本文關(guān)鍵詞： 紅藍光 轉(zhuǎn)錄組 草莓 密碼子偏好性　出處：《浙江農(nóng)業(yè)學報》2017年04期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：草莓轉(zhuǎn)錄組中特異表達基因密碼子的使用偏好性分析能夠為基因異源表達提供參考。為了探究紅藍光處理對草莓轉(zhuǎn)錄組特異表達基因密碼子使用偏好性的影響,以四川農(nóng)業(yè)大學果樹分子生物學實驗室前期紅藍光處理后的草莓轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為原始實驗數(shù)據(jù),以白光處理的草莓轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為原始對照數(shù)據(jù),利用perl語言及測序結(jié)果中的FPKM值(fragments per kb per million fragments)對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行篩選,通過Mobyle在線程序?qū)Y選得到的特異表達基因進行密碼子偏好性分析。結(jié)果表明:藍光處理后的特異表達基因有114條,大約是紅光處理的2倍;從GC含量結(jié)合GC3s含量來看,紅光和藍光處理中的特異表達基因各自均有91%偏好使用以A/T結(jié)尾的密碼子;最優(yōu)密碼子中,紅光特異基因偏好以A/T結(jié)尾的最優(yōu)密碼子所占的比例比藍光特異基因多2.84%;密碼子使用頻率比較結(jié)果發(fā)現(xiàn),酵母表達系統(tǒng)更適合用于2種處理特異表達基因的異源表達實驗,擬南芥更適合作為2種處理特異表達基因的轉(zhuǎn)基因受體。
[Abstract]:The use preference analysis of specific expression gene codon in strawberry transcription group can provide reference for gene heterologous expression. In order to explore the effect of red and blue light treatment on the use preference of specific expression gene codon in strawberry transcription group. The transcriptome data of strawberry treated with red and blue light in the laboratory of fruit tree molecular biology of Sichuan Agricultural University were taken as the original experimental data and the strawberry transcriptome data treated with white light as the original control data. Using fragments per kb per million fragments in perl language and sequencing results. The transcriptional data were screened. The codon preference of the specific expressed genes was analyzed by Mobyle online program. The results showed that there were 114 specific expression genes after blue light treatment, which was about twice as high as that of red light treatment. According to GC content and GC3s content, the specific expression genes in red light and blue light treatment each had 91% codon ending with A / T; In the optimal codon, the proportion of the optimal codon with the end of A / T in red light specific gene was 2.84% more than that in blue light specific gene. The results of codon frequency comparison showed that yeast expression system was more suitable for heterologous expression of two specific expression genes and Arabidopsis thaliana was more suitable as a transgenic receptor for two specific expression genes.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學園藝學院;
【分類號】：S668.4
【正文快照】： 承載物種遺傳信息的DNA所編碼的蛋白質(zhì)都是由氨基酸組成的,自然界中共有64個密碼子編碼這些氨基酸,同一種氨基酸(起始密碼子、終止密碼子,色氨酸除外)可能由不同種同義密碼子編碼[1]。物種在不斷進化的過程中,會出現(xiàn)對密碼子不平衡選擇的現(xiàn)象,即密碼子使用偏好性(codon usage

【參考文獻】

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【共引文獻】

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