【摘要】：本研究以北美鵝掌楸為試驗材料,從北美鵝掌楸和鵝掌楸轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中挖掘出37條CCD基因家族的EST序列,并將這些序列歸類于CCD基因家族中。以其中一條預(yù)測為CCD1的EST序列為基準(zhǔn)設(shè)計引物,通過反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)與c DNA末端快速擴(kuò)增(RACE)技術(shù)從北美鵝掌楸中克隆得到一條全長為1 929 bp的序列,命名為LtCCD1基因。該基因包含102 bp 5'端、177 bp 3'端非翻譯區(qū)序列和1 650 bp的開放閱讀框,共編碼549aa。LtCCD1基因與多個物種CCD1基因相似度大于80%,其編碼的蛋白質(zhì)擁有CCD基因家族典型的結(jié)構(gòu)域RPE65。系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn),LtCCD1基因編碼的蛋白質(zhì)與Anthurium amnicola、Crocus ancyrensis和番紅花的CCD1基因編碼的蛋白質(zhì)親緣關(guān)系較近。LtCCD1蛋白質(zhì)分子量為61.96 kD,等電點為6.10,屬酸性蛋白;無規(guī)則卷曲是該蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的主要成分。利用在線軟件Target P進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測并結(jié)合CCD1蛋白在其它植物中的定位信息,推測該蛋白可能位于細(xì)胞質(zhì)內(nèi)。使用實時熒光定量PCR技術(shù)對該基因進(jìn)行組織特異性表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)LtCCD1基因在北美鵝掌楸的花瓣、花萼、雄蕊、雌蕊、花芽、葉、葉芽、莖8個組織中均有表達(dá),表達(dá)量從大到小的順序依次為:葉、花萼、花瓣、莖、雌蕊、葉芽、花芽、雄蕊。該研究結(jié)果可為進(jìn)一步分析北美鵝掌楸中CCD1基因的功能奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:In this study, 37 EST sequences of CCD gene family were extracted from the transcriptional database of Liriodendron mandshurica and Liriodendron mandshurica, and classified into the CCD gene family. Using one of the EST sequences predicted to be CCD1 as the benchmark primer, a 1 929 bp sequence was cloned from Liriodendron mandshurica by reverse transcription PCR (RT-PCR) and rapid amplification of (RACE) at the c DNA end. The sequence named LtCCD1 gene was cloned from Liriodendron mandshurica (Liriodendron mandshurica). The gene contains an untranslated region sequence of 102 bp 5 '-terminal 177 bp 3' and an open reading frame of 1 650 bp. The cocoding 549aa.LtCCD1 gene is more than 80% similar to the CCD1 gene of many species. The encoded protein possesses the typical domain RPE65. of CCD gene family. Phylogenetic analysis showed that the protein encoded by LtCCD1 gene was closely related to the protein encoded by Anthurium amnicola,Crocus ancyrensis and saffron CCD1 gene. The molecular weight of LtCCD1 protein was 61.96 kD, and the isoelectric point was 6.10, which belonged to acidic protein. Irregular crimp is the main component of the secondary structure of the protein. The online software Target P was used to predict the subcellular localization and combined with the localization information of CCD1 protein in other plants. It was suggested that the protein might be located in the cytoplasm. Tissue specific expression of the gene was analyzed by real-time fluorescence quantitative PCR. It was found that LtCCD1 gene was expressed in eight tissues of Liriodendron mandshurica, including petal, calyx, stamen, pistil, flower bud, leaf bud and stem. The order of expression from large to small is: leaf, calyx, petal, stem, pistil, leaf bud, flower bud, stamen. The results may provide a basis for further analysis of the function of CCD1 gene in Liriodendron mandshurica.
【作者單位】： 南京林業(yè)大學(xué)南方現(xiàn)代林業(yè)協(xié)同創(chuàng)新中心;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項目(31470660) 江蘇省高校優(yōu)勢學(xué)科(PAPD)共同資助
【分類號】：Q943.2;S792.21

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本文編號：2258820