06期

3 許淼;楊勇;鄧綺文;沈建通;劉衛(wèi)鋒;楊文靜;劉克玄;;LncRNA與凋亡相關(guān)基因在小鼠腸缺血再灌后腸黏膜表達譜中的變化及共表達網(wǎng)絡(luò)關(guān)系[J];中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2019年01期

4 肖永樂;楊璐一;梁歌;萬小平;羅公民;呂學(xué)斌;王澤洲;高榮;;修飾殼聚糖包裹的豬IL-2和IL-4/6共表達對小鼠免疫效應(yīng)的影響[J];四川畜牧獸醫(yī);2018年06期

5 耿風(fēng)廷;趙曉瑜;高珊;;多基因在大腸桿菌中的共表達策略[J];生物技術(shù)通訊;2007年02期

6 包世俊;丁小琴;邢小勇;薛慧文;伏小平;武小椿;溫峰琴;;滑液支原體WVU1853株pdhA、pdhB的原核共表達及表達產(chǎn)物酶活性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報;2019年09期

7 熊泰特;萬小平;陳建林;肖永樂;陳義輝;熊旗;李江;呂學(xué)斌;王澤洲;高榮;;共表達豬IL-2與融合抗菌肽重組質(zhì)粒的構(gòu)建及其小鼠免疫效應(yīng)研究[J];畜牧獸醫(yī)科技信息;2018年03期

8 王成宇;姚心茹;劉晶;胡譯文;趙維靜;姜延龍;王春鳳;;共表達基因Ⅱ型新城疫病毒F、HN蛋白mcDNA載體的構(gòu)建[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2018年23期

9 許家瑞;劉冬冬;李貝貝;陳夢麟;汪灣;黃凱鈴;鄭周霞;徐建華;;乳腺癌生存期相關(guān)長非編碼MAPT-AS1及其共表達基因篩選與驗證[J];中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2019年03期

10 馬蓉;徐昊;丁銳;敖永華;張立軍;;大腸桿菌多基因共表達策略[J];中國生物工程雜志;2012年04期

相關(guān)會議論文 前6條

1 曾麗玲;周筠梅;;C-domain對Trigger Factor體內(nèi)分子伴侶作用的影響[A];第七屆全國酶學(xué)學(xué)術(shù)討論會論文摘要集[C];2004年

2 江賢章;陳金卿;柯崇榕;田寶玉;舒正玉;高嬡媛;黃建忠;;海洋破囊壺菌△5-延長酶與△4-脫飽和酶在釀酒酵母中的共表達[A];華東六省一市生物化學(xué)與分子生物學(xué)會2008年學(xué)術(shù)交流會論文摘要匯編[C];2008年

3 周鵬;查向東;王作利;;共表達陰離子配體生產(chǎn)重組陽離子抗菌肽的研究[A];格萊姆抗菌肽——抗菌肽開發(fā)與應(yīng)用技術(shù)研討會論文集[C];2009年

4 孫中文;邱玉華;王鳳鳴;馬泓冰;程鋼;徐耀瑜;胡玲玲;張學(xué)光;;GL50/ICOS在活化T細胞上的共表達及生物學(xué)意義[A];中國細胞生物學(xué)學(xué)會第九次會員代表大會暨青年學(xué)術(shù)大會論文摘要集[C];2007年

5 覃宗華;蔡建平;謝明權(quán);葉秀華;王佩瑤;陳聞;;雞艾美耳球蟲抗原基因在減毒沙門氏菌的共表達及免疫效果研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜寄生蟲學(xué)分會第五次代表大會暨第八次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2004年

6 孫立;田曉濱;張宇坤;郜勇;楊述華;;人BMP2及VEGF雙基因共表達腺病毒穿梭質(zhì)粒的構(gòu)建及鑒定[A];2006年貴州省醫(yī)學(xué)會骨科學(xué)分會學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2006年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 NAPAGODA ARACHCHIGE DISNA NAMALEE NAPAGODA;基于微陣列技術(shù)的差異基因與差異網(wǎng)絡(luò)識別研究[D];華中師范大學(xué);2018年

2 張倩也;重疊基因CD3EAP和PPP1R13L共表達模式及其miRNA調(diào)控在多環(huán)芳烴致肺癌變中的作用與機制[D];中國醫(yī)科大學(xué);2019年

3 徐莉;人補體調(diào)節(jié)蛋白基因的克隆、共表達及功能研究[D];武漢大學(xué);2005年

4 王磊;轉(zhuǎn)植酸酶和內(nèi)切葡聚糖酶基因乳酸桿菌的構(gòu)建及其肉雞飼喂效果驗證[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2014年

5 曹培健;水稻芯片和系統(tǒng)基因組數(shù)據(jù)庫開發(fā)與應(yīng)用[D];浙江大學(xué);2011年

6 劉拂曉;小反芻獸疫病毒樣顆粒的構(gòu)建及對小鼠免疫效力的評價[D];吉林大學(xué);2013年

7 路伏增;狼山雞營養(yǎng)和發(fā)育調(diào)控及其分子機理研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

8 劉敏;纖維素酶系在大腸桿菌中的構(gòu)建及改造[D];浙江大學(xué);2013年

9 郭凱;水稻細胞壁基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及4CL基因演化模式解析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

10 鄧敏;玉米籽粒氨基酸全基因組關(guān)聯(lián)分析與連鎖分析及玉米和水稻代謝組的比較分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2017年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 高亞東;共聚焦顯微內(nèi)鏡診斷胰膽管狹窄的薈萃分析及膽管癌的加權(quán)基因共表達模塊構(gòu)建[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2019年

2 李云飛;基于加權(quán)網(wǎng)絡(luò)的精神分裂癥基因腦區(qū)共表達研究[D];湖南大學(xué);2015年

3 許秀勤;玉米籽�；�?qū)脖磉_模式的動態(tài)關(guān)聯(lián)分析[D];濟南大學(xué);2017年

4 張德懷;靈芝中單獨高表達氧化鯊烯合酶基因與共表達3-羥基-3-甲基戊二酰輔酶A還原酶基因提高靈芝酸產(chǎn)量[D];昆明理工大學(xué);2017年

5 孫維華;HBV相關(guān)性肝癌基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模與分析[D];湖北工業(yè)大學(xué);2016年

6 史鋒莉;用最短路徑傳遞共表達預(yù)測擬南芥基因功能[D];上海師范大學(xué);2011年

7 李萌萌;茶樹咖啡堿生物合成相關(guān)酶基因原核多基因表達載體的構(gòu)建及其體外表達調(diào)控[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

8 宇文偉剛;共表達型重組大腸桿菌不對稱還原產(chǎn)d-偽麻黃堿的研究[D];江南大學(xué);2009年

9 武鑫;茶樹咖啡堿生物合成關(guān)鍵酶基因的原核表達及功能驗證[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

10 張嬌;酶法合成脫氧胸苷酸和脫氧胸苷三磷酸[D];華東理工大學(xué);2016年

本文編號：2751718