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基于重組MS2病毒樣顆粒的急性早幼粒白血病PML-RARα融合基因檢測(cè)質(zhì)控品及其應(yīng)用研究

發(fā)布時(shí)間:2020-06-02 13:49
【摘要】:PML-RARβ融合基因檢測(cè)在急性早幼粒細(xì)胞白血病的臨床管理中發(fā)揮重要作用。使用逆轉(zhuǎn)錄定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-qPCR)的PML-RARα融合基因分子檢測(cè)可以證實(shí)基于形態(tài)學(xué)、免疫表型和/或凝血障礙篩查對(duì)APL的假定診斷。同時(shí),使用RT-qPCR連續(xù)檢測(cè)PML-RARα融合基因轉(zhuǎn)錄水平可以監(jiān)測(cè)最小殘留病(MRD),用于記錄白血病負(fù)擔(dān)并最終確認(rèn)分子緩解;赑ML-RARβ融合基因轉(zhuǎn)錄物的RT-qPCR檢測(cè)已廣泛開展于臨床常規(guī)實(shí)驗(yàn)室,尤其是血液病分子實(shí)驗(yàn)室。依據(jù)PML-RAR融合基因檢測(cè)目的,臨床真實(shí)骨髓標(biāo)本有核白細(xì)胞提取的總RNA可分為3個(gè)部分,即PML-RARα融合基因mRNA,內(nèi)參基因mRNA和其他無關(guān)RNA,其中無關(guān)RNA占總RNA 比例最大。我們選擇生物安全性高、穩(wěn)定性好、對(duì)RNA保護(hù)作用強(qiáng)的噬菌體MS2病毒樣顆粒(Bacteriophage MS2 virus-like particles,MS2VLPs)來制作PML-RARα融合基因、內(nèi)參基因和無關(guān)RNA的盔甲R(shí)NA。其中PML-RAR融合基因包括L、S和V三種亞型,選擇外源性23s rRNA作為無關(guān)RNA;旌螾ML-RARα融合基因不同亞型,內(nèi)參基因和23s rRNA的盔甲R(shí)NA,就可模擬有核白細(xì)胞總RNA組成特征和RNA產(chǎn)量,進(jìn)而制備不同PML-RRα轉(zhuǎn)錄水平的模擬白細(xì)胞樣本。針對(duì)不同亞型的PML-RARα融合基因,我們?cè)O(shè)計(jì)不同的APL臨床模擬病例,同時(shí)提供從入院診斷到隨訪的各個(gè)MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)的臨床檢測(cè)信息。依據(jù)APL病程不同MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)臨床信息制備不同的模擬白細(xì)胞樣本,作為PML-RARα融合基因檢測(cè)EQA樣本。根據(jù)PML-RARα臨床檢測(cè)流程,采用嚴(yán)格的EQA評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn),突出PML-RARα融合基因入院診斷篩查和定性檢測(cè)在臨床治療決策中的重要作用。參考多種國(guó)內(nèi)外基因診斷報(bào)告標(biāo)準(zhǔn),建立PML-RARα融合基因臨床檢驗(yàn)報(bào)告單評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),考查參評(píng)實(shí)驗(yàn)室臨床檢驗(yàn)報(bào)告的規(guī)范完整性。各實(shí)驗(yàn)室需根據(jù)APL模擬病例和質(zhì)控樣本臨床檢查信息,給出相應(yīng)的臨床治療方案和治療調(diào)整,以考查實(shí)驗(yàn)室與臨床科室的溝通意愿和能力。我們要求參評(píng)實(shí)驗(yàn)室對(duì)EQA樣本進(jìn)行融合基因檢測(cè)流程,包括RNA提取、白血病相關(guān)融合基因診斷篩查、定性和定量RT-qPCR檢測(cè),最終提交實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)回報(bào)表和臨床檢驗(yàn)報(bào)告。我們制備的模擬白細(xì)胞樣本對(duì)各種RNA提取方法有很好的適應(yīng)性,各實(shí)驗(yàn)室RNA產(chǎn)量與真實(shí)BM樣本基本一致(2.27~35.70μg),內(nèi)參基因的拷貝數(shù)104,可以滿足后續(xù)的PCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)。針對(duì)PML-RARα融合基因臨床檢測(cè)流程,在50家參評(píng)實(shí)驗(yàn)室中,30.0%(15/50)的整體表現(xiàn)被認(rèn)為是“優(yōu)秀”,8.0%(4/50)參評(píng)者被歸類為“尚可”,62.0%(31/50)實(shí)驗(yàn)室被納入“有待提高”。白血病相關(guān)融合基因診斷篩查和定量檢測(cè)的整體表現(xiàn)明顯優(yōu)于定性檢測(cè)和臨床檢驗(yàn)報(bào)告表現(xiàn)。(1)參評(píng)實(shí)驗(yàn)室的診斷篩查表現(xiàn)好,只有1家實(shí)驗(yàn)室出現(xiàn)PML-RARα亞型鑒定錯(cuò)誤結(jié)果。(2)RT-qPCR定性檢測(cè)表現(xiàn)不能令人滿意,51.0%(25/49)實(shí)驗(yàn)室在治療決策重要性的MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)出現(xiàn)了至少1個(gè)假陽性或假陰性結(jié)果,共報(bào)告28個(gè)假陽性結(jié)果和15個(gè)假陰性結(jié)果;RT-qPCR定量檢測(cè)穩(wěn)定性差,表現(xiàn)為參評(píng)實(shí)驗(yàn)室不同樣本之間檢測(cè)能力不一致,不同實(shí)驗(yàn)室之間檢測(cè)結(jié)果不一致;對(duì)PML-RAα融合基因低頻亞型V,RT-qPCR定性和定量檢測(cè)能力明顯差于亞型L/S。(3)臨床檢驗(yàn)報(bào)告規(guī)范完整性表現(xiàn)差,只有檢測(cè)結(jié)果卻很少有基于給定APL模擬病例的臨床解釋和進(jìn)一步檢測(cè)建議;多數(shù)臨床實(shí)驗(yàn)室有與臨床科室溝通意愿,但深度有待加強(qiáng)。綜上所述,模擬白細(xì)胞樣本可以勝任PML-RAR融合基因臨床檢測(cè)流程質(zhì)量評(píng)價(jià),在RNA提取、內(nèi)參基因和融合基因檢測(cè)方面成功模擬了臨床標(biāo)本特征。針對(duì)不同的室間評(píng)價(jià)結(jié)果,臨床實(shí)驗(yàn)室需要嚴(yán)格執(zhí)行PCR分區(qū)操作防止樣本污染,常規(guī)進(jìn)行室內(nèi)質(zhì)量控制,定期進(jìn)行儀器設(shè)備的維護(hù)和校準(zhǔn),以避免假陽性和假陰性結(jié)果;同時(shí)要主動(dòng)優(yōu)化和驗(yàn)證RT-qPCR檢測(cè)程序,完善實(shí)驗(yàn)室程序性文件,以保證實(shí)驗(yàn)室定量檢測(cè)結(jié)果的穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性。臨床實(shí)驗(yàn)室需關(guān)注檢測(cè)樣本的臨床信息,合理分析檢測(cè)結(jié)果,得出有專業(yè)臨床解釋的臨床檢驗(yàn)報(bào)告。臨床實(shí)驗(yàn)室需加強(qiáng)與臨床醫(yī)師之間的溝通交流,繼續(xù)參加室間質(zhì)量評(píng)價(jià)和教育活動(dòng),以改進(jìn)PML-RARα融合基因臨床檢測(cè)流程。本研究的創(chuàng)新性主要有:(1)使用MS2VLPs制備APL模擬白細(xì)胞樣本,包括PML-RAR融合基因低頻亞型V;(2)設(shè)計(jì)APL常規(guī)順利型和極端復(fù)發(fā)型病例,在不同MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)制備相應(yīng)PML-RAR融合基因轉(zhuǎn)錄水平的模擬白細(xì)胞EQA樣本,組成PML-RAR融合基因不同亞型的室間質(zhì)評(píng)樣本盤;(3)模擬APL臨床檢測(cè)流程,考查質(zhì)控樣本的RNA提取、入院診斷篩查、定性和定量檢測(cè),臨床報(bào)告與臨床治療;(4)建立了適合急性早幼粒白血病PML-RARα FG檢測(cè)流程的嚴(yán)格的EQA評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),評(píng)價(jià)實(shí)驗(yàn)室篩杏、定性和定量檢測(cè)能力:(5)建立臨床檢驗(yàn)報(bào)告單評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),考查PML-RAR融合基因臨床檢驗(yàn)報(bào)告的規(guī)范完整性;(6)設(shè)計(jì)APL模擬病例和各EQA樣本臨床檢查信息,以臨床治療響應(yīng)和調(diào)整的有無為指標(biāo)考查實(shí)驗(yàn)室與臨床科室的溝通意愿和能力。
【圖文】:

流程圖,檢測(cè)流程,融合基因,流程圖


RNA比例最大。其中PML-兄FG包括L、S和V邋3種亞型,外源性23s邋rRNA逡逑被選作無關(guān)RNA[7]。我們使用MS2邋VLPs來制作FG,CGs和23s邋rRNA逡逑的MS2盔甲RNA邋(圖2)。為模擬BM有核白細(xì)胞總RNA組成特征和總RNA逡逑產(chǎn)量,我們通過混合不同亞型的和內(nèi)參基因盔甲RNA,添加大量逡逑23srRNA裝甲RNA,來制備模擬白細(xì)胞樣本。針對(duì)不同亞型的PML-iMiteFG,逡逑設(shè)計(jì)不同的APL臨床模擬病例,包括從入院診斷到隨訪的各個(gè)MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)的逡逑臨床檢測(cè)信息。根據(jù)APL病程不同MRD監(jiān)測(cè)點(diǎn)提供的臨床信息,制備有限的逡逑不同FG轉(zhuǎn)錄水平的模擬白細(xì)胞樣本,作為PML-兄r潰徨澹疲茄切停蹋皺義稀危澹擁模牛眩裂九蹋郟保梗蕁N頤墻ⅲ校停蹋值牧俅布觳飭鞒痰氖壹渲柿科蘭坼巍義顯ぱ,包括_b危撂崛,白血病相关日娤基因珍Z仙覆,_b裕瘢校茫葉ㄐ院投考戾義喜,临床检验报告和临磦}瘟品從。辶x希保卞義,

本文編號(hào):2693250

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