發(fā)布時(shí)間：2017-09-30 09:22

  本文關(guān)鍵詞：多通路基因檢測(cè)用于預(yù)測(cè)乳腺癌新輔助化療療效的研究

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【摘要】：乳腺癌是一種常見的惡性腫瘤疾病。它位居女性惡性腫瘤發(fā)病率的第一。臨床上新輔助化療作為治療乳腺癌的一種手段越來越廣泛應(yīng)用。采用新輔助化療可以縮小病灶,利于腫瘤切除及增加保乳手術(shù)機(jī)會(huì)。但是有部分患者對(duì)新輔助化療不敏感,這需要多種潛在的指標(biāo)對(duì)乳腺癌新輔助化療的療效進(jìn)行預(yù)測(cè)將有效提高預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。本研究從浙江省腫瘤醫(yī)院共收集到32例新輔助化療前乳腺癌組織樣本,根據(jù)化療后的療效分為兩組,達(dá)到病理完全緩解(pCR)組和非病理完全緩解(NpCR)組。首先將3例乳腺癌患者新輔助化療后達(dá)到pCR效果的化療前樣本和3例未達(dá)到pCR效果的樣本進(jìn)行多樣本混合構(gòu)建文庫(kù)進(jìn)行高通量測(cè)序。通過對(duì)測(cè)序結(jié)果分析,篩選出差異表達(dá)的基因,并將差異表達(dá)基因進(jìn)行GO和KEGG功能富集。熒光定量分析目標(biāo)通路基因在15例pCR和17例NpCR樣本中的差異表達(dá)情況,結(jié)合年齡、雌激素受體水平、孕激素受體水平、HER2臨床指標(biāo)進(jìn)行分析其相關(guān)性。對(duì)比TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析目標(biāo)基因在971例乳腺癌組織樣本中的表達(dá)水平,分析其總生存期和無病生存期,推測(cè)其和乳腺癌新輔助化療敏感性的關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn),通過高通量測(cè)序,共獲得出715條差異表達(dá)的基因,然后將篩選出來的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO和KFGG功能富集,得到PSMB10、UBD、UBE2C、UBE2S、CCL2、CCR1、CXCL10、CXCL11、IL2RG這9個(gè)與泛素介導(dǎo)的蛋白酶體水解途徑,細(xì)胞因子和其受體間相互作用途徑有關(guān)的差異表達(dá)基因。熒光定量結(jié)果顯示,這9條基因在pCR和NpCR組織樣本中的表達(dá)水平具有顯著的差異性,在乳腺癌患者新輔助化療后達(dá)到pCR組織樣本中顯著高表達(dá)。本課題為了驗(yàn)證在這32例乳腺癌組織樣本中兩條通路基因的表達(dá)量能否預(yù)測(cè)乳腺癌新輔助化療療效,我們建立一個(gè)了邏輯回歸方程來預(yù)測(cè)。從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)PSMB10、UBD、UBE2C、CXCL10、CXCL11、IL2RG高表達(dá)的患者的總生存期、無病生存期明顯長(zhǎng)于低表達(dá)的患者,預(yù)后較好。因此我們推測(cè)這9條基因高表達(dá)的乳腺癌患者可能更適合新輔助化療治療,達(dá)到較好的預(yù)后效果。以上結(jié)果顯示這9個(gè)與泛素介導(dǎo)的蛋白酶體水解途徑,細(xì)胞因子和其受體間相互作用途徑有關(guān)的差異表達(dá)基因可以聯(lián)合用于預(yù)測(cè)乳腺癌新輔助化療的療效。
【關(guān)鍵詞】：乳腺癌 新輔助化療 高通量測(cè)序 差異表達(dá)
【學(xué)位授予單位】：浙江理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R737.9;R440
【目錄】：

• 摘要8-9
• Abstract9-13
• 縮略語(yǔ)13-14
• 第一章 文獻(xiàn)綜述14-21
• 1 新輔助化療概論14
• 2 新輔助化療的臨床意義14-15
• 2.1 了解腫瘤對(duì)化療藥物的敏感性和化療方案的合理性14
• 2.2 降低臨床分期, 利于腫瘤切除及增加保乳手術(shù)機(jī)會(huì)14-15
• 2.3 殺滅或減少微轉(zhuǎn)移灶, 提高病理緩解率15
• 2.4 防止遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移15
• 3 新輔助化療的療效預(yù)測(cè)因子15-16
• 3.1 HER2基因與化療效果15-16
• 3.2 ER表達(dá)與化療效果16
• 3.3 Ki-67表達(dá)與化療效果16
• 3.4 p53表達(dá)與化療效果16
• 4 乳腺癌其他治療方式16-17
• 4.1 手術(shù)切除16
• 4.2 放射治療16-17
• 4.3 內(nèi)分泌治療17
• 5 乳腺癌的靶向治療17-18
• 5.1 針對(duì)上皮生長(zhǎng)因子受體（EGFR）的靶向治療17
• 5.2 針對(duì)HER2的靶向治療17-18
• 5.3 針對(duì)HER受體多靶點(diǎn)18
• 5.4 針對(duì)血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子（VEGF）的靶向治療18
• 5.5 針對(duì)多靶點(diǎn)酪氨酸激酶抑制劑和其他靶向藥物18
• 6 高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展18-21
• 6.1 SOLiD測(cè)序技術(shù)19
• 6.2 454測(cè)序技術(shù)19
• 6.3 Solexa高通量測(cè)序技術(shù)19-20
• 6.4 RNA測(cè)序技術(shù)20-21
• 第二章 實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)21-23
• 1 研究目的和意義21
• 2 研究主要內(nèi)容21-23
• 第三章 材料與方法23-33
• 1 材料23-26
• 1.1 樣本收集和信息整理23-24
• 1.2 實(shí)驗(yàn)儀器24
• 1.3 實(shí)驗(yàn)試劑24-26
• 2 方法26-33
• 2.1 乳腺癌組織RNA提取26-27
• 2.2 總RNA的定量和質(zhì)量檢測(cè)27
• 2.3 轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜測(cè)序27-28
• 2.4 乳腺癌穿刺樣本轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜測(cè)序結(jié)果分析28
• 2.5 基因表達(dá)的定量分析28-32
• 2.5.1 特異性引物的設(shè)計(jì)28-30
• 2.5.2 cDNA第一鏈的合成30
• 2.5.3 Real-Time PCR30-31
• 2.5.4 數(shù)據(jù)的處理及分析31-32
• 2.6 對(duì)比TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析兩條通路基因32-33
• 第四章 結(jié)果和分析33-56
• 1 組織樣本總RNA的質(zhì)量分析33-34
• 2 高通量測(cè)序結(jié)果及數(shù)據(jù)分析34-43
• 2.1 高通量測(cè)序獲得的原始數(shù)據(jù)質(zhì)量基本統(tǒng)計(jì)34-35
• 2.2 高通量測(cè)序Reads質(zhì)量的預(yù)處理35-36
• 2.3 高通量測(cè)序基因組mapping率統(tǒng)計(jì)36-38
• 2.4 高通量測(cè)序結(jié)果mapping隨機(jī)性分析38
• 2.5 基因表達(dá)差異分析38-40
• 2.6 差異表達(dá)基因的GO分析40-41
• 2.7 KEGG PATHWAY富集分析41-43
• 3.有差異性表達(dá)的兩條通路基因篩選43
• 4.熒光定量PCR43-56
• 4.1 引物特異性的驗(yàn)證與分析43-45
• 4.2 乳腺癌新輔助化療后pCR和NpCR組織樣本中通路基因的差異性分析45-52
• 4.2.1 兩條通路基因在乳腺癌患者接受NACT治療后達(dá)到p CR和NpCR療效的化療前樣本中表達(dá)水平的差異性分析。45-47
• 4.2.2 兩條通路基因在激素受體表達(dá)水平的差異性分析47-49
• 4.2.3 兩條通路基因在HER2水平上的乳腺癌患者接受NACT化療前組織樣本中表達(dá)水平的差異性分析。49-50
• 4.2.4 兩條通路基因在不同患病年齡組上的乳腺癌患者組織中表達(dá)水平的差異性分析50-52
• 4.3 建立兩條通路基因預(yù)測(cè)乳腺癌NACT療效的回歸方程52
• 4.4 對(duì)比TCGA在線數(shù)據(jù)庫(kù)cBioportal分析兩條通路基因52-56
• 第五章 討論56-58
• 第六章 總結(jié)與展望58-60
• 致謝60-61
• 研究生學(xué)習(xí)期間主要成果61-62
• 參考文獻(xiàn)62-70

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