香樟MK基因的克隆與生物信息學(xué)分析
【圖文】：
熱帶作物學(xué)報第38卷圖1PCR擴(kuò)增CcMK基因Fig.1PCRamplificationofCcMKgeneM：5000bpDNAMarker；1、2：CcMK基因擴(kuò)增產(chǎn)物。M:5000bpDNAMarker;1,2:PCRproductofCcMKgene.5000300020001000bpM12位的表達(dá)情況，利用實(shí)時熒光定量PCR的方法檢測CcMK基因在香樟葉、莖、根中的表達(dá)量，采用BIO-RADCFX96實(shí)時PCR檢測系統(tǒng)。使用的引物序列為：CcMK-F：5′-TGAGCGAGCATCCAGGCATC-3′；CcMK-R：5′-TGAAGCAGGCGACTGGATAATG-3′。實(shí)時PCR檢測的反應(yīng)體系參照iQSYBRGreenSuperMix（BIO-RAD）體系，每個反應(yīng)體系重復(fù)3次。PCR程序如下：95℃預(yù)變性3min，95℃變性10s，58℃退火15s，72℃延伸20s，共45個循環(huán)DissociationStage。實(shí)時PCR反應(yīng)以香樟肌動蛋白基因CcACT（KM086739.1）為內(nèi)參，內(nèi)參引物序列為：ACTIN1-F：5′-GAGCTACCTGATGGGCAAGTG-3′；ACTIN1-R：5′-AGAACCACCACTAAGCACGATG-3′。組織表達(dá)以葉中的表達(dá)量為對照。2結(jié)果與分析2.1CcMK的基因克隆以香樟的cDNA為模板，PCR擴(kuò)增得到1200bp左右的片段，電泳結(jié)果如圖1所示。顯示目的條帶與預(yù)期大小相符，將其克隆至pSMART-LCKan載體上，經(jīng)過陽性克隆篩選，送至上海生工生物公司測序，大小為1194bp，編碼397個氨基酸（圖2）。圖2CcMK基因編碼區(qū)DNA序列及氨基酸序列Fig.2CodingsequenceandaminoacidsequenceofCcMKgenecDNA-2304-
Ｍü烱OSUI在線分析CcMK，結(jié)果表明，CcMK蛋白不含信號肽，疏水性平均值為0.290428，疏水性和親水性氨基酸分布均勻，結(jié)合跨膜結(jié)構(gòu)域的預(yù)測結(jié)果，說明CcMK蛋白為水溶性蛋白。2.4CcMK蛋白的結(jié)構(gòu)域分析經(jīng)SMART工具分析，CcMK蛋白中含有兩個保守結(jié)構(gòu)域，即GHMP激酶家族特異的N末端和C末端的保守結(jié)構(gòu)域GHMP激酶的功能域。氨基酸序列的132~213位是GHMP激酶N端區(qū)域。285~365位是GHMP激酶C端的結(jié)構(gòu)域。經(jīng)BlastP預(yù)測CcMK編碼蛋白具有1-383個氨基酸之間的MevalonateKinase的功能域（圖5），表明其具有甲羥戊酸激酶的功能。圖5CcMK蛋白保守功能域Fig.5ConserveddomainsofCcMKprotein0100200300397132位-213位GHMP激酶N末端285位-365位GHMP激酶C末端2.5CcMK蛋白的信號肽、亞細(xì)胞定位和跨膜結(jié)構(gòu)分析經(jīng)SignalP4.1server預(yù)測，CcMK蛋白不含信號肽，為非分泌蛋白（圖6）。經(jīng)TargetP1.1server在線軟件進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測表明，氨基酸序列中含有葉綠體轉(zhuǎn)運(yùn)肽的可能性為0.016，含有線粒體轉(zhuǎn)運(yùn)肽的可能性為0.128，，含有信號肽可能性為0.279，其它可能性為0.541，可靠等級為4，顯示CcMK可能定位于細(xì)胞質(zhì)。利用TMHMM軟件預(yù)測CcMK蛋白不含跨膜結(jié)構(gòu)域，整條多肽鏈均處于細(xì)胞膜外，因此推測CcMK蛋白是不通過蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)，直接在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)0102030405060701.00.80.60.40.20.0ScoreC-scoreS-scoreY-scoreSignalP-4.1prediction(euknetworks):SequencePosition圖6CcMK蛋白信號肽預(yù)測分析（SignalP預(yù)測）Fig.6PredictionofsignalpeptideofCcMKprotein(SignalPprediction)曹先爽等：香樟MK基因的克隆與生物信息學(xué)分析-2307-
【相似文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前10條
1 白雪源,陳香美,邱強(qiáng);人腎高親和力鈉離子依賴性二羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因的克隆和生物信息學(xué)分析[J];中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報;2002年04期
2 陳曉華;蔡國平;;人致肺纖維化相關(guān)因子的克隆和生物信息學(xué)分析[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2006年07期
3 王銳;趙躍;張永云;李衛(wèi)真;王淑燕;霍海龍;劉麗仙;苗永旺;霍金龍;;豬胰島素樣生長因子-Ⅰ的克隆及生物信息學(xué)分析[J];西南農(nóng)業(yè)學(xué)報;2014年02期
4 譚從娥;王米渠;馮文哲;徐全壹;;生物信息學(xué)分析寒證海量數(shù)據(jù)的探索[J];中華中醫(yī)藥學(xué)刊;2008年12期
5 程勇前;成軍;劉妍;王琳;徐東平;鐘彥偉;曲建慧;趙平;;鈣離子調(diào)節(jié)親環(huán)素配體及其不同剪接體的克隆及生物信息學(xué)分析[J];醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報;2008年05期
6 盧雪梅;金小寶;朱家勇;沈娟;梅寒芳;馬艷;肖明珠;褚夫江;;人溶菌酶基因的克隆和生物信息學(xué)分析[J];生物技術(shù);2010年06期
7 牛偉濤;;家蠶中一未知基因的生物信息學(xué)分析[J];邢臺學(xué)院學(xué)報;2011年02期
8 胡甘雨;司風(fēng)玲;車燕飛;張玉娟;陳斌;;蔥蠅過氧化氫酶基因的克隆及生物信息學(xué)分析[J];西南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2014年01期
9 楊向東,王仁,劉俊文,唐蔚青,李紅霞,王抒;一個新的人突觸相關(guān)蛋白基因的生物信息學(xué)分析[J];中國動脈硬化雜志;2004年01期
10 張艷宇,馬平,陸一鳴,呂麗萍,姜升陽,周錫鵬,孫樹漢,許金波;尖吻蝮蛇類凝血酶基因的克隆及生物信息學(xué)分析[J];中國實(shí)驗(yàn)血液學(xué)雜志;2005年04期
相關(guān)會議論文 前10條
1 唐愛發(fā);余振東;桂耀庭;郭新;李賢新;周錦堂;朱輝;蔡志明;;SPACA4基因在人和小鼠的表達(dá)及其生物信息學(xué)分析[A];遺傳學(xué)進(jìn)步與人口健康高峰論壇論文集[C];2007年
2 劉惠君;譚宇蓉;劉持;向陽;屈飛;秦曉群;;BRS-3相互作用新基因的生物信息學(xué)分析及功能研究[A];湖南省生理科學(xué)會2008年度學(xué)術(shù)年會論文摘要匯編[C];2008年
3 黃浩;陸啟軒;陳臨溪;楊莉;毛小環(huán);李蘭芳;秦旭平;曹建剛;;APJ受體的生物信息學(xué)分析[A];全國第十二屆生化與分子藥理學(xué)學(xué)術(shù)會議論文集[C];2011年
4 陳大清;吳功慶;李亞男;;淹水脅迫下薏苡根系adh基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[A];2005'海峽兩岸植物生理與分子生物學(xué)教學(xué)研討會論文集[C];2005年
5 田琪琳;施定基;賈曉會;王曉燕;黃希文;何培民;;真核藻PEPC的生物信息學(xué)分析[A];中國藻類學(xué)會第八次會員代表大會暨第十六次學(xué)術(shù)討論會論文摘要集[C];2011年
6 易樂飛;閻斌倫;王萍;滕亞娟;周向紅;;條斑紫菜HSP70基因克隆與生物信息學(xué)分析[A];慶祝中國藻類學(xué)會成立30周年暨第十五次學(xué)術(shù)討論會摘要集[C];2009年
7 張?zhí)?李祥龍;周榮艷;李蘭會;任玉紅;趙駐軍;;不同物種Oct-1基因編碼區(qū)生物信息學(xué)分析[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會養(yǎng)羊?qū)W分會2012年全國養(yǎng)羊生產(chǎn)與學(xué)術(shù)研討會議論文集[C];2012年
8 楊波;盧學(xué)春;遲小華;韓為東;于力;樓方定;;基于生物信息學(xué)分析人類LRP16基因功能初步研究[A];第12屆全國實(shí)驗(yàn)血液學(xué)會議論文摘要[C];2009年
9 王芳;李凱彬;劉坡;劉春;吳淑勤;;劍尾魚補(bǔ)體基因C3全長cDNA克隆與生物信息學(xué)分析[A];第九屆中國實(shí)驗(yàn)動物科學(xué)年會（2010新疆）論文集[C];2010年
10 周文靈;楊麗霞;李玲;;野葛UDP-葡糖基轉(zhuǎn)移酶基因克隆與生物信息學(xué)分析[A];廣東省植物學(xué)會第十七期學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2008年
相關(guān)重要報紙文章 前7條
1 汪敏華;成功克隆2.1萬個功能基因[N];解放日報;2004年
2 張學(xué)全;克隆人類全長功能基因獲突破[N];中國高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)導(dǎo)報;2004年
3 本報實(shí)習(xí)記者 王新佳;基因：改變?nèi)祟惷\(yùn)的新技術(shù)[N];中國高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)導(dǎo)報;2001年
4 張汝金;發(fā)現(xiàn)37條人類新基因[N];解放軍報;2003年
5 本報實(shí)習(xí)記者 申音 記者 王旗;基因不是.com[N];中國經(jīng)營報;2000年
6 本報記者 周立文 本報通訊員 丁學(xué)國;中國基因三個人物與一個事業(yè)[N];光明日報;2000年
7 記者 張學(xué)全;克隆人類全長功能基因獲得重大進(jìn)展[N];新華每日電訊;2004年
相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條
1 陳蕾;原始蛋白酶結(jié)構(gòu)功能的生物信息學(xué)分析及化學(xué)基礎(chǔ)[D];山東師范大學(xué);2009年
2 蘇志熙;幾種哺乳動物表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）生物信息學(xué)分析[D];浙江大學(xué);2006年
3 趙佳媛;靈長類二氧化碳感知通路相關(guān)基因的進(jìn)化及生物信息學(xué)分析[D];復(fù)旦大學(xué);2010年
4 蔣桂雄;油桐種子轉(zhuǎn)錄組解析及油脂合成重要基因克隆[D];中南林業(yè)科技大學(xué);2015年
5 張高華;獐茅離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因AlNHX1與AlHAK1的克隆與表達(dá)研究[D];大連理工大學(xué);2008年
6 王學(xué)仁;擔(dān)子菌毛頭鬼傘的TMV抗性蛋白y3基因的分離、鑒定和表達(dá)[D];西北大學(xué);2010年
7 呂鴻雁;枯草芽孢桿菌中甲硫氨酸氨基肽酶基因的克隆與功能研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2002年
8 蘇偉;水稻程序性細(xì)胞死亡相關(guān)基因的克隆和功能分析[D];復(fù)旦大學(xué);2006年
9 溫建國;灰飛虱免疫相關(guān)基因及微管蛋白基因的克隆和分子鑒定[D];復(fù)旦大學(xué);2004年
10 李梅章;人類新基因的分離和鑒定研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2000年
相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條
1 楊蓓;豬TTV1-ORF1和TTV2-ORF1基因的克隆、表達(dá)及生物信息學(xué)分析[D];石河子大學(xué);2015年
2 張?zhí)旌?果蠅miRNA-92a進(jìn)化保守性及其靶基因功能的生物信息學(xué)分析[D];南京師范大學(xué);2015年
3 智倩;一株桿菌產(chǎn)脂肪酶基因的克隆及生物信息學(xué)分析[D];大連工業(yè)大學(xué);2013年
4 陳晨;基于文獻(xiàn)挖掘的前列腺癌蛋白組學(xué)差異表達(dá)蛋白的生物信息學(xué)分析[D];華北理工大學(xué);2016年
5 徐冉;紫球藻Lhc基因的克隆及其生物信息學(xué)和表達(dá)分析[D];遼寧師范大學(xué);2016年
6 謝秒秒;紅三葉草壞死花葉病毒外殼蛋白的表達(dá)、純化及生物信息學(xué)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年
7 何姣;楊凌糖絲菌Hhs.015幾丁質(zhì)酶基因的生物信息學(xué)分析及功能驗(yàn)證[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年
8 曹峰;小鼠胚胎干細(xì)胞核心轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2008年
9 王翊;CEM15基因的生物信息學(xué)分析[D];電子科技大學(xué);2005年
10 王芳;一個家蠅未知功能基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年
本文編號：2566566
本文鏈接：http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/2566566.html
