非生物脅迫下毛竹qRT-PCR分析中內(nèi)參基因的選擇
發(fā)布時(shí)間:2020-04-20 01:32
【摘要】:毛竹(Phyllostachys edulis)隸屬禾本科剛竹屬,因其生長快速、材質(zhì)優(yōu)良以及用途廣泛等特點(diǎn),成為我國經(jīng)濟(jì)價(jià)值最大的竹種。然而,隨著環(huán)境的日益惡化,冷害、干旱、土壤鹽堿化等非生物脅迫嚴(yán)重影響了毛竹筍材產(chǎn)量及品質(zhì)。因此,非生物脅迫研究對(duì)毛竹生產(chǎn)實(shí)踐具有重要意義。實(shí)時(shí)熒光定量PCR是目前研究發(fā)育過程中基因時(shí)空表達(dá)規(guī)律的常用手段,而選擇合適的內(nèi)參基因是準(zhǔn)確分析目標(biāo)基因相對(duì)表達(dá)量的前提條件。但目前非生物脅迫下毛竹內(nèi)參基因選擇的研究尚未見研究報(bào)道。本研究以低溫、干旱和鹽脅迫條件下毛竹的根、莖、葉為實(shí)驗(yàn)材料,通過q RT-PCR技術(shù)對(duì)10種候選內(nèi)參基因:TIP41、NTB、KDSA、PP2A、SAND、e IF-4α、18S r RNA、HSP、GAPDH和ACT在其不同器官和組織中的表達(dá)情況進(jìn)行了詳細(xì)分析。經(jīng)Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3個(gè)分析軟件對(duì)比分析發(fā)現(xiàn):1、在低溫處理下,比較不同葉片或不同組織之間的基因表達(dá)差異時(shí),可選取e IF-4α和TIP41作為校正內(nèi)參基因。2、在鹽脅迫下,比較不同葉片之間的基因表達(dá)差異時(shí),可選取e IF-4α作為校正內(nèi)參基因;比較不同組織之間的基因表達(dá)差異時(shí),可選取e IF-4α或TIP41作為校正內(nèi)參基因。3、在干旱條件下,比較不同葉片之間的基因表達(dá)差異時(shí),可選取NTB和KDSA作為校正內(nèi)參基因;比較不同組織之間的基因表達(dá)差異時(shí),可選取NTB和TIP41作為校正內(nèi)參基因。上述發(fā)現(xiàn)與多數(shù)文獻(xiàn)把ACT作為毛竹唯一內(nèi)參基因的研究不一致。本研究為在非生物脅迫下毛竹q RT-PCR分析中選擇合適的內(nèi)參基因提供了理論依據(jù)。另外,為探索毛竹中的內(nèi)參基因是否適用于其他竹種,本研究還以紫竹(Phyllostachys nigra)、孝順竹(Bambusa multiplex)和黃條金剛竹(Sasaella kongosanensis‘Aureostriatus’)為研究對(duì)象,分析了毛竹10種候選內(nèi)參基因在其不同器官和組織中的表達(dá)情況。結(jié)果發(fā)現(xiàn)毛竹的內(nèi)參基因可以用于其他竹種的相對(duì)定量PCR分析。該研究為毛竹內(nèi)參基因的通用性應(yīng)用研究提供了理論依據(jù)。
【圖文】:
非生物脅迫下毛竹 qRT-PCR 分析中內(nèi)參基因的選擇第三章 結(jié)果與分析因的 PCR 擴(kuò)增內(nèi)參基因的 PCR 擴(kuò)增種候選內(nèi)參基因經(jīng)普通 PCR 擴(kuò)增,通過 1%瓊脂糖凝膠電的結(jié)果,從圖中可以看出存在清晰且較亮的條帶于 100聚體和非特異性條帶,這與設(shè)計(jì)引物的預(yù)期片段大小相度的專一性,可用于 qRT-PCR 分析。
圖 3.2 10 種候選內(nèi)參基因的 PCR 擴(kuò)增Fig. 3.2 PCR amplication of ten candidate reference genes注 a:A: 紫竹;B: 孝順竹;C: 黃條金剛竹rker; 1: GAPDH; 2: ACT; 3: TIP41; 4: NTB; 5: PP2A; 6: SAND; 7: eIF-4α; 8: 1KDSA因的 Ct 值分析脅迫下 Ct 分析同材料來源的 cDNA 為模板,進(jìn)行 qRT-PCR 分析。結(jié)果基因目的片段的擴(kuò)增曲線穩(wěn)定,重復(fù)性好,,可用于后續(xù)解曲線均只有單一特征峰,說明所有引物都能特異性擴(kuò)段,且沒有引物二聚體存在,進(jìn)一步說明實(shí)驗(yàn) qRT-PCRA
【學(xué)位授予單位】:浙江農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:S795.7
【圖文】:
非生物脅迫下毛竹 qRT-PCR 分析中內(nèi)參基因的選擇第三章 結(jié)果與分析因的 PCR 擴(kuò)增內(nèi)參基因的 PCR 擴(kuò)增種候選內(nèi)參基因經(jīng)普通 PCR 擴(kuò)增,通過 1%瓊脂糖凝膠電的結(jié)果,從圖中可以看出存在清晰且較亮的條帶于 100聚體和非特異性條帶,這與設(shè)計(jì)引物的預(yù)期片段大小相度的專一性,可用于 qRT-PCR 分析。
圖 3.2 10 種候選內(nèi)參基因的 PCR 擴(kuò)增Fig. 3.2 PCR amplication of ten candidate reference genes注 a:A: 紫竹;B: 孝順竹;C: 黃條金剛竹rker; 1: GAPDH; 2: ACT; 3: TIP41; 4: NTB; 5: PP2A; 6: SAND; 7: eIF-4α; 8: 1KDSA因的 Ct 值分析脅迫下 Ct 分析同材料來源的 cDNA 為模板,進(jìn)行 qRT-PCR 分析。結(jié)果基因目的片段的擴(kuò)增曲線穩(wěn)定,重復(fù)性好,,可用于后續(xù)解曲線均只有單一特征峰,說明所有引物都能特異性擴(kuò)段,且沒有引物二聚體存在,進(jìn)一步說明實(shí)驗(yàn) qRT-PCRA
【學(xué)位授予單位】:浙江農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:S795.7
【參考文獻(xiàn)】
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1 林樹燕;李潔;趙榮;董曉波;丁雨龍;;孝順竹花芽分化及小孢子發(fā)生與雄配子體發(fā)育[J];南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2015年04期
2 韓曉雪;韓佳軒;姜晶;;番茄在非生物脅迫下實(shí)時(shí)定量RT-PCR中內(nèi)參基因的篩選[J];分子植物育種;2015年04期
3 朱友銀;王月;張弘;邵Y
本文編號(hào):2633983
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