本文關(guān)鍵詞：miR-25與人食管鱗癌細(xì)胞侵襲與轉(zhuǎn)移關(guān)系的研究及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的:探討mi R-25與人食管鱗癌細(xì)胞侵襲與轉(zhuǎn)移的關(guān)系,并對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析,從而為后續(xù)mi R-25的功能研究提供線索。方法:通過(guò)轉(zhuǎn)染人食管癌細(xì)胞系KYSE-150,EC109,造成mi R-25在細(xì)胞中表達(dá)抑制及過(guò)表達(dá);通過(guò)q RT-PCR檢測(cè)mi R-25在不同轉(zhuǎn)染組間的表達(dá)差異,當(dāng)組間表達(dá)差異具有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義時(shí)再通過(guò)transwell細(xì)胞遷移實(shí)驗(yàn)、細(xì)胞侵襲實(shí)驗(yàn)以及劃痕實(shí)驗(yàn)研究mi R-25不同表達(dá)情況下食管癌細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移能力的變化;應(yīng)用在線靶基因預(yù)測(cè)軟件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase預(yù)測(cè)mi R-25靶基因,結(jié)果取交集;基因功能通過(guò)在線軟件Gene Ontology(GO)分析完成,并應(yīng)用在線分析軟件DAVID 6.7及mirfocus 3.0對(duì)預(yù)測(cè)靶基因集合進(jìn)行功能富集分析和信號(hào)通路富集分析,進(jìn)而應(yīng)用在線軟件STRING繪制mi R-25靶基因編碼蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,預(yù)測(cè)其下游調(diào)控蛋白。結(jié)果:轉(zhuǎn)染后q RTPCR檢測(cè)結(jié)果顯示模擬物組mi R-25的表達(dá)水平明顯高于陰性對(duì)照組(p0.05),抑制劑組mi R-25的表達(dá)明顯低于陰性對(duì)照組(p0.05),mi R-25在食管鱗癌細(xì)胞中的過(guò)表達(dá)、高表達(dá)及低表達(dá)細(xì)胞模型構(gòu)建成功。(1)KYSE-150細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)結(jié)果:Transwell細(xì)胞侵襲實(shí)驗(yàn)顯示模擬物組細(xì)胞穿透基質(zhì)膠侵襲到下室的數(shù)量明顯多于抑制劑組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01),抑制組細(xì)胞穿透基質(zhì)膠侵襲到下室的數(shù)量明顯少于陰性對(duì)照組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01);Transwell細(xì)胞遷移實(shí)驗(yàn)顯示模擬物組細(xì)胞轉(zhuǎn)移至下室的數(shù)量明顯多于抑制組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01),抑制劑組細(xì)胞轉(zhuǎn)移至下室的數(shù)量明顯少于陰性對(duì)照組(p0.01);劃痕實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示12小時(shí)后模擬物組劃痕愈合程度明顯優(yōu)于抑制劑組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01),抑制劑組劃痕愈合程度明顯劣與陰性對(duì)照組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01);24小時(shí)后以上結(jié)果差異仍具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.05)。(2)EC109實(shí)驗(yàn)結(jié)果:mi R-25過(guò)表達(dá)組細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移結(jié)果與KYSE-150細(xì)胞系一致,而mi R-25低表達(dá)組細(xì)胞Transwell遷移、侵襲實(shí)驗(yàn)細(xì)胞計(jì)數(shù)與陰性對(duì)照組差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.05)。(3)應(yīng)用在線靶基因預(yù)測(cè)軟件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase預(yù)測(cè)mi R-25靶基因,結(jié)果取交集得到54個(gè)預(yù)測(cè)靶基因,包括ZNF512B、ERC2、MIER3、DMXL1、EXOC5、PRKCE、PCDH11Y、PDS5B、LHFPL2、COL1A2等;基因功能分析顯示預(yù)測(cè)靶基因主要富集在細(xì)胞代謝的調(diào)節(jié)過(guò)程、正向調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝、細(xì)胞代謝的初始調(diào)節(jié),等(p0.001);分子組分主要集中在蛋白質(zhì)結(jié)合、蛋白連接酶結(jié)合、小分子共軛化合物連接酶結(jié)合,等(p0.001),唯一參與的細(xì)胞組分是細(xì)胞核(p=7.904е-03);信號(hào)通路富集分析顯示mi R-25的靶基因顯著富集在p53信號(hào)通路及腫瘤信號(hào)通路這兩個(gè)與腫瘤密切相關(guān)的通路中;蛋白互作分析顯示mi R-25預(yù)測(cè)靶基因的調(diào)控蛋白間存在復(fù)雜的相互關(guān)系,其中下游蛋白p53,MDM2和KAT2B起到關(guān)鍵性作用。結(jié)論:miR-25可以促進(jìn)ESCC細(xì)胞的侵襲轉(zhuǎn)移能力;抑制miR-25的表達(dá)對(duì)ESCC細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移能力的影響可能與ESCC細(xì)胞的分化程度有關(guān):分化程度越低抑制作用越顯著。預(yù)測(cè)靶基因TP53,MDM2和KAT2B可能是mi R-25的下游靶基因,它們編碼的下游蛋白同其他相關(guān)蛋白相互作用構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)可能作用于細(xì)胞代謝、蛋白結(jié)合以及相關(guān)腫瘤通路,從而在腫瘤形成、發(fā)展及預(yù)后中起到關(guān)鍵性作用。
【關(guān)鍵詞】：食管癌 microRNA-25 侵襲 轉(zhuǎn)移 生物信息學(xué)分析
【學(xué)位授予單位】：石河子大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R735.1
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 英文縮略詞表9-10
• 前言10-13
• 實(shí)驗(yàn)材料與方法13-23
• 1.實(shí)驗(yàn)材料13-14
• 1.1 實(shí)驗(yàn)細(xì)胞系13
• 1.2 主要試劑13
• 1.3 溶液配制13-14
• 2. 實(shí)驗(yàn)方法14-21
• 2.1 細(xì)胞復(fù)蘇14
• 2.2 細(xì)胞培養(yǎng)14
• 2.3 細(xì)胞傳代14
• 2.4 細(xì)胞保存14
• 2.5 細(xì)胞轉(zhuǎn)染14-16
• 2.6 提取RNA16-17
• 2.7 反轉(zhuǎn)錄17-18
• 2.8 實(shí)時(shí)熒光定量PCR18-19
• 2.9 劃痕實(shí)驗(yàn)19
• 2.10 細(xì)胞遷移實(shí)驗(yàn)19-20
• 2.11 細(xì)胞侵襲實(shí)驗(yàn)20
• 2.12 生物信息學(xué)分析20-21
• 3.統(tǒng)計(jì)學(xué)方法21-23
• 實(shí)驗(yàn)結(jié)果23-30
• 1.轉(zhuǎn)染后mi R-25 在ESCC細(xì)胞系KYSE-150 及EC-109 中的表達(dá)水平23-24
• 2. mi R-25 促進(jìn)ESCC細(xì)胞系KYSE-150 的侵襲與轉(zhuǎn)移24-26
• 3. mi R-25 對(duì)EC細(xì)胞系KYSE-150 及EC109的侵襲轉(zhuǎn)移能力的影響有差別26
• 4. mi R-25 的生物信息學(xué)分析26-30
• 討論30-33
• 結(jié)論33-34
• 參考文獻(xiàn)34-38
• 綜述38-50
• 參考文獻(xiàn)45-50
• 致謝50-51
• 作者簡(jiǎn)介51-52
• 導(dǎo)師評(píng)閱表52

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