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擬南芥類結(jié)瘤素基因At1g01070的生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2018-06-19 06:51

  本文選題:類結(jié)瘤素基因 + Atg ; 參考:《河南師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)》2017年03期


【摘要】:類結(jié)瘤素基因在非結(jié)瘤植物生長發(fā)育中承擔(dān)著重要的功能,但僅少數(shù)基因的功能被鑒定.本研究對(duì)擬南芥類結(jié)瘤素MtN21(Medicago truncatula NODULIN 21)家族成員At1g01070進(jìn)行了生物信息學(xué)分析及亞細(xì)胞定位驗(yàn)證.結(jié)果表明,At1g01070有兩種可變剪切體,編碼兩種蛋白At1g01070.1和At1g01070.2,前者比后者在N端多47個(gè)氨基酸,它們的分子量分別為40KD和35KD,等電點(diǎn)分別為9.2和8.9;均含有2個(gè)MtN21蛋白的特征結(jié)構(gòu)域EamA(藥物/代謝物轉(zhuǎn)運(yùn)結(jié)構(gòu)域),At1g01070.1比At1g01070.2多一個(gè)PLN00411結(jié)構(gòu)域,且其靠近N端的EamA結(jié)構(gòu)域較后者長;三級(jí)結(jié)構(gòu)均由7個(gè)α-螺旋和一些不規(guī)則卷曲組成,分別含有10個(gè)和8個(gè)疏水跨膜區(qū),均含13個(gè)磷酸化修飾位點(diǎn),亞細(xì)胞定位預(yù)測主要定位在質(zhì)膜;進(jìn)化上,與琴葉擬南芥(Arabidopsis lyrata)親緣關(guān)系最近;亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示At1g01070.1定位在質(zhì)膜,與預(yù)測結(jié)果一致.推測At1g01070在植物體內(nèi)可能參與物質(zhì)運(yùn)輸.
[Abstract]:The tumor like nodule gene plays an important role in the growth and development of non nodule plants, but only a few genes have been identified. Bioinformatics analysis and subcellular localization of At1g01070 MtN21 (Medicago truncatula NODULIN 21) family members of Arabidopsis thaliana have been tested in this study. The results show that there are two kinds of variable scissors in At1g01070. It encodes two kinds of protein At1g01070.1 and At1g01070.2, the former is 47 more amino acids than the latter at the N end, and their molecular weights are 40KD and 35KD respectively, and the isoelectric points are 9.2 and 8.9, respectively, which contain the characteristic domain EamA (drug / metabolite transport domain) of 2 MtN21 proteins, and At1g01070.1 is more than At1g01070.2 in a PLN00411 domain. The EamA domain in the near N end is longer than that of the latter; the three structure is composed of 7 alpha helix and some irregular curls, which contain 10 and 8 hydrophobic transmembrane regions, both containing 13 phosphorylation sites, and the subcellular localization prediction is mainly located in the plasma membrane; evolution, the closest relationship with the Arabidopsis lyrata; subcellular localization junction The results showed that At1g01070.1 was located in the plasma membrane and was consistent with the predicted results. It is speculated that At1g01070 may be involved in material transport in plants.
【作者單位】: 河南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】:國家自然科學(xué)基金(31601241) 河南省高?萍紕(chuàng)新團(tuán)隊(duì)(15IRTSTHN020) 河南師范大學(xué)博士科研啟動(dòng)基金(39970774)
【分類號(hào)】:Q943.2

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本文編號(hào):2038997

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