本文關(guān)鍵詞：卵巢上皮性癌多藥耐藥與DNA甲基化關(guān)系的研究

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【摘要】：卵巢癌是嚴(yán)重威脅女性健康的疾病,死亡率居?jì)D科惡性腫瘤之首。多藥耐藥是卵巢癌患者術(shù)后化療失敗主要原因,而DNA甲基化則是卵巢癌多藥耐藥調(diào)控的重要機(jī)制。因此,全面了解DNA甲基化對(duì)卵巢癌及卵巢癌多藥耐藥的調(diào)控機(jī)制對(duì)于卵巢癌治療和預(yù)后具有重要意義。通過PUMMED數(shù)據(jù)庫檢索,本文共提取了27個(gè)與卵巢癌多藥耐藥調(diào)控顯著相關(guān)的DNA甲基化基因,系統(tǒng)整合分析了這些基因甲基化水平改變對(duì)卵巢癌耐藥的影響及其分子調(diào)控機(jī)制。在所有27個(gè)基因中,至少一半以上的DNA甲基化基因直接或間接的通過調(diào)控細(xì)胞凋亡信號(hào)通路響應(yīng)耐藥調(diào)控,說明該信號(hào)通路可能是DNA甲基化基因行使其耐藥生物學(xué)功能的主要方式。另外,本文還綜合分析了這27個(gè)卵巢癌耐藥相關(guān)甲基化基因與臨床惡性行為及預(yù)后的關(guān)系,結(jié)果表明上述基因主要與不良預(yù)后相關(guān)。綜上,本文整合性分析了已報(bào)道的27個(gè)DNA甲基化基因與卵巢癌耐藥之間的潛在關(guān)系,這對(duì)于我們深入了解DNA甲基化對(duì)卵巢癌耐藥的調(diào)控,及卵巢癌治療和提高卵巢癌的預(yù)后具有一定的指導(dǎo)意義。目的：通過綜合已有研究和生物信息學(xué)分析整體性研究DNA甲基化對(duì)卵巢癌多藥耐藥的調(diào)控。方法：通過PUMMED數(shù)據(jù)庫檢索提取已報(bào)道的與卵巢癌耐藥調(diào)控相關(guān)的DNA甲基化基因。通過DAVID,Coremine Medical及String等工具進(jìn)行生物學(xué)過程富集與注釋及基因/蛋白互作等生物信息學(xué)分析。結(jié)果：共篩選出27個(gè)與卵巢癌多藥耐藥調(diào)控顯著相關(guān)的DNA甲基化基因,并系統(tǒng)整合了這些基因甲基化水平的改變對(duì)卵巢癌耐藥的調(diào)控機(jī)制。蛋白互作結(jié)果顯示這27個(gè)甲基化基因中至少有20個(gè)存在于蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中,說明它們存在彼此互作,在功能上具有相關(guān)性,可能作為一個(gè)整體參與卵巢癌耐藥調(diào)控。其中PTEN與至少一半的其它基因存在直接互作,說明其在上述基因中可能具有核心調(diào)控功能。生物學(xué)過程富集與注釋表明上述DNA甲基化基因大多與細(xì)胞凋亡顯著相關(guān),可能是這些基因參與卵巢癌多藥耐藥調(diào)控的重要途徑。結(jié)論：本文從整體性角度初步解釋了DNA甲基化基因與卵巢癌耐藥之間的潛在關(guān)系,這對(duì)于我們深入了解甲基化基因?qū)β殉舶┠退幍恼{(diào)控作用,及治療卵巢癌和提高卵巢癌的預(yù)后具有一定的指導(dǎo)意義。目的：結(jié)腸腺瘤樣息肉病基因APC屬于腫瘤抑制基因。其基因的失活在卵巢癌的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮著關(guān)鍵的作用。許多研究討論了關(guān)于APC基因甲基化與卵巢癌的關(guān)系,我們進(jìn)行了meta分析更進(jìn)一步確認(rèn)APC基因與卵巢癌之間的關(guān)系。方法：我們使用一些搜索軟件如PUBMED、EMBASE、Web of science及CNKI數(shù)據(jù)庫搜索相關(guān)文獻(xiàn),納入研究。并使用STATE11.01軟件進(jìn)行RR風(fēng)險(xiǎn)值、異質(zhì)性及發(fā)表性偏倚的相關(guān)的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。結(jié)果：9篇文獻(xiàn)被納入該meta分析中,其中包括641個(gè)卵巢癌的病人及377個(gè)對(duì)照組病例。統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果表明：總病例組與總對(duì)照組OR=6.19,95%CI：4.08—9.41,P0.05。腫瘤組織與正常組織合并的OR=5.88,95%CI.3.662—9.450,P0.05。腫瘤組織與良性組織OR=6.99,95%CI：3.124—15.645,P0.05。結(jié)論：此結(jié)果表明APC基因的甲基化與卵巢癌之間有密切的關(guān)系。目的：本研究使用甲基化芯片檢測(cè)多組卵巢組織基因組DNA的差異甲基化位點(diǎn),并且采用基因通過富集分析的方法篩選出與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)的差異生物學(xué)通路及其所包含的差異甲基化基因。方法：采用450K Infinium Methylation BeadChip芯片,檢測(cè)54例卵巢上皮癌耐藥組織、54例敏感組織、54例卵巢良性腫瘤和54例正常卵巢組織的差異甲基化位點(diǎn)獲得卵巢上皮癌耐藥組和敏感組Beta score值差異大于1倍的上調(diào)或下調(diào)的DNA。運(yùn)用GO分析和Pathway通路富集等生物信息學(xué)方法分析差異表達(dá)DNA潛在的生物學(xué)功能和參與的信號(hào)通路。用QRT-PCR驗(yàn)證芯片結(jié)果,檢測(cè)差異甲基化的表達(dá)情況,并分析差異甲基化基因表達(dá)水平與臨床病理因素關(guān)系。結(jié)果：DNA芯片篩選出于卵巢上皮癌多藥耐藥相關(guān)差異化甲基化位點(diǎn)7263個(gè)差異化甲基化位點(diǎn),其中涵蓋2654個(gè)基因。耐藥組織中甲基化程度較敏感組升高位點(diǎn)有6051個(gè),基因2162個(gè),甲基化程度較敏感組降低位點(diǎn)有1212個(gè),基因452個(gè),其中差異甲基化發(fā)生在啟動(dòng)子區(qū)的有1058個(gè)基因,發(fā)生在轉(zhuǎn)錄起始5'UTR區(qū)的基因有305個(gè)。生物信息學(xué)分析這些差異甲基化基因主要參與了腫瘤途徑、黏附、雌激素信號(hào)通路、ECM-受體相互作用、P13K-AKT信號(hào)通路、ErbB信號(hào)通路、子宮內(nèi)膜癌、白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移、擴(kuò)張性心肌病等信號(hào)通路。我們選取了差異顯著的高甲基化基因PIK3R3和LAMA3做了QRT-PCR對(duì)芯片結(jié)果做了臨床驗(yàn)證,PIK3R3和LAMA3基因表達(dá)耐藥組較敏感組下調(diào),擴(kuò)大臨床樣本驗(yàn)證亦得到了一致的結(jié)果,其中PIK3R3和LAMA3基因在卵巢癌耐藥組織中分別下調(diào)1.56倍、1.87倍,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05)。結(jié)論：利用基因芯片篩選出了跟卵巢上皮癌多藥耐藥相關(guān)的差異的甲基化位點(diǎn)及基因,豐富了目前已知的跟耐藥相關(guān)的靶基因數(shù)據(jù)。后期需要進(jìn)一步研究差異甲基化基因參與卵巢上皮癌耐藥發(fā)生的相關(guān)分子機(jī)制及其與臨床各因素的關(guān)系。
【關(guān)鍵詞】：DNA甲基化 卵巢癌 耐藥 細(xì)胞凋亡 DNA甲基化 卵巢癌 耐藥 生物信息學(xué)分析 卵巢癌 多藥耐藥 DNA甲基化 薈萃分析 DNA甲基化 卵巢癌 耐藥 芯片 臨床驗(yàn)證
【學(xué)位授予單位】：廣西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R737.31
【目錄】：

• 個(gè)人簡(jiǎn)歷3-7
• 致謝7-8
• 中英文主要縮寫略語列表8-9
• 第一章 DNA甲基化與卵巢上皮癌多藥耐藥及臨床惡性行為的關(guān)系9-11
• 摘要9-10
• Abstract10-11
• 第二章 卵巢卵巢上皮癌多藥耐藥相關(guān)DNA甲基化基因及其生物信息學(xué)分析11-14
• 摘要11-12
• Abstract12-14
• 第三章 DNA甲基化基因APC與卵巢上皮癌關(guān)系薈萃分析14-16
• 摘要14-15
• Abstract15-16
• 第四章 卵巢上皮癌多藥耐藥運(yùn)用全基因組DNA甲基化芯片篩選、鑒定及臨床驗(yàn)證16-20
• 摘要16-18
• Abstract18-20
• 第一章 DNA甲基化與卵巢上皮癌多藥耐藥及臨床惡性行為的關(guān)系20-38
• 前言20-21
• 1 卵巢癌耐藥相關(guān)DNA甲基化基因的數(shù)據(jù)挖掘和耐藥機(jī)制分析21-25
• 2 DNA甲基化基因與卵巢癌預(yù)后及卵巢癌耐藥逆轉(zhuǎn)25-30
• 3 結(jié)語30-31
• 參考文獻(xiàn)31-38
• 第二章 卵巢卵巢上皮癌多藥耐藥相關(guān)DNA甲基化基因及其生物信息學(xué)分析38-48
• 前言38
• 1 研究方法38-39
• 1.1 基因檢索38
• 1.2 對(duì)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析38-39
• 2 結(jié)果39-43
• 2.1 DNA甲基化基因?qū)β殉舶┒嗨幠退幷{(diào)控的綜合分析39-40
• 2.2 生物學(xué)過程富集40
• 2.3 27個(gè)甲基化基因蛋白的互作分析40-43
• 3 討論43-44
• 4 總結(jié)44-46
• 參考文獻(xiàn)46-48
• 第三章 DNA甲基化基因APC與卵巢上皮癌關(guān)系薈萃分析48-60
• 前言48
• 1 材料與方法48-50
• 1.1 搜索方法和研究選擇48-49
• 1.2 數(shù)據(jù)提取和質(zhì)量評(píng)估49-50
• 1.3 統(tǒng)計(jì)方法50
• 2 結(jié)果50-52
• 2.1 研究特點(diǎn)及方法評(píng)估50-51
• 2.2 NOS的評(píng)價(jià)結(jié)果51-52
• 3 APC基因的甲基化和卵巢癌的Meta分析結(jié)果52-57
• 3.1 APC基因在各組之間的甲基化52-55
• 3.2 敏感性分析55
• 3.3 發(fā)表偏倚55-57
• 4 討論57-59
• 參考文獻(xiàn)59-60
• 第四章 卵巢上皮癌多藥耐藥運(yùn)用全基因組DNA甲基化芯片篩選、鑒定及臨床驗(yàn)證60-118
• 前言60
• 1 材料60-63
• 1.1 臨床標(biāo)本60-61
• 1.2 主要試劑61-62
• 1.3 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備62
• 1.4 實(shí)驗(yàn)器材的處理62-63
• 2 實(shí)驗(yàn)方法和步驟63-68
• 2.1 組織樣本DNA提取63-64
• 2.2 DNA定量,純度及完整性檢測(cè)64
• 2.3 DNA重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化64-66
• 2.4 芯片雜交、甲基化位點(diǎn)掃描及數(shù)據(jù)分析66
• 2.5 基因甲基化芯片的臨床驗(yàn)證66-68
• 3 結(jié)果68-106
• 3.1 組織樣本各臨床病理資料對(duì)比分析結(jié)果68
• 3.2 基因組DNA純度及完整度檢測(cè)68-69
• 3.3 標(biāo)本RNA純度及完整度檢測(cè)69
• 3.4 基因芯片69-89
• 3.5 結(jié)合SNP芯片結(jié)果篩選出SNP和DNA甲基化相關(guān)聯(lián)的基因89-92
• 3.6 敏感組和耐藥組間甲基化差異顯著的基因PIK3R3、LAMA3、ITGB6、NCALD與卵巢癌臨床各因素的關(guān)系92-104
• 3.7 PIK3R3及LAMA3在敏感組及耐藥組中的臨床驗(yàn)證104-106
• 4 討論106-113
• 參考文獻(xiàn)113-118
• 全文小結(jié)118-119
• 本課題創(chuàng)新之處119-120
• 本課題不足之處120-121
• 碩士學(xué)位攻讀期間發(fā)表的論文121-122
• 附件122-130

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 車艷辭,姚勤,戴淑真,羅兵,王言奎;子宮內(nèi)膜癌和卵巢上皮性癌PTEN基因突變及其蛋白表達(dá)的意義[J];中華婦產(chǎn)科雜志;2002年10期

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本文編號(hào)：820411