本文關(guān)鍵詞：基于胃癌耐藥的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究

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【摘要】：胃癌,高居世界腫瘤死亡率第二位,而影響胃癌治療療效的關(guān)鍵因素在于多藥耐藥。胃癌耐藥的發(fā)生機(jī)制復(fù)雜,是涉及多個(gè)蛋白編碼基因、多條信號通路的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)共同作用的結(jié)果,針對任何耐藥相關(guān)分子的單一干預(yù)都難以有效逆轉(zhuǎn)胃癌耐藥。基因表達(dá),作為細(xì)胞生命活動(dòng)的一個(gè)最基本過程,其內(nèi)容可概括為DNA轉(zhuǎn)錄為m RNA,然后再翻譯為蛋白質(zhì),而轉(zhuǎn)錄階段則是基因表達(dá)的核心步驟,所以一個(gè)基因表達(dá)的成功與否大大取決于轉(zhuǎn)錄階段,這也因此突顯了m RNA的重要性。本梯隊(duì)合作單位第四軍醫(yī)大學(xué)研究發(fā)現(xiàn),在胃癌耐藥細(xì)胞中存在著大量異常表達(dá)的m RNA,并通過對這些m RNA表達(dá)水平的測量,得到了大量差異表達(dá)基因數(shù)據(jù),而這些差異表達(dá)的基因數(shù)據(jù)為胃癌多藥耐藥研究提供了重要線索。但胃癌耐藥中特異表達(dá)的基因數(shù)量眾多,單純依靠傳統(tǒng)生物實(shí)驗(yàn)逐條敲出、抑制的研究方法消耗大量時(shí)間、物力,且不具有良好的可操作性。生物信息學(xué)則可以通過合理的數(shù)學(xué)建模、利用強(qiáng)大的計(jì)算資源,從海量的信息中挖掘出研究人員所關(guān)切的、有研究價(jià)值的數(shù)據(jù),合理的縮小研究對象范圍。因此,本文通過合理的建模并結(jié)合網(wǎng)絡(luò)模型,對合作單位提供的大量胃癌耐藥差異表達(dá)基因數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析、篩選、挖掘,以從中找到與胃癌多藥耐藥相關(guān)的有價(jià)值數(shù)據(jù)。首先,本文對胃癌耐藥差異表達(dá)基因數(shù)據(jù)進(jìn)行了處理,主要從數(shù)據(jù)冗余和標(biāo)注錯(cuò)誤兩類問題上對數(shù)據(jù)中存在的不確定錯(cuò)誤或噪聲進(jìn)行了處理以提高數(shù)據(jù)的可靠性,之后對處理后的數(shù)據(jù)依據(jù)注釋內(nèi)容進(jìn)行了初次分類,并在初次分類基礎(chǔ)上,用聚類算法對各分類數(shù)據(jù)再進(jìn)行功能性聚類,從而將每分類數(shù)據(jù)再分為若干個(gè)小規(guī)模類;然后,在功能性聚類后數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上,通過本文挖掘出的各基因間的相互作用關(guān)系建立各分類初級基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),隨后用本文設(shè)計(jì)的評分機(jī)制對各分類初級基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的各節(jié)點(diǎn)進(jìn)行打分,并依據(jù)分值對節(jié)點(diǎn)排序,最后依據(jù)排序后的節(jié)點(diǎn)選取適當(dāng)?shù)暮诵墓?jié)點(diǎn),進(jìn)而以選取的這些核心節(jié)點(diǎn)為中心用本文設(shè)計(jì)的模塊挖掘方法進(jìn)行核心網(wǎng)絡(luò)模塊挖掘,接著,對挖掘出的核心網(wǎng)絡(luò)模塊進(jìn)行分析。經(jīng)過相關(guān)分析后,本文得出20個(gè)核心基因以及它們的附屬基因所組成的網(wǎng)絡(luò)模塊是與胃癌多藥耐藥相關(guān)的有價(jià)值數(shù)據(jù)。這種以生物信息學(xué)為基礎(chǔ),從網(wǎng)絡(luò)模型角度出發(fā),基于胃癌耐藥的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)計(jì)算模型研究,為胃癌的多藥耐藥研究提供了新的思路。同時(shí)本文也對促進(jìn)胃癌耐藥機(jī)理研究、臨床治療、轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究等科學(xué)領(lǐng)域都有著重要的理論與現(xiàn)實(shí)意義,對其他癌癥耐藥研究也具有借鑒作用。
【關(guān)鍵詞】：胃癌 多藥耐藥 差異表達(dá)基因 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.2;TP311.13
【目錄】：

• 摘要4-6
• Abstract6-10
• 第1章 緒論10-16
• 1.1 選題依據(jù)10-11
• 1.2 研究背景及國內(nèi)外研究現(xiàn)狀11-14
• 1.3 本文的研究目的與意義14-15
• 1.4 本文的組織結(jié)構(gòu)15-16
• 第2章 胃癌耐藥調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究相關(guān)知識介紹16-25
• 2.1 腫瘤多藥耐藥基本知識16-17
• 2.2 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)基本原理17-19
• 2.2.1 基因的表達(dá)過程17-18
• 2.2.2 基因的調(diào)控機(jī)制18-19
• 2.3 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型19-24
• 2.3.1 邏輯模型20-21
• 2.3.2 持續(xù)性模型21-23
• 2.3.3 單分子水平模型23-24
• 2.4 本章小結(jié)24-25
• 第3章 胃癌耐藥差異表達(dá)基因數(shù)據(jù)預(yù)處理25-32
• 3.1 數(shù)據(jù)形式及其處理25-27
• 3.2 數(shù)據(jù)的注釋分類27-28
• 3.3 數(shù)據(jù)的功能性聚類28-31
• 3.4 本章小結(jié)31-32
• 第4章 基于胃癌耐藥數(shù)據(jù)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究32-50
• 4.1 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)總體流程的設(shè)計(jì)32-33
• 4.2 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的具體設(shè)計(jì)33-44
• 4.2.1 建立初級調(diào)控網(wǎng)絡(luò)33-36
• 4.2.2 網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)重要性打分，，選取核心節(jié)點(diǎn)36-38
• 4.2.3 核心節(jié)點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)模塊挖掘38-41
• 4.2.4 核心網(wǎng)絡(luò)模塊分析41-44
• 4.3 研究結(jié)果44-47
• 4.4 模型有效性評估47-49
• 4.5 本章小結(jié)49-50
• 第5章 總結(jié)與展望50-52
• 5.1 總結(jié)50-51
• 5.2 展望51-52
• 參考文獻(xiàn)52-56
• 作者簡介56-57
• 致謝57

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

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本文編號：850977