本文選題：松蘿鳳梨　切入點：空氣鳳梨　出處：《分子植物育種》2017年07期

【摘要】：松蘿鳳梨(Tillandsia usneoides)是一種無根、可在無泥土的空氣中生長的特殊植物,屬于空氣鳳梨的一種。該植物直接通過其葉片從空氣中吸收水分和養(yǎng)分,主要應(yīng)用于環(huán)境指示、室內(nèi)觀賞、裝飾等方面。由于其基因組信息的缺乏,其分子標(biāo)記的開發(fā)和利用受到了一定的限制。利用新一代測序技術(shù)對松蘿鳳梨轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測序,獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中,一共檢測到了69 570個基因內(nèi)部SNP(genic SNP),平每579 bp就有一個SNP。在Genic SNP中,轉(zhuǎn)換占61.84%,顛換占38.12%。轉(zhuǎn)換中A/G以及C/T之間的轉(zhuǎn)換是最主要的形式,分別占了所有Genic SNP的31.54%和30.30%。對含有g(shù)enic SNP位點序列(genic SNP-unigene,GSU)注釋發(fā)現(xiàn):12 926條GSU具有GO注釋;7 572條GSU具有KOG注釋;3 403條GSU具有KEGG注釋。這些GSU涉及到了許多重要的生物功能和代謝途徑。這些信息為松蘿鳳梨SNP標(biāo)記的開發(fā)以及相關(guān)基因組研究奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Due to the lack of genomic information, the development and utilization of molecular markers are limited.The transcriptome of pineapple was further sequenced by a new generation of sequencing techniques.In transcriptome data, a total of 69,570 genes were detected, with one SNPs per 579bp.In Genic SNP, transformation accounts for 61.84 and transversion for 38.12.The conversion between A / G and C / T is the main form of conversion, accounting for 31.54% and 30.30% of all Genic SNP, respectively.It was found that: 12 926 GSU have go annotation 7 572 GSU have KOG annotation 3 403 GSU have KEGG annotation.These GSU involve many important biological functions and metabolic pathways.This information laid a foundation for the development of SNP markers and the study of related genomes in pineapple and pineapple.
【作者單位】： 浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院花卉研究開發(fā)中心國家花卉工程技術(shù)研究中心鳳梨研發(fā)與推廣中心;浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝研究所;
【基金】：浙江省自然科學(xué)基金(LY17C150005) 浙江省公益技術(shù)應(yīng)用研究項目(2016C32039) 浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院青年科技人才培養(yǎng)項目(2015R25R08E04);浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新能力提升工程(2014CX014) 杭州市種子種苗專項(2014093-2H19)共同資助
【分類號】：S682.3

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1702193