發(fā)布時(shí)間：2020-07-01 22:09

【摘要】：大刺鰍(Mastacembelus armatus)隸屬于硬骨魚綱Osteichthyes,合鰓魚目Synbranchiformes,刺鰍科Mastacembelidae,主要分布于熱帶和亞熱帶河流與湖泊。大刺鰍的肌肉蛋白質(zhì)含量高,氨基酸種類豐富,是一種廣受消費(fèi)者喜愛的優(yōu)質(zhì)食用魚類。近年來,由于過度捕撈及水生態(tài)環(huán)境惡化,野生大刺鰍資源逐漸減少,而大刺鰍人工養(yǎng)殖在廣西、廣東以及福建等省蓬勃發(fā)展起來。當(dāng)下人們對大刺鰍的研究主要集中在生物學(xué)、生理學(xué)和遺傳學(xué)領(lǐng)域,關(guān)于大刺鰍線粒體和轉(zhuǎn)錄組方面的研究還比較少。本研究基于Sanger測序方法成功地對大刺鰍及其近源種紅紋刺鰍(Mastacembelus erythrotaenia)線粒體基因組進(jìn)行繪制,并進(jìn)一步分析了其序列組成及系統(tǒng)發(fā)育信息;另外,基于Illumina測序技術(shù),對大刺鰍感染維氏氣單胞菌前后脾臟組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析,獲得了大量的功能基因和分子標(biāo)記信息。通過比較感染前后大刺鰍脾臟的基因表達(dá)量信息,獲得了大量差異表達(dá)基因�；谵D(zhuǎn)錄組分析,還篩選得到多條TLRs基因。主要結(jié)論如下:1.紅紋刺鰍和大刺鰍線粒體DNA全長分別是16493 bp和16487 bp,均由13個蛋白質(zhì)、22個tRNA、2個rRNA和一個控制區(qū)基因組成。除了COI基因,其他12條蛋白編碼基因均以ATG為起始密碼子。系統(tǒng)發(fā)育分析表明大刺鰍和其他刺鰍聚為一支,說明它們親緣關(guān)系較為相近。中華刺鰍(Sinobdella sinensis)和長吻棘刺鰍(Mastacembelus aculeatus)聚為一支,并且它們線粒體堿基組成差異很小,推測它們?yōu)橥晃锓N�；诙鄺l刺鰍科及合鰓魚科線粒體11種蛋白編碼序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示刺鰍科與合鰓魚科聚為一支,支持了刺鰍科屬于合鰓魚目的觀點(diǎn)。2.通過對大刺鰍脾臟組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,共得到了110,328多條unigenes,總的GC含量為44.42%。其中有27,098條unigenes能被公共蛋白數(shù)據(jù)庫NR,Uniprot,KEGG和KOG注釋。注釋到GO中的uningenes被分到47個功能分類中,另外15,219條unigenes被成功歸納到KOG的25個功能分類中,16,523條unigenes被注釋到387條KEGG信號通路中。3.差異比較分析結(jié)果表明,有1278條顯著差異表達(dá)的unigenes,其中767條基因上調(diào)表達(dá),511條unigenes下調(diào)表達(dá)。對這些顯著差異表達(dá)的unigenes進(jìn)行GO分析,結(jié)果顯示這些unigenes被富集到43個GO條目中,其中有6個顯著富集的條目,分別是細(xì)胞外區(qū)域部分、免疫系統(tǒng)過程、刺激反應(yīng)、多生物過程、運(yùn)動和分子功能調(diào)節(jié)。KEGG分析結(jié)果表明,顯著富集的代謝通路有16條,均為免疫相關(guān)信號通路,如細(xì)胞因子受體相互作用、Toll樣受體信號通路、HTLV感染和腫瘤壞死因子信號通路等。4.基于轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果,本研究成功篩選出11條大刺鰍TLR基因cDNA序列,包括TLR2、TLR3、TLR5M、TLR5S、TLR7、TLR8、TLR9、TLR14、TLR21、TLR22和TLR23,其中只有TLR21和TLR23包含不完整的編碼區(qū)。SMART結(jié)構(gòu)域預(yù)測結(jié)果顯示,除TLR5S,TLRs基因均由多個LRR,一個跨膜和一個TIR結(jié)構(gòu)域組成。系統(tǒng)發(fā)育分析表明大刺鰍TLR基因與其他硬骨魚類序列同源性較高。組織表達(dá)量檢測結(jié)果表明,多數(shù)TLR基因在脾臟和鰓這兩個重要的免疫器官中表達(dá)最高。氣單胞菌感染后,大刺鰍多數(shù)TLR基因表達(dá)發(fā)生下調(diào),僅TLR5S基因表達(dá)量上調(diào)數(shù)十倍�；赑AML位點(diǎn)模型的正選擇分析結(jié)果表明魚類TLR2、TLR5M、TLR5S、TLR7、TLR8、TLR9、TLR14和TLR22均受到正選擇作用。
【學(xué)位授予單位】：中山大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S917.4
【圖文】：

大刺鰍外形圖

實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線圖

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2737333