基于Cyt b基因和形態(tài)學(xué)的鼠兔屬系統(tǒng)發(fā)育研究及鼠兔屬1新亞屬5新種描述
發(fā)布時(shí)間:2019-09-24 22:58
【摘要】:本研究擴(kuò)增了169號(hào)鼠兔屬樣本的Cyt b基因序列,代表13個(gè)種11個(gè)亞種及5個(gè)未分類單元,下載了66條分類地位確定而完整的Cyt b基因序列,包括25種及9個(gè)亞種。構(gòu)建了Bayesian系統(tǒng)發(fā)育樹,計(jì)算了遺傳距離,開展了物種界定分析;對(duì)13個(gè)種4亞種及5個(gè)未分類單元174號(hào)完整頭骨和外形的20個(gè)形態(tài)學(xué)量度數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析、判別分析和T檢驗(yàn);對(duì)頭骨和身體外部特征進(jìn)行了比較研究。結(jié)果顯示:鼠兔屬包含5個(gè)亞屬,分別是Ochotona,Conothoa,Pika,Lagotona和一新亞屬;5個(gè)亞屬間的遺傳距離在12.8%-16.0%之間;高黎貢鼠兔(Ochotona gaoligongensis)是灰頸鼠兔(O.forresti)的亞種;喜馬拉雅鼠兔(O.himalayana)是灰鼠兔(O.roylei)的亞種;木里鼠兔(O.muliensis)是川西鼠兔(O.gloveri)的亞種;寧夏鼠兔(O.argentata)應(yīng)為蒙古鼠兔(O.pallasi)的亞種;西伯利亞鼠兔(O.turuchanensis)為高山鼠兔(O.alpina)的同物異名。藏鼠兔循化亞種(O.thibetana xunhuaensis)應(yīng)提升為種:循化鼠兔(O.xunhuaensis);東北鼠兔長(zhǎng)白山亞種(O.hyperborea coreana)應(yīng)該提升為種:長(zhǎng)白山鼠兔(O.coreana);藏鼠兔峨眉亞種(O.thibetana sacraria)應(yīng)提升為種:峨眉鼠兔(O.sacraria);藏鼠兔錫金亞種(O.thibetana sikimaria)應(yīng)提升為種:錫金鼠兔(O.sikimaria)。通過分子系統(tǒng)學(xué)和形態(tài)學(xué)研究,發(fā)現(xiàn)了鼠兔屬1新亞屬和5個(gè)新種。新亞屬命名為異耳鼠兔亞屬(Alienauroa subgen.n.),屬模為黃龍鼠兔(O.huanglongensis sp.n.),成員包括黃龍鼠兔新種、峨眉鼠兔、循化鼠兔,以及在龍門山和大巴山發(fā)現(xiàn)的2個(gè)新種,共計(jì)5個(gè)種。新亞屬的鑒定特征是:耳上前緣內(nèi)側(cè)有一個(gè)密被短毛的異耳屏(Congenial tragus);頭骨扁平,顱面平直;眼小,眼眶長(zhǎng)和眼眶寬均小于其他亞屬;被毛粗長(zhǎng)而無光澤;腹毛多為灰白色。5個(gè)新種分別發(fā)現(xiàn)于四川黃龍自然保護(hù)區(qū)、四川北部龍門山、四川北部大巴山、四川西部邛崍山、西藏雅魯藏布江中游的朗縣。我們分別將其命名為黃龍鼠兔(Ochotona huanglongensis sp.n.)、扁顱鼠兔(Ochotona flatcalvariam sp.n.)、大巴山鼠兔(Ochotona dabashanensis sp.n.)、雅魯藏布鼠兔(Ochotona yarlungensis sp.n.)和邛崍鼠兔(Ochotona qionglaiensis sp.n.)。黃龍鼠兔的鑒定特征是:門齒孔前段平行;腦顱扁平,顱高為顱全長(zhǎng)的33.5%;耳大,平均20 mm以上(不含耳基部的管),異耳屏三角形,但頂端圓形;毛長(zhǎng)而粗糙,無光澤,背部毛長(zhǎng)約20 mm;腹面毛色以灰白為主;前后足背面灰白色,腹面黑灰色,指(趾)墊大,橘黃色,露出毛外,爪黃白色半透明。扁顱鼠兔的鑒定特征是:腦顱異常扁平,顱高約11 mm,顱高僅為顱全長(zhǎng)的31%;眼眶很小,平均6.7 mm×5.6 mm;個(gè)體小,體長(zhǎng)140 mm以下;體毛長(zhǎng)而粗糙無光澤,背部毛長(zhǎng)22 mm;耳小,平均17 mm左右,異耳屏闊圓型,相對(duì)較小;背毛沙黃色,腹毛黃白。大巴山鼠兔的鑒定特征是:異耳屏鐮刀狀;耳相對(duì)較小,均在17 mm以下,和峨眉鼠兔、扁顱鼠兔差不多,比該亞屬循化鼠兔和黃龍鼠兔小。顱高相對(duì)較大,顱面更隆突,顱高平均12.45 mm,眼眶相對(duì)較大,平均8.52 mm×7.13 mm。雅魯藏布鼠兔的鑒定特征是:與黑唇鼠兔(O.curzoniae)和努布拉克鼠兔拉薩亞種(O.nubrica lhasaensis)有很近的親緣關(guān)系;唇緣有很窄的深灰色圈,深灰色圈外側(cè)為灰白色;前后足底部毛濃密,趾端毛多而長(zhǎng),趾墊和爪隱于毛中;個(gè)體中等,體長(zhǎng)150 mm左右,比黑唇鼠兔和努布拉克鼠兔拉薩亞種小得多;顱面較隆突,但與黑唇鼠兔相比,顱面相對(duì)平直;被毛黑褐色。邛崍鼠兔的鑒定特征是:大小及頭骨和藏鼠兔很相似,但該種和藏鼠兔的顯著不同是眶間寬狹窄,平均4.05(3.64-4.19)mm,而藏鼠兔眶間寬一般超過4.2 mm,平均為4.45 mm;該種毛色為沙色帶黃色調(diào),毛粗長(zhǎng);藏鼠兔為黑褐色調(diào),毛相對(duì)較短;邛崍鼠兔前后足背面為顯著的草黃色,而藏鼠兔前后足背面黃白色。
【圖文】:
疑似)、高黎貢鼠兔(地模標(biāo)本)、喜馬拉雅鼠兔(地模標(biāo)本)、木里鼠兔(地模標(biāo)本)、川西鼠兔指名亞種(O.gloverigloveri)、川西鼠兔青海亞種(O.gloveribrookei)(地模標(biāo)本)、東北鼠兔長(zhǎng)白山亞種(O.hyperboreacoreana)及采自黃龍、龍門山、大巴山和西藏林芝地區(qū)及四川邛崍山的5個(gè)未歸類種。為了對(duì)比,我們從GenBank中下載了66條完整、沒有質(zhì)疑的Cytb序列,代表25種9亞種。根據(jù)前人的研究(Lissovskyetal.,2014),從GenBank中下載14條兔科種類Cytb做外群(分子系統(tǒng)學(xué)研究用標(biāo)本及基因序列號(hào)見附表2,本研究采集的樣品分布點(diǎn)見圖1)。圖1分子系統(tǒng)學(xué)研究樣本采集點(diǎn)(GPS點(diǎn)位圖)Fig.1SamplesdistributionofthespeciesofOchotonausedinthisstudy5
獸類學(xué)報(bào)37卷圖2基于Cytb的鼠兔屬系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.2FiftypercentmajorityruleconsensustreefromBayesianinferenceanalysisofCytbsequences.NumbersareBayesianposteriorproba-bilities,andonlycriticalnodesarepresentedwithposteriorprobabilityorbootstrapvalues2.1.2遺傳距離基于Cytb計(jì)算的遺傳距離顯示,5個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支之間的遺傳距離在12.8%-16.0%之間(表1)。新進(jìn)化支與指名亞屬(Ochotona)之間的遺傳距離最近,為12.8%,與Lagotona亞屬之間的遺傳距離最遠(yuǎn),為15.8%;其與Pika,Conothoa之間的遺傳距離分別為13.7%和15.8%。在新進(jìn)化支內(nèi)部(表2),藏鼠兔循化亞種、藏鼠兔峨眉亞種及采集于黃龍、大巴山和龍門山的標(biāo)本之間的遺傳距離為6.0%-10.3%,而藏鼠兔循化亞種與藏鼠兔之間的遺傳距離達(dá)到14.7%,藏鼠兔峨眉亞種和藏鼠兔之間的遺傳距離達(dá)到15.0%;在指名亞屬內(nèi)(表3),8個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支的遺傳距離在4.8%-9.5%之間,最短遺傳距離出現(xiàn)在黑唇鼠兔和采自西藏雅魯藏布江中游的未歸類標(biāo)本之間(4.8%);藏鼠兔錫金亞種和藏鼠兔的遺傳距離為8.0%,,和間顱鼠兔的遺傳距離為6.6%;采自邛崍山的未歸類標(biāo)本和它外形最相似的藏鼠兔的遺傳距離為9.2%。Conothoa亞屬內(nèi)9個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支之間的遺傳距離很大(表4),在8.2%-14%之間。在獨(dú)立進(jìn)化支內(nèi)的一些小進(jìn)化支之間的遺傳距離很小,如木里鼠兔和川西鼠兔之間的遺傳距離小于川西鼠兔種內(nèi)的遺傳距離;喜馬拉雅鼠兔與灰鼠兔的遺產(chǎn)距離只有4%;片馬鼠兔(疑似)和灰頸鼠兔之間的遺傳距離只有4.3%;8
【作者單位】: 四川省林業(yè)科學(xué)研究院;四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;四川唐家河國家級(jí)自然保護(hù)區(qū);四川黃龍自然保護(hù)區(qū);青海孟達(dá)天池國家級(jí)自然保護(hù)區(qū);四川省巴中市林業(yè)局;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(30970330,31272274,31470110) 北京大學(xué)RAP調(diào)查項(xiàng)目 四川省林業(yè)廳眾多自然保護(hù)區(qū)調(diào)查項(xiàng)目 西藏工布自然保護(hù)區(qū)本底調(diào)查項(xiàng)目
【分類號(hào)】:Q959
【圖文】:
疑似)、高黎貢鼠兔(地模標(biāo)本)、喜馬拉雅鼠兔(地模標(biāo)本)、木里鼠兔(地模標(biāo)本)、川西鼠兔指名亞種(O.gloverigloveri)、川西鼠兔青海亞種(O.gloveribrookei)(地模標(biāo)本)、東北鼠兔長(zhǎng)白山亞種(O.hyperboreacoreana)及采自黃龍、龍門山、大巴山和西藏林芝地區(qū)及四川邛崍山的5個(gè)未歸類種。為了對(duì)比,我們從GenBank中下載了66條完整、沒有質(zhì)疑的Cytb序列,代表25種9亞種。根據(jù)前人的研究(Lissovskyetal.,2014),從GenBank中下載14條兔科種類Cytb做外群(分子系統(tǒng)學(xué)研究用標(biāo)本及基因序列號(hào)見附表2,本研究采集的樣品分布點(diǎn)見圖1)。圖1分子系統(tǒng)學(xué)研究樣本采集點(diǎn)(GPS點(diǎn)位圖)Fig.1SamplesdistributionofthespeciesofOchotonausedinthisstudy5
獸類學(xué)報(bào)37卷圖2基于Cytb的鼠兔屬系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.2FiftypercentmajorityruleconsensustreefromBayesianinferenceanalysisofCytbsequences.NumbersareBayesianposteriorproba-bilities,andonlycriticalnodesarepresentedwithposteriorprobabilityorbootstrapvalues2.1.2遺傳距離基于Cytb計(jì)算的遺傳距離顯示,5個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支之間的遺傳距離在12.8%-16.0%之間(表1)。新進(jìn)化支與指名亞屬(Ochotona)之間的遺傳距離最近,為12.8%,與Lagotona亞屬之間的遺傳距離最遠(yuǎn),為15.8%;其與Pika,Conothoa之間的遺傳距離分別為13.7%和15.8%。在新進(jìn)化支內(nèi)部(表2),藏鼠兔循化亞種、藏鼠兔峨眉亞種及采集于黃龍、大巴山和龍門山的標(biāo)本之間的遺傳距離為6.0%-10.3%,而藏鼠兔循化亞種與藏鼠兔之間的遺傳距離達(dá)到14.7%,藏鼠兔峨眉亞種和藏鼠兔之間的遺傳距離達(dá)到15.0%;在指名亞屬內(nèi)(表3),8個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支的遺傳距離在4.8%-9.5%之間,最短遺傳距離出現(xiàn)在黑唇鼠兔和采自西藏雅魯藏布江中游的未歸類標(biāo)本之間(4.8%);藏鼠兔錫金亞種和藏鼠兔的遺傳距離為8.0%,,和間顱鼠兔的遺傳距離為6.6%;采自邛崍山的未歸類標(biāo)本和它外形最相似的藏鼠兔的遺傳距離為9.2%。Conothoa亞屬內(nèi)9個(gè)獨(dú)立進(jìn)化支之間的遺傳距離很大(表4),在8.2%-14%之間。在獨(dú)立進(jìn)化支內(nèi)的一些小進(jìn)化支之間的遺傳距離很小,如木里鼠兔和川西鼠兔之間的遺傳距離小于川西鼠兔種內(nèi)的遺傳距離;喜馬拉雅鼠兔與灰鼠兔的遺產(chǎn)距離只有4%;片馬鼠兔(疑似)和灰頸鼠兔之間的遺傳距離只有4.3%;8
【作者單位】: 四川省林業(yè)科學(xué)研究院;四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;四川唐家河國家級(jí)自然保護(hù)區(qū);四川黃龍自然保護(hù)區(qū);青海孟達(dá)天池國家級(jí)自然保護(hù)區(qū);四川省巴中市林業(yè)局;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(30970330,31272274,31470110) 北京大學(xué)RAP調(diào)查項(xiàng)目 四川省林業(yè)廳眾多自然保護(hù)區(qū)調(diào)查項(xiàng)目 西藏工布自然保護(hù)區(qū)本底調(diào)查項(xiàng)目
【分類號(hào)】:Q959
【相似文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2541096
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