本文關(guān)鍵詞： 甲狀腺乳頭狀癌 致病基因 microRNAs 生物信息學(xué)分析　出處：《基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)》2017年11期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：本研究利用美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(GEO)下載獲取甲狀腺乳頭狀癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)m RNA表達(dá)譜芯片(7例PTC樣本VS 7例正常組樣本,登錄號(hào)為GSM85-215~GSM85228)及miro RNA高通量測(cè)序數(shù)據(jù)(3例PTC樣本VS 3例正常組樣本,GSM1388420~GSM138-8425)。通過Qlucore Omics Explorer(QOE)3.2、DAVID 6.7、STING 9.1、mi Records等分析軟件對(duì)PTC差異基因及micro RNA進(jìn)行綜合生物信息學(xué)分析。篩選出來497個(gè)甲狀腺乳頭狀癌相關(guān)致病基因及86個(gè)相關(guān)micro RNAs;其中,致病基因中上調(diào)表達(dá)的有257個(gè),下調(diào)表達(dá)的有240個(gè);micro RNAs中上調(diào)表達(dá)的有47個(gè),下調(diào)表達(dá)的有39個(gè)。對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),ERBB3、TNNT1、MYL1、POSTN基因及hsa-mi R-183-5p(ERBB4)、hsa-mi R-139-5p(SUV39H1)、hsa-mi R-152(MAML1)、hsa-mi R-1(FOXD3)、hsa-mi R-146b-5p(MEF2C)、hsa-mi R-152(DOT1L)、hsa-mi R-493-5p(FBXW7)、hsa-mi R-876-5p(PIK3R1)、hsa-mi R-183-3p(MDM2)、hsa-mi R-382-3p(CD80)、hsa-mi R-181b-5p(SIRT1)、hsa-mi R-874-5p(MTOR)、hsa-mi R-876-5p(GPRC6A)等micro RNAs-靶基因參與涉及Erb B信號(hào)通路、細(xì)胞凋亡信號(hào)通路、B細(xì)胞受體信號(hào)通路、磷脂酰肌醇代謝信號(hào)通路等,在PTC疾病發(fā)生發(fā)展中可能起著重要作用。從分子水平上分析甲狀腺乳頭狀癌相關(guān)致病基因及micro RNAs,為揭示PTC發(fā)病機(jī)制、藥物研發(fā)及臨床診斷治療提供新的思路和依據(jù)。
[Abstract]:The purpose of this study was to obtain papillary thyroid carcinoma (PTC) by using the NCBI-based gene expression database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) of the United States (NCBI). Papillary thyroid carcinoma. PTC)m RNA expression microarray was used in 7 PTC samples and 7 normal controls. The login number was GSM85-215GSM 85228) and miro RNA high-throughput sequencing data were obtained from 3 PTC samples and 3 normal controls. GSM1388420 GSM138-8425. Through Qlucore Omics Explorer, QOEO 3.2i DAVID 6.7. STING 9.1. Analysis of differential genes and micro in PTC by mi Records et al. A total of 497 thyroid papillary carcinoma-associated genes and 86 related micro RNs were screened by comprehensive bioinformatics analysis by RNA. Among them, 257 genes were up-regulated and 240 were down-regulated. In micro RNAs, 47 were up-regulated and 39 down-regulated. Bioinformatics analysis revealed that ERBB3, TNNT1 and MYL1 were detected. POSTN gene and hsa-mi R-183-5pPERBB4, hsa-mi R-139-5pPU SUV39H1). Hsa-mi R-152 (MAML1), hsa-mi R-1 (FOXD3), HSA-mi R-146b-5pOMEF2C). Hsa-mi R-152DOT1L (HSA-mi R-493-5pN FBXW7 / HSA-mi R-876-5pN PIK3R1). Hsa-mi R-183-3pM2M2HSA-mi R-382-3pTCD80 / hsa-mi R-181b-5pSRT1). Hsa-mi R-874-5pMTOR). Micro RNAs-target genes such as hsa-mi R-876-5pGPRC6A) are involved in Erb B signaling pathway and apoptosis signaling pathway. B cell receptor signaling pathway, phosphatidylinositol metabolic signaling pathway and so on. It may play an important role in the occurrence and development of PTC disease. The molecular analysis of thyroid papillary carcinoma-associated genes and micro RNASs is intended to reveal the pathogenesis of PTC. Research and development of drugs and clinical diagnosis and treatment provide new ideas and basis.
【作者單位】： 北京理工大學(xué)醫(yī)院;北京理工大學(xué);
【基金】：國家自然科學(xué)基金(項(xiàng)目號(hào):11372042)資助
【分類號(hào)】：R736.1
【正文快照】： *通訊作者,lhy_science@163.comScreening and Bioinformatics Analysis of Thyroid Papillary CarcinomaRelated Genes and Micro RNAsHan Youxia1Fan Guiping1Ji Baohua1Liu Haiyan1*1 Beijing Institute of Technology Hospital,Beijing,100081;2 Beijing Institute of Tec

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本文編號(hào)：1484454