家族性食管癌易感基因SLC22A3 DNA甲基化異常及其表達(dá)失活的研究
發(fā)布時(shí)間:2020-05-10 08:38
【摘要】:目的:食管鱗狀細(xì)胞癌(ESCC)在中國人群中發(fā)病率居高不下,尤其是在風(fēng)險(xiǎn)較高的的北方地區(qū)。本課題組前期研究發(fā)現(xiàn),與散發(fā)ESCC病例相比,家族性食管癌患者癌旁非腫瘤組織(non-tumor,NT)中SLC22A3基因顯著下調(diào)。然而,SLC22A3基因是如何參與家族性食管癌的發(fā)病進(jìn)程尚不清楚。SLC22A3(又名organic cation transporter 3,OCT3)位于人六號(hào)染色體,是IGF2R-SLC22A2-SLC22A3基因簇的一部分,其編碼的陽離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白被報(bào)道在藥物運(yùn)輸和細(xì)胞內(nèi)解毒等方面具有重要作用。對(duì)SLC22A3基因結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),其啟動(dòng)子區(qū)位于Cp G島(Cp G island),提示在家族性食管癌中SLC22A3基因的下調(diào)可能與其表觀遺傳學(xué)的改變有關(guān);因此本課題的研究目的為明確SLC22A3基因啟動(dòng)子甲基化水平改變與其在家族性食管癌中表達(dá)下調(diào)的關(guān)系;同時(shí)結(jié)合食管癌患者偏好高熱飲食的習(xí)慣,探討熱刺激條件下SLC22A3基因在正常食管上皮細(xì)胞中所發(fā)揮的抗氧化作用。方法:采用Post hoc genome-wide association studies(Post hoc GWAS)對(duì)文獻(xiàn)已報(bào)道的家族性上消化道惡性腫瘤及其對(duì)照進(jìn)行SLC22A3基因所在區(qū)域的SNP分析,驗(yàn)證與SLC22A3基因關(guān)聯(lián)的SNP變化是否與家族性食管癌患病風(fēng)險(xiǎn)密切相關(guān);選取SLC22A3表達(dá)沉默的人食管癌細(xì)胞系(KYSE30和KYSE140),用甲基化轉(zhuǎn)移酶抑制劑(5’-Aza)進(jìn)行處理后檢測SLC22A3的表達(dá),分析SLC22A3表達(dá)下調(diào)與DNA甲基化異常之間的關(guān)系,同時(shí)運(yùn)用亞硫酸氫鈉測序(bisulfite genomic sequencing,BGS)及甲基化熒光定量PCR(real-time methylation-specific PCR,q-MSP)對(duì)人食管癌細(xì)胞系和臨床病例外周血及組織中SLC22A3基因所在區(qū)域進(jìn)行進(jìn)一步甲基化分析;選取正常人食管上皮細(xì)胞系(NE1和NE3),采用sh RNA將SLC22A3基因敲低后,熱休克法處理細(xì)胞,檢測處理前后細(xì)胞中活性氧(reactive oxygen species,ROS)的水平和DNA損傷程度,分析SLC22A3對(duì)正常食管細(xì)胞受熱刺激導(dǎo)致的氧化應(yīng)激損傷和DNA損傷是否有保護(hù)作用。結(jié)果:我們證實(shí)SLC22A3是新的家族性食管癌易感基因;SLC22A3基因的啟動(dòng)子甲基化是導(dǎo)致其表達(dá)下調(diào)的機(jī)制之一;外周血SLC22A3基因啟動(dòng)子甲基化增加食管癌高危人群的患癌風(fēng)險(xiǎn);敲低SLC22A3基因的正常食管上皮細(xì)胞受到熱激后ROS水平升高并發(fā)生DNA損傷。結(jié)論:SLC22A3作為新的家族性食管癌分子標(biāo)記物,其啟動(dòng)子甲基化將為家族性食管癌高危人群的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估及早期篩查提供重要科學(xué)依據(jù)。
【圖文】:
圖0石160B1607160名160縣p〔島幣onon曲冶fMb)
Real-time PCR 檢測 5-Aza 處理 KYSE30 和 KYSE140 前后 SLC22A3 表達(dá)示 p < 0.001,t 檢驗(yàn)GS 確證食管癌細(xì)胞系中 SLC22A3 基因啟動(dòng)子區(qū)甲基來,,我們運(yùn)用 CpG-island 搜索器對(duì) SLC22A3基因所在的 5’端區(qū)進(jìn)行分析,再次證明這個(gè)區(qū)域恰好包含一個(gè) CpG-island。利用細(xì)胞系(NE1)和食管癌細(xì)胞系(KYSEC1、EC109、KYSE30、KY0 以及用 5-Aza 處理后的 KYSE140)中 SLC22A3 的啟動(dòng)子和這 1476bp 的區(qū)域進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)它是恰好位于 CpG 島區(qū)域:2+ 129 相對(duì)于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn))由 65 個(gè) CpG 位點(diǎn)組成。如圖 3細(xì)胞系的研究中,SLC22A3 BGS1 區(qū)(近端啟動(dòng)子)表現(xiàn)出不度和樣本內(nèi)甲基化的異質(zhì)性。正常食管上皮細(xì)胞系(NE1 和
【學(xué)位授予單位】:深圳大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:R735.1
本文編號(hào):2657044
【圖文】:
圖0石160B1607160名160縣p〔島幣onon曲冶fMb)
Real-time PCR 檢測 5-Aza 處理 KYSE30 和 KYSE140 前后 SLC22A3 表達(dá)示 p < 0.001,t 檢驗(yàn)GS 確證食管癌細(xì)胞系中 SLC22A3 基因啟動(dòng)子區(qū)甲基來,,我們運(yùn)用 CpG-island 搜索器對(duì) SLC22A3基因所在的 5’端區(qū)進(jìn)行分析,再次證明這個(gè)區(qū)域恰好包含一個(gè) CpG-island。利用細(xì)胞系(NE1)和食管癌細(xì)胞系(KYSEC1、EC109、KYSE30、KY0 以及用 5-Aza 處理后的 KYSE140)中 SLC22A3 的啟動(dòng)子和這 1476bp 的區(qū)域進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)它是恰好位于 CpG 島區(qū)域:2+ 129 相對(duì)于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn))由 65 個(gè) CpG 位點(diǎn)組成。如圖 3細(xì)胞系的研究中,SLC22A3 BGS1 區(qū)(近端啟動(dòng)子)表現(xiàn)出不度和樣本內(nèi)甲基化的異質(zhì)性。正常食管上皮細(xì)胞系(NE1 和
【學(xué)位授予單位】:深圳大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:R735.1
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2657044
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