本文關(guān)鍵詞：結(jié)直腸癌CpG島甲基化表型（CIMP）的鑒定方法評(píng)估與改進(jìn)

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【摘要】：目的：結(jié)直腸癌CpG島甲基化表型(CpG Island methylator phenotype, CIMP)是結(jié)直腸癌分子分型中的類型之一,它是指基因組中有高比例的基因發(fā)生了DNA甲基化的結(jié)直腸癌。CIMP類型結(jié)直腸癌的致病機(jī)理及其在治療上的反應(yīng)和預(yù)后效果都與其它類型的結(jié)直腸癌存在很大差異,因此,研究CIMP具有重要的科學(xué)和臨床意義。但是,目前還沒(méi)有一個(gè)有效的、操作簡(jiǎn)單的技術(shù)可以鑒定CIMP,這在很大程度上阻止了對(duì)CIMP致病機(jī)理的研究及其在臨床上的應(yīng)用。目前主要報(bào)道了兩個(gè)鑒定CIMP的方法,它們分別采用五個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化作為生物標(biāo)記。第一種方法(CIMP-1)的生物標(biāo)記為CACNA1G、CDKN2A、CRABP1、MLH1和NEUROG1;第二種方法(CIMP-2)的生物標(biāo)記為CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3和SOCS1.這兩種方法都是以5個(gè)基因中有3個(gè)或者3個(gè)以上的基因發(fā)生了DNA甲基化作為判定CIMP陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)。但是目前這兩種方法中哪一種或者哪幾個(gè)生物標(biāo)記最適合作為鑒定CIMP的標(biāo)準(zhǔn)并沒(méi)有形成廣泛共識(shí)。本研究運(yùn)用Methylight;方法檢測(cè)結(jié)直腸癌患者的癌組織中CACNA1G、 CDKN2A、CRABP1、MLH1、NEUROG1、IGF2、RUNX3和SOCS1這8個(gè)基因(其中2個(gè)基因是兩種方法中共有的)的啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化,然后根據(jù)CIMP-1和CIMP-2的鑒定標(biāo)準(zhǔn)分別對(duì)結(jié)直腸癌樣本進(jìn)行CIMP分型,以CIMP-1和CIMP-2都為CIMP陽(yáng)性作為判定CIMP陽(yáng)性的最終標(biāo)準(zhǔn)(CIMP1+2,這應(yīng)該是最可靠的標(biāo)準(zhǔn),但是需要檢測(cè)的基因也最多,不適合廣泛推廣),并以此標(biāo)準(zhǔn)來(lái)評(píng)估這8個(gè)基因鑒定CIMP的特異性和敏感度。在綜合考慮每個(gè)基因的特異性和敏感度的基礎(chǔ)上,篩選出最適合作為CIMP鑒定標(biāo)記的基因,建立更加可靠的CIMP鑒定方法,并研究CIMP鑒定結(jié)果與年齡、性別、發(fā)病位置、分化程度、腫瘤分期及組織類型等臨床資料之間的關(guān)系。以促進(jìn)CIMP相關(guān)的科學(xué)研究和臨床應(yīng)用。方法：收集在2014年4月到2014年12月中昆明醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院切除的結(jié)直腸癌組織標(biāo)本100例,將樣本提取DNA后,經(jīng)過(guò)亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化處理。運(yùn)用Methylight方法檢測(cè)結(jié)直腸癌患者的癌組織中CACNA1G、CDKN2A、CRABP1 、MLH1、NEUROG1、 IGF2、RUNX3和SOCS1這8個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化,然后根據(jù)CIMP-1和CIMP-2的鑒定標(biāo)準(zhǔn)分別對(duì)結(jié)直腸癌樣本進(jìn)行CIMP分型,以CIMP-1和CIMP-2都為CIMP陽(yáng)性作為判定CIMP日性的最終標(biāo)準(zhǔn)(CIMP1+2),并以此標(biāo)準(zhǔn)來(lái)評(píng)估這8個(gè)基因鑒定CIMP的特異性和敏感度,在綜合考慮每個(gè)基因的特異性和敏感度的基礎(chǔ)上,篩選出最適合作為CIMP鑒定標(biāo)記的基因,建立更加可靠的CIMP鑒定方法結(jié)果：(1)以CIMP-1、CIMP-2和CIMP1+2為標(biāo)準(zhǔn)分別對(duì)結(jié)直腸癌進(jìn)行CIMP分型本研究共檢測(cè)了100個(gè)結(jié)直腸癌樣本中這8個(gè)基因的甲基化狀態(tài),以CIMP-1為鑒定標(biāo)準(zhǔn)時(shí),共鑒定出CIMP陽(yáng)性51例(51%),陰性49(49%)例;以CIMP-2為鑒定標(biāo)準(zhǔn)時(shí),共鑒定出CIMP陽(yáng)性37例(37%),陰性63(63%)。CIMP-1鑒定出的陽(yáng)性率要顯著高于CIMP-2(p0.05)。如果以CIMP1+2為鑒定標(biāo)準(zhǔn),則CIMP陽(yáng)性為29例(29%),陰性為71例(71%)。(2) 以CIMP1+2為分型標(biāo)準(zhǔn),根據(jù)每個(gè)基因的敏感性及特異性篩選出最合適的CIMP鑒定標(biāo)記以CIMP1+2為標(biāo)準(zhǔn),統(tǒng)計(jì)每個(gè)基因的敏感度及特異性,結(jié)果顯示：MLH1、CRABP1、 CDKN2A、CACNA1G、NEUROG1、IGF2、RUNX3和SOCS1的敏感度分別為17.3%(5/29、93.1%(27/29)、100%(29/29)、93.1%(27/29)、75.9%(22/29)、86.2%(25/29)、 24.1%(7/29) 和 82.8%(24/29),特異性分別為 93.0%(66/71)、39.4%(28/71)、40.8%(29/71)、 71.8%(51/71)、67.6%(48/71)、50.7%(36/71、95.8%(68/71) 和 62.0%(44/71)。綜合考慮每個(gè)基因的敏感度和特異性,發(fā)現(xiàn)CACNA1G(敏感度為93.1%,特異性為71.8%)NEUROG1(敏感度為75.9%,特異性為67.6%)、IGF2(敏感度為86.2%,特異性為50.7%)和SOCS1(敏感度為82.8%,特異性為62.0%)這4個(gè)基因最適合作為CIMP鑒定的生物標(biāo)記。(3)用篩選出來(lái)生物標(biāo)記進(jìn)行CIMP分型以CACNAIG、NEUROG1、IGF2和SOCS1作為生物標(biāo)記,以這4個(gè)基因中至少有3個(gè)發(fā)生DNA甲基化作為CIMP陽(yáng)性的判斷標(biāo)準(zhǔn)(CIMP-3),對(duì)結(jié)直腸癌樣本進(jìn)行CIMP分型,結(jié)果顯示：CIMP陽(yáng)性為34例(34%),陰性為66例(66%)。與原有方法CIMP-1 (51%)和CIMP-2 (37%)相比,新方法CIMP-3 (34%)鑒定結(jié)果的陽(yáng)性率是最接近于CIMP1+2 (29%)。(4) CIMP-1、CIMP-2和CIMP-3的分型結(jié)果與CIMP 1+2的分型結(jié)果的比較CIMP-1、CIMP-2和CIMP-3的分型結(jié)果分別與CIMP1+2的分型結(jié)果相比較,發(fā)現(xiàn)CIMP-1與CIMP1+2相比,一致的有29個(gè),不一致的有22個(gè)；CIMP-2與CIMP 1+2相比,一致的有29個(gè),不一致的有8個(gè)。CIMP-3與CIMP1+2相比,一致的有28個(gè),不一致的有7個(gè)。由此可以看出,與原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,新方法CIMP-3在CIMP鑒定的一致性上也是最接近CIMP1+2的。另外,從需要檢測(cè)的基因數(shù)目上來(lái)說(shuō),CIMP-1和CIMP-2都需要檢測(cè)5個(gè)基因,而新方法CIMP-3只需要檢測(cè)4個(gè)基因。也就是說(shuō),與原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,新方法CIMP-3鑒定CIMP的準(zhǔn)確性更高,而且實(shí)驗(yàn)操作上更簡(jiǎn)單,成本也更低。(5) CIMP-1、CIMP-2、CIMP-3和CIMP 1+2的分型結(jié)果與臨床信息的相關(guān)性分析分析CIMP-1、CIMP-2、CIMP-3和CIMP1+2的分型結(jié)果與年齡、性別、發(fā)病位置、分化程度、腫瘤分期及組織類型等臨床資料之間的相關(guān)性。發(fā)現(xiàn)所有CIMP分型結(jié)果與年齡、性別、腫瘤位置、腫瘤分期及組織類型之間均無(wú)相關(guān)性(p0.05)；但所有的CIMP的分型結(jié)果與分化程度之間存在顯著相關(guān)性(p0.05)。結(jié)論：通過(guò)以上對(duì)CIMP分型的生物標(biāo)記比較分析后,發(fā)現(xiàn)CACNAIG、NEUROG1、 IGF2、SOCS1等4個(gè)生物標(biāo)記更適合作為CIMP分型的生物標(biāo)記；而基于這4個(gè)生物標(biāo)記所建立的鑒定CIMP的新方法(CIMP-3)與原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,CIMP-3鑒定CIMP的準(zhǔn)確性更高,而且實(shí)驗(yàn)操作上更簡(jiǎn)單,成本也更低,更加適合在科研和臨床上進(jìn)行廣泛推廣應(yīng)用。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)直腸癌 DAN甲基化 CpG島甲基化表型 鑒定 改進(jìn)
【學(xué)位授予單位】：昆明醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.34
【目錄】：

• 中英文縮略詞表5-6
• 中文摘要6-9
• Abstract9-13
• 前言13-17
• 材料與方法17-28
• 結(jié)果28-46
• 討論46-52
• 結(jié)論52-53
• 展望53-54
• 正文參考文獻(xiàn)54-61
• 綜述61-71
• 綜述參考文獻(xiàn)67-71
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的文章71-72
• 致謝72

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 王勇;姚勤;陳克平;;動(dòng)物bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員及其功能[J];遺傳;2010年04期

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本文編號(hào)：795663