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福建省漳州市2013-2015年流行麻疹病毒基因型別鑒定及基因特征分析

發(fā)布時間:2018-04-17 21:25

  本文選題:麻疹病毒 + 核蛋白基因 ; 參考:《中國疫苗和免疫》2017年02期


【摘要】:目的了解2013-2015年漳州市麻疹病毒基因型流行情況。方法用Real-time RT-PCR法對2013-2015年漳州市的392份疑似麻疹病例咽拭子標(biāo)本進(jìn)行核酸檢測;用RT-PCR法擴(kuò)增核酸陽性標(biāo)本的N基因羧基末端594個核苷酸片段,并對擴(kuò)增產(chǎn)物測序;以N基因羧基末端450個核苷酸序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,并進(jìn)行核苷酸和氨基酸同源性分析。結(jié)果 28份標(biāo)本麻疹病毒核酸陽性,陽性率7.1%(28/392);獲得21份麻疹病毒的核苷酸序列,經(jīng)基因型鑒定18株為H1a基因亞型,1株為A基因型,2株為D8基因型。漳州市所有的H1a亞型麻疹病毒與H1a亞型參考株China93-2-AF045205.1-H1a之間核苷酸和氨基酸同源性分別為98.0%-99.1%和97.3%-99.3%。A基因型麻疹病毒與疫苗株Shanghai-191-DQ390225-A的核苷酸和氨基酸同源性分別為99.6%和99.3%。2株D8基因型麻疹病毒之間核苷酸和氨基酸同源性均為100%,它們與世界衛(wèi)生組織(WHO)參考株MVi/Manchester.GBR/30.94-AF280803-D8的核苷酸和氨基酸同源性分別為96.4%和96.7%。結(jié)論 2013-2015年漳州市麻疹病毒優(yōu)勢基因型為H1a基因亞型;A基因型為疫苗相關(guān)株;漳州市首次出現(xiàn)D8基因型麻疹病毒輸入性病例。
[Abstract]:Objective to investigate the prevalence of measles virus genotypes in Zhangzhou City from 2013 to 2015.Methods the nucleic acid was detected by Real-time RT-PCR method in 392 suspected measles specimens from Zhangzhou from 2013 to 2015, and 594 nucleotide fragments of N gene carboxyl terminal of nucleic acid positive samples were amplified by RT-PCR method, and the amplified products were sequenced.Phylogenetic tree was constructed from 450 nucleotide sequences of carboxyl terminal of N gene, and nucleotide and amino acid homology were analyzed.Results the nucleic acid of measles virus was positive in 28 samples, the positive rate was 7.1 / 392.The nucleotide sequences of 21 measles viruses were obtained, and 18 strains were identified as H1 a gene subtype and 1 strain as genotype A and 2 strains as D8 genotype.The nucleotide and amino acid homology between all HIVa subtype measles virus and China93-2-AF045205.1-H1a is 98.0-99.1% and 97.3-99.3.A respectively. The nucleotide and amino acid homology between measles virus genotype and vaccine strain Shanghai-191-DQ390225-A is 99.6% and 99.3.2%, respectively.The nucleotide and amino acid homology between genotypes of measles virus was 100. The nucleotide and amino acid homology of the nucleotide and amino acid homology between the genotype measles virus and World Health Organization (WHO) reference strain MVi/Manchester.GBR/30.94-AF280803-D8 were 96. 4% and 96. 7%, respectively.Conclusion the predominant genotype of measles virus in Zhangzhou City from 2013 to 2015 is H1 a gene subtype A genotype which is vaccine related strain and the first case of measles virus imported with D8 genotype in Zhangzhou City.
【作者單位】: 漳州市疾病預(yù)防控制中心;
【分類號】:R511.1

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