本文關(guān)鍵詞：白血病診斷網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物的構(gòu)建與分析

  更多相關(guān)文章： 網(wǎng)絡(luò)標(biāo)記物 整合分析 白血病

【摘要】：白血病是一種常見的惡性腫瘤,具有多種亞型。近年來,在死亡率較高的同時,其發(fā)病率呈逐漸上升趨勢。國內(nèi)外一直努力尋找用于白血病早期診斷的分子生物標(biāo)志物,但由于白血病的異質(zhì)性和復(fù)雜性,它的發(fā)生發(fā)展與分子以及分子模塊之間的相互作用密切相關(guān)。因此,目前普遍使用的單個分子標(biāo)志物具有一定的局限性。研究表明,基于網(wǎng)絡(luò)的組合標(biāo)志物相比于單個標(biāo)志物具有更高的魯棒性,對于具有差異性的不同個體有更好的適應(yīng)能力。在本文中,我們整合蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和基因表達(dá)數(shù)據(jù),在系統(tǒng)層面上對白血病的關(guān)鍵基因進(jìn)行模塊化分析,構(gòu)建可以為診斷白血病提供依據(jù)的網(wǎng)絡(luò)生物標(biāo)志物。首先,我們選擇蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫PINA和數(shù)據(jù)庫GeneGo中白血病相關(guān)基因,重建白血病特異性蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。接下來,進(jìn)一步整合六組不同的基因表達(dá)數(shù)據(jù),將不同實驗組的基因的顯著性統(tǒng)計值(p-value)映射到網(wǎng)絡(luò)的對應(yīng)結(jié)點上,分別對具有不同權(quán)重的六組網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模塊化分析,尋找白血病相關(guān)的網(wǎng)絡(luò)生物標(biāo)志物。經(jīng)過迭代篩選與合并,最終得到一個包含97個基因和399條映射關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物。最后,我們對得到的網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物進(jìn)行性能評估。信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析結(jié)果顯示,該網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物中的基因主要富集在白血病等癌癥相關(guān)通路上,表明除白血病外,它與多種癌癥發(fā)生的機(jī)理機(jī)制都有很大的關(guān)聯(lián)�；赗OC感受性曲線的性能評估結(jié)果表明,該網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物相比于單個標(biāo)志物可以更加有效的區(qū)分不同亞型白血病的疾病樣本和正常樣本,說明其可以為白血病的臨床診斷提供一個有效方法,也有助于進(jìn)一步了解探究不同亞型白血病發(fā)病發(fā)展的機(jī)理機(jī)制。本課題基于系統(tǒng)思維,為白血病的臨床診斷提供了新的方法,具有重要的理論和現(xiàn)實意義。
【關(guān)鍵詞】：網(wǎng)絡(luò)標(biāo)記物 整合分析 白血病
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R733.7
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-9
• 第1章 引言9-19
• 1.1 課題的研究背景9-14
• 1.1.1 白血病的研究背景及意義9-10
• 1.1.2 網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物的研究背景10-11
• 1.1.3 基因微陣列數(shù)據(jù)分析背景11-13
• 1.1.4 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用背景13-14
• 1.2 白血病診斷分子標(biāo)志物的研究現(xiàn)狀14-15
• 1.3 課題的研究內(nèi)容15-17
• 1.4 課題的研究目的和意義17
• 1.5 本文的組織結(jié)構(gòu)17-19
• 第2章 白血病網(wǎng)絡(luò)分析組學(xué)數(shù)據(jù)收集19-26
• 2.1 白血病特異性網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)收集19-21
• 2.1.1 人類蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)19-21
• 2.1.2 白血病相關(guān)基因21
• 2.2 白血病基因表達(dá)數(shù)據(jù)的收集與分析21-24
• 2.2.1 數(shù)據(jù)來源及整理21-23
• 2.2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理及分析23-24
• 2.3 驗證網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物的相關(guān)數(shù)據(jù)庫收集24-26
• 第3章 分析尋找用于診斷預(yù)測白血病的網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物26-36
• 3.1 構(gòu)建白血病特異性網(wǎng)絡(luò)26
• 3.2 整合基因表達(dá)數(shù)據(jù)26-27
• 3.3 篩選模塊化網(wǎng)絡(luò)27-31
• 3.4 構(gòu)建基于網(wǎng)絡(luò)的生物標(biāo)志物31-36
• 第4章 白血病診斷網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物的性能評估36-46
• 4.1 生物功能注釋與分析36-39
• 4.1.1 IPA生物通路分析36-37
• 4.1.2 KEGG信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路分析37-38
• 4.1.3 Gene Ontology分析38-39
• 4.2 超幾何分布統(tǒng)計學(xué)方法評價39-41
• 4.3 基于ROC感受性曲線的性能評估41-46
• 第5章 結(jié)論與展望46-48
• 參考文獻(xiàn)48-52
• 中英文對照縮略詞表52-54
• 附錄一54-56
• 附錄二56-59
• 附錄三59-67
• 讀碩士學(xué)位期間公開發(fā)表的論文67-68
• 致謝68-69

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本文編號：929091