本文選題：龍眼 + 密碼子偏好性��； 參考：《園藝學(xué)報(bào)》2016年04期

【摘要】：為了解龍眼生長(zhǎng)素受體基因TIR1密碼子的使用特性,采用CodonW、SPSS軟件及EMBOSS在線程序分析龍眼TIR1密碼子的偏好性,并分別與龍眼基因組、其他29個(gè)物種TIR1以及模式生物基因組進(jìn)行比較。結(jié)果顯示,龍眼TIR1與龍眼基因組的密碼子選擇偏性較弱且較偏好以A/T結(jié)尾,而物種間TIR1密碼子選擇偏性則存在一定差異;進(jìn)化樹(shù)分析表明,基于TIR1編碼序列聚類結(jié)果比密碼子使用偏性分類結(jié)果能更準(zhǔn)確地反映物種間的親緣關(guān)系;密碼子使用頻率比較結(jié)果發(fā)現(xiàn),酵母真核表達(dá)系統(tǒng)更適用于龍眼TIR1異源表達(dá)試驗(yàn),而龍眼TIR1與模式植物基因組之間密碼子使用偏性差異較小,尤其煙草和番茄可能為該基因轉(zhuǎn)基因研究最為理想的受體。
[Abstract]:In order to understand the characteristics of TIR1 codon of longan auxin receptor gene, the preference of longan TIR1 codon was analyzed by CodonWSS-SPSS software and EMBOSS online program, and compared with that of longan genome, TIR1 of other 29 species and model organism, respectively. The results showed that the codon selection bias of longan TIR1 and longan genome was weaker and preferred to end at the end of A / T, but there were some differences among species in TIR1 codon selection, and phylogenetic tree analysis showed that, The clustering results based on TIR1 coding sequence were more accurate than the results of codon bias classification, and the results of codon frequency comparison showed that the yeast eukaryotic expression system was more suitable for the heterologous expression test of longan TIR1. However, there was little difference in codon usage between longan TIR1 and model plant genomes, especially tobacco and tomato, which may be the most ideal receptor for transgenic study of the gene.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學(xué)園藝植物生物工程研究所;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31201614,31272149) 教育部新教師類博士點(diǎn)基金項(xiàng)目(20123515120008)
【分類號(hào)】：S667.2

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 賴瑞聯(lián);林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長(zhǎng)素受體基因TIR1的克隆及其與miR393互作關(guān)系[J];應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào);2016年01期

2 常強(qiáng);蘇明華;吳少華;王偉;李惠華;;氯酸鉀對(duì)龍眼成花誘導(dǎo)期葉片和頂芽?jī)?nèi)源激素含量的影響[J];園藝學(xué)報(bào);2015年02期

3 宋輝;王鵬飛;馬登超;夏晗;趙傳志;張燁;趙術(shù)珍;;蒺藜苜蓿WRKY轉(zhuǎn)錄因子密碼子使用偏好性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2015年02期

4 聶江婷;白云鳳;賀飛燕;閆建俊;張維鋒;;籽粒莧丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密碼子偏好性[J];植物學(xué)報(bào);2014年06期

5 孫晶;何濤;萬(wàn)閏蘭;彭小鳳;淳澤;;鐵皮石斛尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(UGP)的密碼子偏好性分析[J];應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào);2014年05期

6 郭秀麗;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹(shù)CBF1基因密碼子使用特性分析[J];遺傳;2012年12期

7 時(shí)慧;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹(shù)抗寒調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子ICE1密碼子偏性分析[J];園藝學(xué)報(bào);2012年07期

8 李惠華;賴鐘雄;蘇明華;林玉玲;;龍眼TIR1和ABP1基因的克隆及其在體胚發(fā)生過(guò)程中的表達(dá)分析[J];園藝學(xué)報(bào);2012年02期

9 續(xù)晨;蔡小寧;錢保俐;賁愛(ài)玲;;葡萄基因組密碼子使用偏好模式研究[J];西北植物學(xué)報(bào);2012年02期

10 晁岳恩;吳政卿;楊會(huì)民;何寧;楊攀;;11種植物psbA基因的密碼子偏好性及聚類分析[J];核農(nóng)學(xué)報(bào);2011年05期

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 龔蓉;水稻生長(zhǎng)素結(jié)合蛋白ABP1及生長(zhǎng)素受體蛋白TIR1的原核表達(dá)與純化[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 趙洋;楊培迪;劉振;成楊;楊陽(yáng);;13種植物actin基因的密碼子使用特性分析[J];南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2016年04期

2 吳彥慶;趙大球;王靜;陶俊;;芍藥查爾酮異構(gòu)酶基因(CHI)克隆、密碼子偏好性分析以及蛋白結(jié)構(gòu)功能預(yù)測(cè)[J];華北農(nóng)學(xué)報(bào);2016年02期

3 賴瑞聯(lián);林玉玲;鐘春水;賴鐘雄;;龍眼生長(zhǎng)素受體基因TIR1密碼子偏好性分析[J];園藝學(xué)報(bào);2016年04期

4 李麗莎;李祥龍;周榮艷;李蘭會(huì);;山羊酪氨酸相關(guān)蛋白1(TYRP1)基因密碼子偏好性分析[J];貴州農(nóng)業(yè)科學(xué);2016年03期

5 賴瑞聯(lián);林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長(zhǎng)素受體基因TIR1的克隆及其與miR393互作關(guān)系[J];應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào);2016年01期

6 羅火林;張亞楠;羅麗萍;熊冬金;楊柏云;;蘭科植物FT基因的密碼子偏性分析[J];分子植物育種;2016年01期

7 賴瑞聯(lián);鐘春水;林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長(zhǎng)素受體基因TIR1的克隆及表達(dá)分析[J];熱帶作物學(xué)報(bào);2016年01期

8 吳彥慶;葛金濤;陶俊;;芍藥AP1(APETALA1)基因密碼子使用的偏好性分析[J];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2015年06期

9 羅洪;胡莎莎;吳琦;姚慧鵬;;甜蕎葉綠體基因密碼子偏愛(ài)性分析[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2015年11期

10 賀飛燕;施俊鳳;閆建俊;聶江婷;馮瑞云;張維鋒;白云鳳;;籽粒莧優(yōu)異性狀相關(guān)基因的發(fā)掘利用研究進(jìn)展[J];中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào);2015年27期

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 曹紅利;岳川;周艷華;王璐;郝心愿;曾建明;楊亞軍;王新超;;茶樹(shù)生長(zhǎng)素受體基因CsTIR1的克隆與表達(dá)分析[J];茶葉科學(xué);2015年01期

2 潘磊;曾文芳;牛良;魯振華;崔國(guó)朝;王志強(qiáng);;桃生長(zhǎng)素酰胺水解酶基因家族序列特征及其表達(dá)分析[J];園藝學(xué)報(bào);2015年02期

3 唐壯;杜偉;李小玉;程嘉翎;;桑樹(shù)TIR1基因的克隆及在組織器官和扦插生根過(guò)程的表達(dá)分析[J];蠶業(yè)科學(xué);2014年05期

4 徐偉榮;張寧波;王振平;;歐洲葡萄堿性螺旋-環(huán)-螺旋(bHLH)基因家族密碼子使用偏性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2014年04期

5 田奇琳;林玉玲;賴鐘雄;王天池;;龍眼胚性愈傷組織DlRan3A和DlRan3B基因啟動(dòng)子的克隆及其生物信息學(xué)分析[J];熱帶作物學(xué)報(bào);2014年01期

6 宋輝;南志標(biāo);;蒺藜苜蓿全基因組中WRKY轉(zhuǎn)錄因子的鑒定與分析[J];遺傳;2014年02期

7 吳正常;王靖;趙喬輝;朱世平;訾臣;吳圣龍;包文斌;;豬脂多糖結(jié)合蛋白基因(LBP)的密碼子偏好性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2013年10期

8 杜西河;許為鋼;胡琳;張磊;李艷;齊學(xué)禮;王會(huì)偉;王玉民;;轉(zhuǎn)ZmPEPC與ZmPPDK基因擬南芥對(duì)干旱脅迫的反應(yīng)[J];分子植物育種;2013年04期

9 王麗;陳耀鋒;張?jiān)虑?楊德勇;王娜;;低溫與植物生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑預(yù)處理對(duì)小麥成熟胚培養(yǎng)特性的影響[J];西北植物學(xué)報(bào);2013年05期

10 郭秀麗;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹(shù)CBF1基因密碼子使用特性分析[J];遺傳;2012年12期

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 黃惠芳,莊永龍,陳禮明,林魯萍,馬飛,許曉風(fēng);基于密碼子與互補(bǔ)密碼子使用的進(jìn)化樹(shù)的重構(gòu)(英文)[J];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2005年03期

2 梁菲菲;;雞七號(hào)染色體上的最優(yōu)密碼子[J];畜牧與飼料科學(xué);2012年07期

3 李順成;龐有志;;一些蛋白質(zhì)中氨基酸相對(duì)含量與相應(yīng)密碼子數(shù)的關(guān)系[J];豫西農(nóng)專學(xué)報(bào);1986年01期

4 侯卓成,楊寧;影響鏈球菌屬肺炎球菌基因組密碼子使用的因素分析[J];遺傳學(xué)報(bào);2002年08期

5 馬飛,武耀廷,許曉風(fēng);遺傳密碼子和氨基酸若干物理化學(xué)特性的相關(guān)性研究[J];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2003年04期

6 趙勝;張琴;陳智華;趙益新;鐘金城;;影響鼻疽伯克霍爾德氏菌基因組密碼子用法的因素分析(英文)[J];遺傳學(xué)報(bào);2007年04期

7 梁菲菲;;密碼子偏性的影響因素及研究意義[J];畜牧與飼料科學(xué);2010年01期

8 周猛;童春發(fā);施季森;;楊樹(shù)派間不同種的遺傳密碼子使用頻率分析(英文)[J];遺傳學(xué)報(bào);2007年06期

9 王志堅(jiān);王芳平;方玉田;李宏;;大腸桿菌基因中密碼對(duì)使用的規(guī)律[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2010年05期

10 肖敬平;遺傳密碼子和均一手性的起源問(wèn)題[J];華南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);1999年04期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 張光亞;劉桂蘭;方柏山;;敏捷氣熱菌(Aeropyrum pernix)基因組密碼子使用偏好分析[A];華東六省一市生物化學(xué)與分子生物學(xué)會(huì)2003年學(xué)術(shù)交流會(huì)論文摘要集[C];2003年

2 趙勝;張琴;陳智華;趙益新;鐘金城;;影響鼻疽伯克霍爾德氏菌基因組密碼子用法的因素分析[A];中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)功能基因組學(xué)研討會(huì)論文集[C];2006年

3 孫錚;馬亮;MURPHY Robert W.;張憲省;黃大衛(wèi);;Wolbachia pipientis wMel基因組水平上的密碼子使用分析[A];第3屆全國(guó)人畜共患病學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

4 逯凱;張燦;劉文華;鄒玲;任慧英;;多價(jià)噬菌體Bp7尾絲蛋白gp37基因密碼子用法分析[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜傳染病學(xué)分會(huì)第八屆全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨第十五次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2013年

5 李鼎立;宋健坤;王然;;不同種類梨密碼子用法的初步分析[A];梨科研與生產(chǎn)進(jìn)展（五）[C];2011年

6 胡秀珍;黃延昭;肖奕;;密碼子上下文關(guān)聯(lián)與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)[A];第九次全國(guó)生物物理大會(huì)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2002年

7 鄭潔;謝曉紅;張明;易軍;雷岷;任永軍;鄺良德;李叢艷;郭志強(qiáng);黃鄧萍;張翔宇;;bIFN-τ和bIFN-τ-His_6成熟蛋白的密碼子偏愛(ài)性分析[A];第十二次全國(guó)畜禽遺傳標(biāo)記研討會(huì)論文集[C];2010年

8 趙洋;劉振;楊培迪;成楊;楊陽(yáng);;茶樹(shù)肌動(dòng)蛋白基因密碼子偏性分析[A];第十六屆中國(guó)科協(xié)年會(huì)——分12茶學(xué)青年科學(xué)家論壇論文集[C];2014年

9 逯曉波;蔡原;安春麗;靳翠紅;劉秋芳;;建立研究ERCC1密碼子118單核苷酸多態(tài)性的細(xì)胞轉(zhuǎn)染模型[A];中國(guó)環(huán)境誘變劑學(xué)會(huì)第14屆學(xué)術(shù)交流會(huì)議論文集[C];2009年

10 董捷;黃騰;蘇建國(guó);汪亞平;;草魚密碼子簡(jiǎn)并性的研究[A];中國(guó)動(dòng)物遺傳育種研究進(jìn)展——第十五次全國(guó)動(dòng)物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2009年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前3條

1 劉霞;英將自然界中不存在的氨基酸加入線蟲體內(nèi)[N];科技日?qǐng)?bào);2011年

2 記者 常麗君;美科學(xué)家為一種細(xì)菌重編基因組密碼[N];科技日?qǐng)?bào);2013年

3 李靜;“遺傳、變異及進(jìn)化”重難點(diǎn)辨析[N];山西科技報(bào);2003年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 王謙;基于遺傳編碼非天然氨基酸技術(shù)的β-內(nèi)酰胺類抗生素殘留檢測(cè)方法的研究[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

2 賀錦敖;符號(hào)計(jì)算及其在計(jì)算生物學(xué)中的應(yīng)用[D];電子科技大學(xué);2014年

3 張屹;氨基酸與密碼子的進(jìn)化及其相關(guān)問(wèn)題的研究[D];大連理工大學(xué);2007年

4 朱平;基于代數(shù)理論方法的基因編碼研究[D];江南大學(xué);2008年

5 周童;支持向量機(jī)及密碼子偏性在序列識(shí)別中的應(yīng)用[D];東南大學(xué);2006年

6 申小娟;蛋白質(zhì)對(duì)稱結(jié)構(gòu)及其形成機(jī)制[D];中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院;2013年

7 孫錚;昆蟲基因組密碼子使用及進(jìn)化分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

8 江月;桿狀病毒的分子進(jìn)化及密碼子偏性研究[D];中國(guó)科學(xué)院研究生院（武漢病毒研究所）;2007年

9 張?jiān)烂?基于全基因組的玉米LBD轉(zhuǎn)錄因子家族分析及密碼子使用模式分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

10 李文成;天藍(lán)色鏈霉菌nsdA基因的研究及TTA密碼子的生物信息學(xué)分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 張曉婧;LEA基因分類、密碼子偏性及其抗旱性的生物信息學(xué)分析[D];新疆師范大學(xué);2015年

2 周慧琦;基因組GC含量與堿基、密碼子和氨基酸使用偏好的關(guān)系[D];電子科技大學(xué);2014年

3 李永香;同義密碼子重復(fù)序列中密碼子的使用與比較[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2005年

4 趙國(guó)焓;密碼子位點(diǎn)特征初步研究和組蛋白基因進(jìn)化動(dòng)力學(xué)比較[D];南京師范大學(xué);2007年

5 郁鋒;耐熱堿性磷酸酶耐熱機(jī)理研究和互補(bǔ)密碼子使用關(guān)系探討[D];南京師范大學(xué);2003年

6 程珊珊;基于密碼子偏性和分枝聚類的密碼子置換模型的統(tǒng)計(jì)推斷[D];南京航空航天大學(xué);2012年

7 杜丹;結(jié)構(gòu)對(duì)稱蛋白的密碼子序列研究[D];華中科技大學(xué);2011年

8 黃惠芳;疾病相關(guān)的選擇性剪接基因與密碼子和互補(bǔ)密碼子的生物信息學(xué)分析[D];廈門大學(xué);2006年

9 曹致琦;果蠅基因組中內(nèi)含子數(shù)目與密碼子使用偏性的關(guān)系[D];西南大學(xué);2007年

10 劉慧;基于殘基相似性和位置差異的密碼子置換模型及其應(yīng)用[D];南京航空航天大學(xué);2012年

，

本文編號(hào)：1967256