本文關(guān)鍵詞：人類癌癥轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序數(shù)據(jù)中融合基因的挖掘和數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建

  更多相關(guān)文章： 癌癥 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 融合基因 結(jié)直腸癌

【摘要】：癌癥是一種人類尚未攻克的慢性疾病。其起因十分復(fù)雜,除了患者遺傳因素之外,還與環(huán)境、生活習(xí)慣和致癌物的接觸等因素有關(guān)。癌癥分子水平上的發(fā)生表現(xiàn)為原癌基因的功能獲得性突變以及抑癌基因的功能喪失性突變導(dǎo)致的細(xì)胞異常增殖,癌癥發(fā)展至一定階段會(huì)入侵周圍組織甚至通過(guò)血液或淋巴擴(kuò)散至全身其他部位。目前已發(fā)現(xiàn)與人類相關(guān)的癌癥多達(dá)100多種。根據(jù)流行病學(xué)的研究,癌癥依然是全球高發(fā)病,其發(fā)病率與死亡率一直處于各種疾病之首。但是各種癌癥的發(fā)病率和預(yù)后各不相同,并且在同種癌癥的不同患者之間以及同一患者的腫瘤內(nèi)部,其遺傳物質(zhì)依然存在著極大的差異性,這使得對(duì)癌癥的致病機(jī)理和治療方法的研究變得十分困難。研究表明,遺傳物質(zhì)的改變是癌癥產(chǎn)生的原因,其中包括單核苷酸改變、小片段的插入和缺失以及染色體結(jié)構(gòu)的改變。融合基因作為一種由染色體插入、缺失或者倒位引起的染色體結(jié)構(gòu)異常,已經(jīng)被證實(shí)是引發(fā)癌癥的可能原因之一,如BCR-ABLl在慢性粒細(xì)胞白血病中的作用。但是僅僅依靠熒光原位雜交等技術(shù)對(duì)融合基因進(jìn)行挖掘顯然不能滿足癌癥異質(zhì)性的特點(diǎn)。生物信息學(xué)分析技術(shù)和二代測(cè)序技術(shù)近年來(lái)迅速發(fā)展,被越來(lái)越廣泛地應(yīng)用到融合基因的檢測(cè)中,由于它們精確度高、通量大,并且成本不斷降低,極大促進(jìn)了癌癥基因組/轉(zhuǎn)錄組中融合基因的挖掘。因此在這一契機(jī)下,我們利用已經(jīng)公布的人類多種癌癥的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了融合基因的挖掘,在進(jìn)行必要的質(zhì)控和過(guò)濾之后,對(duì)結(jié)直腸癌進(jìn)行了深入的研究,通過(guò)分析參與融合事件的基因的功能以及融合事件對(duì)基因結(jié)構(gòu)的影響,尋找在癌癥發(fā)展過(guò)程中真正起到驅(qū)動(dòng)作用的融合基因,并嘗試探尋這些融合基因的可能的致病分子機(jī)理。同時(shí),我們構(gòu)建了單純利用二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘的融合基因數(shù)據(jù)庫(kù),其中羅列了在各種癌癥中比較普遍的融合基因,為癌癥研究提供了潛在靶標(biāo)。
【關(guān)鍵詞】：癌癥 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 融合基因 結(jié)直腸癌
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R730.4;R440
【目錄】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-12
• 第一章 緒論12-14
• 第二章 癌癥二代測(cè)序數(shù)據(jù)中融合基因的研究14-27
• 第一節(jié) 人類癌癥及其分子生物學(xué)概述14-19
• 第二節(jié) 融合基因在癌癥中的作用19-22
• 第三節(jié) 二代測(cè)序技術(shù)概述22-24
• 第四節(jié) 二代測(cè)序技術(shù)在癌癥研究中的應(yīng)用24-26
• 第五節(jié) 本論文的研究意義26-27
• 第三章 癌癥RNA-seq數(shù)據(jù)中融合基因的挖掘27-55
• 第一節(jié) 材料與方法27-35
• 一、癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集27-28
• 二、融合基因挖掘和數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的技術(shù)路線28-29
• 三、融合基因數(shù)據(jù)挖掘和過(guò)濾29-31
• 四、融合基因的結(jié)構(gòu)功能注釋31-34
• 五、基因的KEGG、GO和InterPro富集功能注釋34
• 六、融合基因的driver作用可能性預(yù)測(cè)34-35
• 七、數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)35
• 第二節(jié) 結(jié)果與討論35-53
• 一、結(jié)直腸癌RNA-seq數(shù)據(jù)中融合基因的挖掘35-44
• 二、癌癥融合基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建44-48
• 三、討論48-53
• 第三節(jié) 結(jié)論53-55
• 一、結(jié)論53
• 二、本研究創(chuàng)新之處53-54
• 三、展望54-55
• 附錄55-59
• 參考文獻(xiàn)59-69
• 攻讀碩士期間學(xué)術(shù)成果69-70
• 致謝70

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 黃明,時(shí)新穎;長(zhǎng)期生存的急性早幼粒細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)病例PML/RARα融合基因的變化及意義[J];臨床血液學(xué)雜志;2004年06期

2 孫雪梅,陳蕾蕾,許景艷,謝品浩,楊永公,陳軍浩,范洵楠,歐陽(yáng)建;應(yīng)用熒光原位雜交技術(shù)動(dòng)態(tài)觀察急性早幼粒細(xì)胞白血病患者PML-RARα融合基因的變化[J];臨床血液學(xué)雜志;2005年03期

3 陳曉玲;魏莎莉;;BCR/ABL融合基因與慢性粒細(xì)胞白血病的發(fā)生[J];國(guó)際遺傳學(xué)雜志;2006年04期

4 樓瑾;汪明春;李明;杜新;黃瑞宏;古慶利;;實(shí)時(shí)定量RT-PCR檢測(cè)急性早幼粒細(xì)胞白血病PML/RARα融合基因的臨床意義[J];臨床血液學(xué)雜志;2008年03期

5 張強(qiáng);李玉云;徐修才;翟志敏;;巢式RT-PCR檢測(cè)急性早幼粒細(xì)胞白血病PML/RARα融合基因的意義[J];臨床檢驗(yàn)雜志;2010年04期

6 鄭慧麗;于慧洋;許霽虹;劉立峰;王雁;郭曉霞;;實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)白血病融合基因的應(yīng)用研究[J];中華全科醫(yī)學(xué);2011年07期

7 汪紅梅;翁少煌;林麗清;林新華;陳元仲;;計(jì)時(shí)電量法用于檢測(cè)急性早幼粒細(xì)胞白血病PML/RARα融合基因的研究[J];分析測(cè)試學(xué)報(bào);2011年08期

8 周瑞蓮;莫耀禧;藍(lán)梅;林金盈;;熒光原位雜交技術(shù)檢測(cè)BCR/ABL融合基因的臨床應(yīng)用[J];中國(guó)實(shí)驗(yàn)血液學(xué)雜志;2011年05期

9 伊強(qiáng);陳丹;楊濱;歐啟水;;重疊延伸PCR構(gòu)建EB病毒BMRF1-BZLF1N融合基因[J];臨床檢驗(yàn)雜志;2013年04期

10 陳賽娟，王振義，陳竺;急性早幼粒細(xì)胞白血病中融合基因的研究[J];實(shí)用腫瘤雜志;1995年01期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 王彬;吳敏媛;李志剛;周翱;謝靜;;20例兒童BCR/ABL融合基因陽(yáng)性急性淋巴細(xì)胞白血病的臨床研究[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第八次全國(guó)血液學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2004年

2 朱曉華;高怡瑾;楊毅;吳s，

本文編號(hào)：820827