【摘要】：甘薯雙生病毒是中國(guó)甘薯上一類重要病毒,其外殼蛋白(coat protein,CP)基因具有介體傳毒、基因包被等多功能。揭示其分子變異,可以為病毒防治及育種工作提供理論依據(jù)。利用PCR方法擴(kuò)增獲得了24個(gè)甘薯雙生病毒分離物的cp基因,采用SDT、Dna SP、RDP3、MEGA等軟件對(duì)其進(jìn)行分子變異分析。結(jié)果表明:24個(gè)分離物核苷酸序列均為765個(gè)堿基,一致率為88.3%~100%,編碼254個(gè)氨基酸,一致率為94.5%~100%。中國(guó)甘薯雙生病毒分離物系統(tǒng)進(jìn)化樹分為2個(gè)組,組I包括大部分分離物及本研究獲得的22個(gè)分離物,又分為了2個(gè)亞組;組Ⅱ含有29個(gè)分離物,包括本研究中的XU8_2和XU8_3,這2個(gè)分離物與其他分離物可能為不同的種。非同義突變與同義突變比值大于1,說明cp基因處于正向選擇即多樣化選擇。錯(cuò)配分布圖除亞組1相對(duì)比較平滑外,其余組或亞組分離物均為多峰鋸齒狀,表明除亞組1種群呈突然暴發(fā)的狀態(tài)外,其他組或亞種群已經(jīng)存在很長(zhǎng)時(shí)間,處于動(dòng)態(tài)平衡狀態(tài)。
[Abstract]:Sweet potato Gemini virus is one of the most important viruses in Chinese sweet potato. Its coat protein (coat protein,CP) gene has many functions such as virus transmission and gene coating. Revealing its molecular variation can provide theoretical basis for virus control and breeding. The cp gene of 24 isolates of sweet potato twin virus was amplified by PCR, and its molecular variation was analyzed by SDT,Dna SP,RDP3,MEGA and other software. The results showed that the nucleotide sequences of 24 isolates were all 765 bases, and the consistency rate was 88.3100 and encoded 254 amino acids. The phylogenetic tree of Chinese sweet potato twin virus isolates was divided into 2 groups. Group I consisted of most of the isolates and 22 isolates obtained in this study. Group II contains 29 isolates, including XU8_2 and XU8_3, which may be different species from other isolates. The ratio of nonsynonymous mutation to synonymous mutation is greater than 1, which indicates that the cp gene is in a positive selection, that is, diversity selection. Except for the relatively smooth subgroup 1, the other groups or subgroups were all multi-peak serrated, indicating that the other groups or subpopulations had existed for a long time and were in dynamic equilibrium, except for the sudden outbreak of subgroup 1 population.
【作者單位】： 江蘇徐淮地區(qū)徐州農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所農(nóng)業(yè)部甘薯生物學(xué)與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：江蘇省自然科學(xué)基金(BK20140230) 國(guó)家甘薯產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系北方病害崗位專家項(xiàng)目(CARS-11-B-09)
【分類號(hào)】：S435.31

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本文編號(hào)：2412837