本文關(guān)鍵詞：染色體5p13.1區(qū)域遺傳變異與胃體癌易感性的關(guān)聯(lián)研究

  更多相關(guān)文章： 胃體癌 遺傳易感性 遺傳變異 全基因組關(guān)聯(lián)研究 5p13.1

【摘要】：胃癌是最常見的惡性腫瘤之一,其年齡標(biāo)化發(fā)病率和死亡率分別居我國惡性腫瘤的第2位和第3位,嚴(yán)重威脅著我國居民的生命健康,是亟需緩解的重大公共衛(wèi)生問題。胃癌的發(fā)生是一個(gè)長期多階段的過程,是環(huán)境因素與遺傳因素復(fù)雜相互作用的結(jié)果。幽門螺桿菌感染是胃癌已知的致癌因素,全球超過50%的人感染幽門螺桿菌,但僅3%的感染者罹患胃癌,這說明不同個(gè)體對環(huán)境因素的反應(yīng)存在不同的易感性。這種易感性主要受個(gè)體遺傳因素的影響,篩檢具有胃癌遺傳易感性的高危人群,并采取針對性的預(yù)防措施,是有效控制胃癌高發(fā)的策略之一。隨著高通量基因組檢測技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用,全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genomewide Association Study,GWAS)已成為腫瘤等復(fù)雜性疾病遺傳易感性研究的一種高效策略。近年來,針對中國、日本和韓國等胃癌高發(fā)國家人群開展了多項(xiàng)胃癌GWAS,發(fā)現(xiàn)染色體1q22、6p21.1、7p15.3、8q24.3和10q23等多個(gè)胃癌易感區(qū)域。本課題組前期開展了一項(xiàng)三階段胃體癌GWAS,發(fā)現(xiàn)染色體3q13.31(rs9841504)和5p13.1(rs13361707)區(qū)域是中國人群胃體癌的遺傳易感區(qū)域。這些新發(fā)現(xiàn)的胃癌易感性單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位點(diǎn)將為高危人群篩檢提供生物標(biāo)志物。針對胃癌易感位點(diǎn)的功能研究發(fā)現(xiàn),位于染色體1q22區(qū)域MUC1第二外顯子的rs4072037可通過控制該外顯子5’端的選擇性剪接而影響胃上皮細(xì)胞中MUC1的表達(dá)和生理功能;位于染色體8q24.3區(qū)域PSCA第一外顯子的rs2294008TC可通過降低PSCA的轉(zhuǎn)錄活性,降低PSCA在胃癌壁細(xì)胞中的表達(dá)。GWAS發(fā)現(xiàn)的胃癌易感位點(diǎn)將為闡明胃癌發(fā)生機(jī)制提供新的線索,并為篩選胃癌潛在治療靶標(biāo)奠定基礎(chǔ)。盡管胃癌GWAS發(fā)現(xiàn)了一些新的易感位點(diǎn),但這些位點(diǎn)僅能解釋一小部分的胃癌易感性。GWAS具有嚴(yán)格的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)水準(zhǔn),有效減少了假陽性的研究結(jié)果,但同時(shí)可能掩蓋了大量易感區(qū)域。因此,基于已有g(shù)was數(shù)據(jù)進(jìn)行深入分析有望進(jìn)一步闡明胃癌遺傳易感性。此外,目前除了對1q22和8q24.3區(qū)域開展了初步的機(jī)制研究,其它胃癌易感區(qū)域的生物學(xué)機(jī)制尚未揭示,需要開展進(jìn)一步的研究闡明這些區(qū)域在胃癌形成過程中的作用。本研究利用課題組已完成的胃體癌gwas數(shù)據(jù):采用affymetrix6.0芯片對1033例胃體癌病例和2285例健康對照樣本(565例病例和1162例對照來自江蘇南京地區(qū),468例病例和1123例對照來自北京地區(qū))進(jìn)行全基因組遺傳變異檢測。選取前期胃體癌gwas尚未關(guān)注且符合以下標(biāo)準(zhǔn)的潛在胃癌關(guān)聯(lián)性位點(diǎn)進(jìn)行兩階段驗(yàn)證:1)南京和北京子研究關(guān)聯(lián)方向一致的位點(diǎn);2)排除前期gwas已報(bào)道和已驗(yàn)證的位點(diǎn)及其高連鎖不平衡(linkagedisequilibrium,ld)位點(diǎn)(r20.3);3)(總研究1.0×10-5p≤1.0×10-3,南京和北京子研究p≤0.01)或(總研究p≤1.0×10-5,南京或北京子研究其中一個(gè)p≤0.01、另一個(gè)0.01p≤0.05)的位點(diǎn);4)基因分型圖清晰的位點(diǎn);5)高度連鎖(r20.8)位點(diǎn)中p值最低的位點(diǎn)。研究最終選擇了11個(gè)遺傳變異,先后采用兩個(gè)獨(dú)立人群進(jìn)行驗(yàn)證:第一階段為江蘇來源的1154例胃體癌病例和1600例對照,采用sequenommassarray系統(tǒng)進(jìn)行檢測;第二階段為武漢和北京來源的1687例胃體癌病例和904例對照,采用taqman方法對第一階段驗(yàn)證陽性的位點(diǎn)(p≤0.05)進(jìn)行基因分型。本研究采用logistic回歸模型,相加遺傳模型,調(diào)整年齡、性別、吸煙和飲酒情況計(jì)算各snp與中國人群胃體癌的關(guān)聯(lián)性or值、or值的95%置信區(qū)間和p值;分層分析中采用基于?2分布的q檢驗(yàn)進(jìn)行異質(zhì)性檢驗(yàn)。本研究對本課題組發(fā)現(xiàn)的胃癌易感位點(diǎn)進(jìn)行了功能預(yù)測和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證:1)采用regulomedb1.1數(shù)據(jù)庫對胃癌易感位點(diǎn)及其高ld(r2≥0.5)位點(diǎn)進(jìn)行評分,選取1-3分的位點(diǎn);2)在tfsearch1.3、alibaba2.1和jaspar5.0_alpha三個(gè)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行堿基改變對轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合能力改變的預(yù)測,選取預(yù)測結(jié)果一致的位點(diǎn)作為潛在功能性位點(diǎn);3)構(gòu)建重組質(zhì)粒,在hela、bgc-823和hgc-27細(xì)胞系中進(jìn)行了雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn),采用t檢驗(yàn)比較兩重組質(zhì)粒熒光素表達(dá)水平是否具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,驗(yàn)證生物信息學(xué)的預(yù)測結(jié)果。研究發(fā)現(xiàn),染色體5p13.1區(qū)域的rs6882769在gwas初篩階段[or(95%ci):0.72(0.62-0.83)]和兩輪驗(yàn)證階段[第一階段or(95%ci):0.79(0.70-0.90);第二階段or(95%ci):0.81(0.71-0.93)]中均與胃體癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)。合并三個(gè)階段數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn),rs6882769g等位基因可顯著降低約20%的胃體癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)[or(95%ci):0.78(0.72-0.84),p=2.15×10-10]。分層分析未發(fā)現(xiàn)這一關(guān)聯(lián)在不同年齡、性別、吸煙和飲酒狀況的人群中存在顯著性差異。rs6882769與本課題組前期報(bào)道的rs13361707都位于染色體5p13.1區(qū)域,兩者相距144kb并存在一定的ld關(guān)聯(lián)(r2=0.249)。條件logistic分析發(fā)現(xiàn),兩位點(diǎn)是胃體癌相互獨(dú)立的易感位點(diǎn)[gwas階段rs6882769:or(95%ci):0.76(0.65-0.89),p=2.92×10-4;rs13361707:or(95%ci):1.31(1.15-1.50),p=3.12×10-5],研究結(jié)果再次驗(yàn)證了染色體5p13.1區(qū)域是胃體癌的易感區(qū)域。為揭示染色體5p13.1區(qū)域易感位點(diǎn)的生物學(xué)功能,本研究對該區(qū)域的兩個(gè)胃癌獨(dú)立易感位點(diǎn)rs6882769和rs13361707及其高ld(r20.5)位點(diǎn)進(jìn)行生物信息學(xué)預(yù)測。預(yù)測結(jié)果顯示與rs13361707完全連鎖不平衡(r2=1.00)的rs59133000位于轉(zhuǎn)錄因子nf-κb(p65)的結(jié)合區(qū)域,該位點(diǎn)位于prkaa1基因上游817bp,所在區(qū)域具有啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄活性。我們構(gòu)建了prkaa1上游含rs59133000不同等位基因序列的報(bào)告基因質(zhì)粒,進(jìn)行雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)。檢測顯示,在hela、bgc-823和hgc-27三種細(xì)胞系中,含rs59133000t等位基因質(zhì)粒的熒光素表達(dá)水平均顯著低于含rs59133000c等位基因質(zhì)粒的熒光素表達(dá)水平(p0.001),提示rs59133000tc可增強(qiáng)prkaa1啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄活性。本研究基于已有胃體癌gwas數(shù)據(jù)進(jìn)行獨(dú)立人群驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)rs6882769是中國人群胃體癌的獨(dú)立易感位點(diǎn),進(jìn)一步驗(yàn)證了染色體5p13.1區(qū)域是中國人群胃體癌的易感區(qū)域。研究還發(fā)現(xiàn)染色體5p13.1區(qū)域rs59133000tc可增強(qiáng)prkaa1的啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄活性,可能是該區(qū)域影響胃體癌發(fā)生的一個(gè)功能性遺傳變異。本研究進(jìn)一步揭示了中國人群胃癌的遺傳易感性,為闡明5p13.1區(qū)域胃體癌致病位點(diǎn)機(jī)制提供了線索,并為促進(jìn)該區(qū)域遺傳變異作為生物標(biāo)志物應(yīng)用于胃癌高危人群早期篩查、早期防治提供了依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：胃體癌 遺傳易感性 遺傳變異 全基因組關(guān)聯(lián)研究 5p13.1
【學(xué)位授予單位】：南京醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.2
【目錄】：

• 中文摘要5-9
• 英文摘要9-13
• 前言13-17
• 對象與方法17-41
• 結(jié)果41-50
• 討論50-53
• 總結(jié)53-54
• 參考文獻(xiàn)54-57
• 綜述57-67
• 參考文獻(xiàn)64-67
• 附錄67-69
• 附錄一、論文縮略詞表67-68
• 附錄二、已發(fā)表論文68-69
• 致謝69

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王紅梅;郭書慧;蔡永蘭;;青年、老年人胃體癌臨床病理分析與護(hù)理[J];全科護(hù)理;2011年36期

2 ;胃體癌研究發(fā)現(xiàn)兩個(gè)新易感基因位點(diǎn)[J];健康生活;2012年01期

3 吳榮進(jìn),羅建生,吳曉康,鄭樟棟,陳凱;胃體癌淋巴轉(zhuǎn)移的臨床病理特點(diǎn)[J];中國胃腸外科雜志;2000年02期

4 黃凱;吳煒;王芳;;手術(shù)治療胃體癌55例療效觀察[J];北方藥學(xué);2012年10期

5 周凱凱;張建文;黃仁峰;趙玉國;;117例胃體癌手術(shù)切除方式分析[J];中國醫(yī)學(xué)創(chuàng)新;2014年01期

6 肖華德;梁軍;黃偉超;;胃體癌28例手術(shù)療效觀察[J];臨床醫(yī)學(xué)工程;2012年01期

7 任為端,姜立民,呂祥龍;異位胰腺合并胃體癌一例[J];臨床放射學(xué)雜志;1997年02期

8 郭紅偉;;經(jīng)腹縱隔根治老年賁門 胃體癌82例臨床分析[J];長治醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);2007年02期

9 馬立業(yè);華積德;沈炎明;聞?wù)渍?;老年賁門癌、胃體癌的圍手術(shù)期處理(附160例臨床分析)[J];中國實(shí)用外科雜志;1996年07期

10 解秀明;趙文書;;賁門胃體癌頸椎轉(zhuǎn)移誤診臂叢神經(jīng)損傷1例[J];中國誤診學(xué)雜志;2008年12期

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 記者 胡德榮;胃體癌研究有進(jìn)展[N];健康報(bào);2011年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 戴寧彬;染色體5p13.1區(qū)域遺傳變異與胃體癌易感性的關(guān)聯(lián)研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2015年

2 李輝章;中國人群胃體癌的全基因組關(guān)聯(lián)研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2012年

3 王鋮;全基因組連續(xù)性純合片段與胃體癌易感性的關(guān)聯(lián)研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2013年

，

本文編號：923914