【摘要】：第一部分:基于TCGA數(shù)據(jù)庫肺腺癌相關基因的篩選及生物信息學分析目的:挖掘與肺腺癌顯著相關的基因,探索肺腺癌的發(fā)病機制。方法:本研究通過挖掘TCGA數(shù)據(jù)庫中肺腺癌患者癌組織及癌旁組織的mRNA原始表達數(shù)據(jù),利用R軟件結合edgeR包進行差異表達基因篩選(表達倍數(shù)2倍,P1-4E),選取前100個顯著上調和下調基因進行GO分析、KEGG信號通路分析和蛋白質互相作用網絡分析。結果:總共篩選出與肺腺癌顯著相關的基因5589個,其中上調基因4796個,下調基因793個。GO富集分析得出12個條目(FDR0.01),顯示這些基因生物途徑主要富集在有絲分裂核分裂、細胞分裂、血管生成、姐妹染色單體的凝聚力、有絲分裂姐妹染色單體分離、有絲分裂胞質分裂、染色體分離;分子功能主要集中在蛋白質結合;細胞定位主要有紡錘體極、濃縮染色體著絲粒、中體、紡錘體微管。KEGG通路分析得出這些基因涉及12個通路(P0.01),主要富集在細胞周期、瘧疾、卵母細胞減數(shù)分裂、p53信號通路等信號通路上。蛋白質互作網絡分析結果提示處于網絡中心節(jié)點的蛋白有:拓撲異構酶Ⅱα(TOP2A)、驅動蛋白超家族11(KIF11)、細胞周期蛋白B1(CCNB1)、驅動蛋白超家族20A(KIF20A)、紡錘體檢測點蛋白(BUB1B)、有絲分裂著絲粒相關驅動蛋白(KIF2C)、細胞周期蛋白B2(CCNB2)、細胞分裂周期相關基因8(CDCA8)、著絲粒蛋白A(CENPA)、母體胚胎亮氨酸拉鏈激酶(MELK)等。結論:通過生物信息學對肺腺癌相關基因的分析,發(fā)現(xiàn)肺腺癌的發(fā)生可能與有絲分裂的異常進程有關。其中TOP2A、KIF11、CCNB1、KIF20A、BUB1B、KIF2C、CCNB2、CDCA8、CENPA、MELK等基因可能在肺腺癌的發(fā)生和進展中起著重要作用。第二部分:BUB1B mRNA的表達與肺腺癌的臨床特征及預后研究目的:研究BUB1B mRNA表達與肺腺癌的臨床特征及預后的意義,進一步認識其在肺腺癌進程中的重要作用,為肺腺癌的診治提供新的潛在基因靶點。方法:從TCGA數(shù)據(jù)庫獲取肺腺癌患者臨床資料并與第一章差異表達分析過程中標準化后BUB1B mRNA表達量數(shù)據(jù)整合,共納入501例樣本。通過BUB1B mRNA表達量的中位值(591.71)區(qū)分高表達與低表達,利用卡方檢驗評估BUB1BmRNA高表達率與臨床特征之間的相互關系,kaplan-Meier法單一因素分析各變量與預后的關系,并制作生存曲線。多重因素分析用Cox比例風險模型;P0.05有統(tǒng)計學意義。結果:1.全組患者中位生存期為48.5月(95%CI:40.5-56.4月),1年生存率為89.0%,3年生存率為62.1%,5年生存率為39.5%。2.BUB1B mRNA表達水平與性別、年齡、臨床分期、淋巴結轉移差異顯著相關(P0.05),而與腫瘤大小、遠處轉移無明顯相關(P0.05)。3.單因素分析顯示,肺腺癌術后的總生存率與臨床分期、腫瘤直徑、淋巴結轉移、遠處轉移、BUB1B mRNA表達顯著相關(P0.05)。而性別、年齡無明顯相關(P0.05)。4.多因素分析顯示,臨床分期(HR:3.715,95%CI:1.664-8.293,P=0.001)和BUB1B mRNA表達(HR:1.572,95%CI:1.127-2.194,P=0.008)是肺腺癌患者預后的獨立危險因素。5.根據(jù)隨訪時間、性別、年齡、臨床分期、T分期、N分期、M分期分層分析,發(fā)現(xiàn)“隨訪時間0-79月”、“男性”、“≥65歲”、“I-II”,“T1-T2”“N0-N1”、“M0”這些亞組中BUB1B mRNA表達水平和總生存期顯著相關(P0.05)。然而,其余亞組均無明顯統(tǒng)計學差異。結論:1.BUB1B mRNA表達水平與肺腺癌患者性別、年齡、臨床分期、淋巴結轉移密切相關。2.BUB1B mRNA表達水平可作為肺腺癌患者預后不良的獨立危險因素。
【圖文】：

圖 1在 TCGA數(shù)據(jù)庫中設定檢索條件獲取肺腺癌數(shù)據(jù)Figure 1 Setting the search conditions in the TCGA database to obtain lung adenocarcinoma data

圖 3細胞周期通路圖（KEGG）FIG. 3 cell cycle pathway (KEGG)ID 基因名稱 基因注釋9133 CCNB2 cyclin B2(CCNB2)891 CCNB1 cyclin B1(CCNB1)
【學位授予單位】：南昌大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R734.2

【參考文獻】

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本文編號：2669312