本文選題：錦鯉皰疹病毒 + ORF基因��； 參考：《基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)》2017年04期

【摘要】：錦鯉皰疹病毒病是具有高致病性、傳染性的疾病,對漁業(yè)生產(chǎn)造成巨大的危害。為了研究錦鯉皰疹病毒衣殼蛋白ORF83的結(jié)構(gòu)和功能,本研究采集感染錦鯉皰疹病毒活魚樣品,經(jīng)DNAStar軟件預(yù)測分析、DNA提取,PCR擴(kuò)增、重組質(zhì)粒構(gòu)建等步驟成功克隆到ORF83(1)和ORF83(2)基因。應(yīng)用生物信息學(xué)分析蛋白結(jié)構(gòu)與功能,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果顯示,兩蛋白均能編碼前體蛋白,均由α螺旋、β折疊、無規(guī)則卷曲組成,均有4個(gè)跨膜區(qū)域;抗原性較好;但不含保守結(jié)構(gòu)域;ORF83(1)N端11個(gè)氨基酸序列為信號肽序列;ORF83(2)N端33個(gè)氨基酸序列為信號肽序列;ORF83(1)氨基酸序列存在1個(gè)潛在的N-糖基化位點(diǎn)、ORF83(2)氨基酸序列存在3個(gè)潛在的N-糖基化位點(diǎn),兩蛋白均潛在13個(gè)磷酸化位點(diǎn),無潛在的O-糖基化位點(diǎn);系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明,KHV-DD ORF83與美國株、以色列株、日本株均具有同源性。通過研究表明,本研究成功克隆到ORF83基因,并對其結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行分析,獲得重要的生物信息學(xué)數(shù)據(jù),為進(jìn)一步研究錦鯉皰疹病毒發(fā)病機(jī)制和皰疹病毒抗體制備等提供了理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Koi herpesvirus disease is a highly pathogenic and infectious disease, which causes great harm to fishery production. In order to study the structure and function of Koi herpesvirus capsid protein ORF83, live fish samples infected with Koi herpesvirus were successfully cloned into ORF83P1and ORF83m-2) genes by DNA Star software prediction analysis, PCR amplification of DNA extraction and construction of recombinant plasmid. The structure and function of protein were analyzed by bioinformatics and phylogenetic tree was constructed. The results showed that both proteins could encode precursor proteins, which were composed of 偽 -helix, 尾 -fold, irregular crimp, and had four transmembrane regions, and had good antigenicity. However, there were one potential N-glycosylation site and three potential N-glycosylation sites in the N-terminal 11 amino acid sequences with no conserved domain ORF83N terminal and the signal peptide sequence ORF83Amino 1), and the ORF83Amino acid sequence with the N terminal 33 amino acid sequences of ORF83Amins was a signal peptide sequence, and there were three potential N-glycosylation sites in the amino acid sequence of ORF83Amino 1), and there were three potential N-glycosylation sites in the amino acid sequence. The phylogenetic tree analysis showed that KHV-DD ORF83 had homology with American, Israeli and Japanese strains. The results showed that ORF83 gene was cloned successfully, and its structure and function were analyzed, and important bioinformatics data were obtained. It provides a theoretical basis for further study on pathogenesis of Koi herpesvirus and preparation of HSV antibody.
【作者單位】： 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黑龍江水產(chǎn)研究所;
【基金】：國家科技支撐計(jì)劃(2012BAD26B01) 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金(CARS-46-02) 中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)(HSY201401)共同資助
【分類號】：S941.41

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本文編號：2009792