【摘要】：第一部分:基于TCGA數(shù)據(jù)庫肺腺癌相關(guān)基因的篩選及生物信息學(xué)分析目的:挖掘與肺腺癌顯著相關(guān)的基因,探索肺腺癌的發(fā)病機(jī)制。方法:本研究通過挖掘TCGA數(shù)據(jù)庫中肺腺癌患者癌組織及癌旁組織的mRNA原始表達(dá)數(shù)據(jù),利用R軟件結(jié)合edgeR包進(jìn)行差異表達(dá)基因篩選(表達(dá)倍數(shù)2倍,P1-4E),選取前100個顯著上調(diào)和下調(diào)基因進(jìn)行GO分析、KEGG信號通路分析和蛋白質(zhì)互相作用網(wǎng)絡(luò)分析。結(jié)果:總共篩選出與肺腺癌顯著相關(guān)的基因5589個,其中上調(diào)基因4796個,下調(diào)基因793個。GO富集分析得出12個條目(FDR0.01),顯示這些基因生物途徑主要富集在有絲分裂核分裂、細(xì)胞分裂、血管生成、姐妹染色單體的凝聚力、有絲分裂姐妹染色單體分離、有絲分裂胞質(zhì)分裂、染色體分離;分子功能主要集中在蛋白質(zhì)結(jié)合;細(xì)胞定位主要有紡錘體極、濃縮染色體著絲粒、中體、紡錘體微管。KEGG通路分析得出這些基因涉及12個通路(P0.01),主要富集在細(xì)胞周期、瘧疾、卵母細(xì)胞減數(shù)分裂、p53信號通路等信號通路上。蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果提示處于網(wǎng)絡(luò)中心節(jié)點的蛋白有:拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅱα(TOP2A)、驅(qū)動蛋白超家族11(KIF11)、細(xì)胞周期蛋白B1(CCNB1)、驅(qū)動蛋白超家族20A(KIF20A)、紡錘體檢測點蛋白(BUB1B)、有絲分裂著絲粒相關(guān)驅(qū)動蛋白(KIF2C)、細(xì)胞周期蛋白B2(CCNB2)、細(xì)胞分裂周期相關(guān)基因8(CDCA8)、著絲粒蛋白A(CENPA)、母體胚胎亮氨酸拉鏈激酶(MELK)等。結(jié)論:通過生物信息學(xué)對肺腺癌相關(guān)基因的分析,發(fā)現(xiàn)肺腺癌的發(fā)生可能與有絲分裂的異常進(jìn)程有關(guān)。其中TOP2A、KIF11、CCNB1、KIF20A、BUB1B、KIF2C、CCNB2、CDCA8、CENPA、MELK等基因可能在肺腺癌的發(fā)生和進(jìn)展中起著重要作用。第二部分:BUB1B mRNA的表達(dá)與肺腺癌的臨床特征及預(yù)后研究目的:研究BUB1B mRNA表達(dá)與肺腺癌的臨床特征及預(yù)后的意義,進(jìn)一步認(rèn)識其在肺腺癌進(jìn)程中的重要作用,為肺腺癌的診治提供新的潛在基因靶點。方法:從TCGA數(shù)據(jù)庫獲取肺腺癌患者臨床資料并與第一章差異表達(dá)分析過程中標(biāo)準(zhǔn)化后BUB1B mRNA表達(dá)量數(shù)據(jù)整合,共納入501例樣本。通過BUB1B mRNA表達(dá)量的中位值(591.71)區(qū)分高表達(dá)與低表達(dá),利用卡方檢驗評估BUB1BmRNA高表達(dá)率與臨床特征之間的相互關(guān)系,kaplan-Meier法單一因素分析各變量與預(yù)后的關(guān)系,并制作生存曲線。多重因素分析用Cox比例風(fēng)險模型;P0.05有統(tǒng)計學(xué)意義。結(jié)果:1.全組患者中位生存期為48.5月(95%CI:40.5-56.4月),1年生存率為89.0%,3年生存率為62.1%,5年生存率為39.5%。2.BUB1B mRNA表達(dá)水平與性別、年齡、臨床分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移差異顯著相關(guān)(P0.05),而與腫瘤大小、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移無明顯相關(guān)(P0.05)。3.單因素分析顯示,肺腺癌術(shù)后的總生存率與臨床分期、腫瘤直徑、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移、BUB1B mRNA表達(dá)顯著相關(guān)(P0.05)。而性別、年齡無明顯相關(guān)(P0.05)。4.多因素分析顯示,臨床分期(HR:3.715,95%CI:1.664-8.293,P=0.001)和BUB1B mRNA表達(dá)(HR:1.572,95%CI:1.127-2.194,P=0.008)是肺腺癌患者預(yù)后的獨立危險因素。5.根據(jù)隨訪時間、性別、年齡、臨床分期、T分期、N分期、M分期分層分析,發(fā)現(xiàn)“隨訪時間0-79月”、“男性”、“≥65歲”、“I-II”,“T1-T2”“N0-N1”、“M0”這些亞組中BUB1B mRNA表達(dá)水平和總生存期顯著相關(guān)(P0.05)。然而,其余亞組均無明顯統(tǒng)計學(xué)差異。結(jié)論:1.BUB1B mRNA表達(dá)水平與肺腺癌患者性別、年齡、臨床分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。2.BUB1B mRNA表達(dá)水平可作為肺腺癌患者預(yù)后不良的獨立危險因素。
【圖文】：

圖 1在 TCGA數(shù)據(jù)庫中設(shè)定檢索條件獲取肺腺癌數(shù)據(jù)Figure 1 Setting the search conditions in the TCGA database to obtain lung adenocarcinoma data

圖 3細(xì)胞周期通路圖（KEGG）FIG. 3 cell cycle pathway (KEGG)ID 基因名稱 基因注釋9133 CCNB2 cyclin B2(CCNB2)891 CCNB1 cyclin B1(CCNB1)
【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R734.2

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2669312