發(fā)布時間：2017-11-16 17:00

  本文關鍵詞：梁山慈竹高通量轉錄組測序及差異表達基因分析

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【摘要】：分析梁山慈竹及其體細胞突變體的轉錄組,挖掘功能基因并對其差異表達基因進行篩選和分析,為梁山慈竹遺傳改良提供理論依據。利用RNA-Seq技術進行轉錄組測序,對測序結果進行de novo拼接和功能注釋;并對差異表達基因進行篩選及COG、GO、KEGG數據庫中進行比對注釋,此外,基于Swiss-Prot功能注釋結果,分析纖維素和木質素相關功能基因的表達量差異。測序結果表明,共獲得86 575 631條reads,de novo組裝得到84 741條unigenes,共有49 829條被Nr、COG、GO、KEGG、Swiss-Prot注釋。從梁山慈竹實生植株(對照)和體細胞突變體No.30這2個測序樣本中,篩選出3 572條差異表達unigenes,757條差異表達unigenes在COG分類體系中具有詳細的蛋白功能釋義,2 213條差異表達unigenes在GO數據庫具有功能定義,385條unigenes被注釋到94條KEGG Pathways中。纖維素合成相關纖維素合酶、過氧化物酶、泛素連接酶和熱休克蛋白在梁山慈竹體細胞突變體No.30中表達量升高,木質素合成相關MYB4、4-香豆酸CoA連接酶、肉桂醇脫氫酶、肉桂酰-CoA還原酶和漆酶在突變體中表達量降低。提供了全面的梁山慈竹轉錄組信息,獲得了一批在梁山慈竹纖維素和木質素生物合成過程中有重要功能的基因序列。
【作者單位】： 西南科技大學植物細胞工程實驗室;四川省生物質資源利用與改性工程技術研究中心;
【基金】：國家自然科學基金青年基金項目(31400257;31400333) 四川省“十三五”育種公關資助項目 四川省生物質資源利用與改性工程技術研究中心基金項目(12zxsk07;13zxsk01) 西南科技大學研究生創(chuàng)新基金項目(15ycx092)
【分類號】：S795.5
【正文快照】： 轉錄組(Transcriptome)能夠從整體水平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程中的分子機理[1]。轉錄組高通量測序技術已經成功應用于多個非模式生物的研究,如藍莓經高通量測序篩選得到大量與抗氧化劑合成相關的候選基因,并基于果皮和果肉2個測序數據庫中差異表達基因,

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本文編號：1193011