本文關(guān)鍵詞：北京、上海嚴(yán)重急性呼吸道感染兒童中腸道病毒D68的檢出與基因特征分析

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【摘要】：為了解腸病毒D68(EV-D68)在北京、上海地區(qū)嚴(yán)重急性呼吸道感染(SARI)兒童中的流行情況和分子特征。本研究采集2008~2010年北京兒童醫(yī)院SARI兒童呼吸道樣品259份,2013~2014年上海復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院SARI兒童呼吸道樣品441份,采用套式RT-PCR結(jié)合測序方法檢測篩選EV-D68陽性樣品,設(shè)計EV-D68全基因組通用引物,對EV-D68陽性樣品進(jìn)行全基因組擴(kuò)增,收集NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中目前所有的EV-D68全基因組序列進(jìn)行序列分析,比較EV-D68中國和美國流行株的差異。結(jié)果發(fā)現(xiàn):北京地區(qū)檢測EV-D68陽性樣品1例,陽性率為0.4%,上海地區(qū)檢測EV-D68陽性樣品4例,陽性率為0.9%。結(jié)合目前中國已上傳的所有EV-D68相關(guān)序列,分析表明:目前中國地區(qū)流行的EV-D68主要屬于Clade A2或Clade B2亞型,不同于美國的Clade A1、Clade B1、Clade B4和Clade B5亞型,另外EV-D68部分基因進(jìn)化分析時出現(xiàn)樹形結(jié)構(gòu)沖突現(xiàn)象;上述結(jié)果表明目前EVD68在北京、上海地區(qū)的SARI兒童群體中的感染率較低(5/700;1%);中國與美國流行的EV-D68毒株屬于不同的分支,差異較大,部分序列分析表明EV-D68病毒可能存在組內(nèi)重組現(xiàn)象。
【作者單位】： 中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所應(yīng)急技術(shù)中心;溫州醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)病毒學(xué)研究所;復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院;首都醫(yī)科大學(xué)北京兒童醫(yī)院;
【關(guān)鍵詞】： 腸病毒D型 嚴(yán)重急性呼吸道感染 流行 基因組 測序
【基金】：十二五國家傳染病重大專項(2013ZX1004101,2013ZX1004601,2014ZX1004001)
【分類號】：R725.6;R440
【正文快照】： 2.溫州醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)病毒學(xué)研究所,溫州205035;3.復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院,上海201102;4.首都醫(yī)科大學(xué)北京兒童醫(yī)院,北京100045)腸道病毒屬于小RNA病毒科,腸病毒屬,是一種無囊膜的單股正鏈RNA病毒,目前分為A、B、C、D四組,其中腸病毒D68型(EV-D68)與EV-D70、EV-D94、EV-D111共同屬

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本文編號：1111264