本文關(guān)鍵詞：miR-25與人食管鱗癌細胞侵襲與轉(zhuǎn)移關(guān)系的研究及生物信息學分析

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【摘要】：目的:探討mi R-25與人食管鱗癌細胞侵襲與轉(zhuǎn)移的關(guān)系,并對其進行生物信息學分析,從而為后續(xù)mi R-25的功能研究提供線索。方法:通過轉(zhuǎn)染人食管癌細胞系KYSE-150,EC109,造成mi R-25在細胞中表達抑制及過表達;通過q RT-PCR檢測mi R-25在不同轉(zhuǎn)染組間的表達差異,當組間表達差異具有顯著統(tǒng)計學意義時再通過transwell細胞遷移實驗、細胞侵襲實驗以及劃痕實驗研究mi R-25不同表達情況下食管癌細胞侵襲轉(zhuǎn)移能力的變化;應(yīng)用在線靶基因預測軟件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase預測mi R-25靶基因,結(jié)果取交集;基因功能通過在線軟件Gene Ontology(GO)分析完成,并應(yīng)用在線分析軟件DAVID 6.7及mirfocus 3.0對預測靶基因集合進行功能富集分析和信號通路富集分析,進而應(yīng)用在線軟件STRING繪制mi R-25靶基因編碼蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,預測其下游調(diào)控蛋白。結(jié)果:轉(zhuǎn)染后q RTPCR檢測結(jié)果顯示模擬物組mi R-25的表達水平明顯高于陰性對照組(p0.05),抑制劑組mi R-25的表達明顯低于陰性對照組(p0.05),mi R-25在食管鱗癌細胞中的過表達、高表達及低表達細胞模型構(gòu)建成功。(1)KYSE-150細胞系實驗結(jié)果:Transwell細胞侵襲實驗顯示模擬物組細胞穿透基質(zhì)膠侵襲到下室的數(shù)量明顯多于抑制劑組,差異具有統(tǒng)計學意義(p0.01),抑制組細胞穿透基質(zhì)膠侵襲到下室的數(shù)量明顯少于陰性對照組,差異具有統(tǒng)計學意義(p0.01);Transwell細胞遷移實驗顯示模擬物組細胞轉(zhuǎn)移至下室的數(shù)量明顯多于抑制組,差異具有統(tǒng)計學意義(p0.01),抑制劑組細胞轉(zhuǎn)移至下室的數(shù)量明顯少于陰性對照組(p0.01);劃痕實驗結(jié)果顯示12小時后模擬物組劃痕愈合程度明顯優(yōu)于抑制劑組,差異具有統(tǒng)計學意義(p0.01),抑制劑組劃痕愈合程度明顯劣與陰性對照組,差異具有統(tǒng)計學意義(p0.01);24小時后以上結(jié)果差異仍具有統(tǒng)計學意義(p0.05)。(2)EC109實驗結(jié)果:mi R-25過表達組細胞侵襲轉(zhuǎn)移結(jié)果與KYSE-150細胞系一致,而mi R-25低表達組細胞Transwell遷移、侵襲實驗細胞計數(shù)與陰性對照組差異無統(tǒng)計學意義(p0.05)。(3)應(yīng)用在線靶基因預測軟件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase預測mi R-25靶基因,結(jié)果取交集得到54個預測靶基因,包括ZNF512B、ERC2、MIER3、DMXL1、EXOC5、PRKCE、PCDH11Y、PDS5B、LHFPL2、COL1A2等;基因功能分析顯示預測靶基因主要富集在細胞代謝的調(diào)節(jié)過程、正向調(diào)節(jié)細胞代謝、細胞代謝的初始調(diào)節(jié),等(p0.001);分子組分主要集中在蛋白質(zhì)結(jié)合、蛋白連接酶結(jié)合、小分子共軛化合物連接酶結(jié)合,等(p0.001),唯一參與的細胞組分是細胞核(p=7.904е-03);信號通路富集分析顯示mi R-25的靶基因顯著富集在p53信號通路及腫瘤信號通路這兩個與腫瘤密切相關(guān)的通路中;蛋白互作分析顯示mi R-25預測靶基因的調(diào)控蛋白間存在復雜的相互關(guān)系,其中下游蛋白p53,MDM2和KAT2B起到關(guān)鍵性作用。結(jié)論:miR-25可以促進ESCC細胞的侵襲轉(zhuǎn)移能力;抑制miR-25的表達對ESCC細胞侵襲轉(zhuǎn)移能力的影響可能與ESCC細胞的分化程度有關(guān):分化程度越低抑制作用越顯著。預測靶基因TP53,MDM2和KAT2B可能是mi R-25的下游靶基因,它們編碼的下游蛋白同其他相關(guān)蛋白相互作用構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)可能作用于細胞代謝、蛋白結(jié)合以及相關(guān)腫瘤通路,從而在腫瘤形成、發(fā)展及預后中起到關(guān)鍵性作用。
【關(guān)鍵詞】：食管癌 microRNA-25 侵襲 轉(zhuǎn)移 生物信息學分析
【學位授予單位】：石河子大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.1
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 英文縮略詞表9-10
• 前言10-13
• 實驗材料與方法13-23
• 1.實驗材料13-14
• 1.1 實驗細胞系13
• 1.2 主要試劑13
• 1.3 溶液配制13-14
• 2. 實驗方法14-21
• 2.1 細胞復蘇14
• 2.2 細胞培養(yǎng)14
• 2.3 細胞傳代14
• 2.4 細胞保存14
• 2.5 細胞轉(zhuǎn)染14-16
• 2.6 提取RNA16-17
• 2.7 反轉(zhuǎn)錄17-18
• 2.8 實時熒光定量PCR18-19
• 2.9 劃痕實驗19
• 2.10 細胞遷移實驗19-20
• 2.11 細胞侵襲實驗20
• 2.12 生物信息學分析20-21
• 3.統(tǒng)計學方法21-23
• 實驗結(jié)果23-30
• 1.轉(zhuǎn)染后mi R-25 在ESCC細胞系KYSE-150 及EC-109 中的表達水平23-24
• 2. mi R-25 促進ESCC細胞系KYSE-150 的侵襲與轉(zhuǎn)移24-26
• 3. mi R-25 對EC細胞系KYSE-150 及EC109的侵襲轉(zhuǎn)移能力的影響有差別26
• 4. mi R-25 的生物信息學分析26-30
• 討論30-33
• 結(jié)論33-34
• 參考文獻34-38
• 綜述38-50
• 參考文獻45-50
• 致謝50-51
• 作者簡介51-52
• 導師評閱表52

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