本文關(guān)鍵詞：人臍帶MSCs上清對(duì)肝癌細(xì)胞系HepG2影響的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

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【摘要】：間充質(zhì)干細(xì)胞(Mesenchymal stem cells, MSCs)是一類來源于中胚層的成體干細(xì)胞,因其具有低免疫源性和來源廣泛的特點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于各種疾病的,如心血管疾病、神經(jīng)疾病、免疫缺陷疾病及癌癥等。大量研究證明,MSCs可歸巢至腫瘤,并對(duì)腫瘤的微環(huán)境起至關(guān)重要的作用。其分泌的細(xì)胞因子、生長(zhǎng)因子等,對(duì)腫瘤細(xì)胞的增殖、擴(kuò)散及腫瘤內(nèi)血管形成等均有不同程度的影響。實(shí)驗(yàn)室前期研究表明,UC-MSCs培養(yǎng)液上清對(duì)肝癌細(xì)胞系HepG2的增殖具有抑制作用,為了進(jìn)一步研究其分子機(jī)理,對(duì)5個(gè)不同時(shí)間段UC-MSCs上清培養(yǎng)液處理的HepG2細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(包括對(duì)照),分別獲得了約4767,4768,4774,4769和4753萬(wàn)條reads,搭建了HepG2細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息平臺(tái)。所得數(shù)據(jù)與基因組比對(duì)發(fā)現(xiàn),每個(gè)樣本的基因組覆蓋率和基因覆蓋率分別可達(dá)到84%和78%以上,表達(dá)基因條數(shù)1.6萬(wàn)余條,可變剪接事件大于5萬(wàn)個(gè),識(shí)別出5萬(wàn)多個(gè)SNP位點(diǎn),基因融合事件約20個(gè)。兩兩比對(duì)差異表達(dá)基因(DEGs)數(shù)目表明,隨著處理時(shí)間的延長(zhǎng),DEGs數(shù)目不斷增加。對(duì)DEGs分別進(jìn)行了GO注釋和KEGG注釋,得到了大量注釋信息；其中,在處理至24h后,共有117條DEGs在細(xì)胞增殖條目中,共59條DEGs聚類在增殖相關(guān)通路MAP K通路中,69條DEGs聚類在癌癥相關(guān)通路中等。結(jié)合了他們的表達(dá)模式,對(duì)它們?cè)赨C-MSCs上清抑制HepG2細(xì)胞增殖現(xiàn)象中發(fā)揮的作用進(jìn)行了討論。通過qRT-PCR手段對(duì)部分DEGs進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,基因表達(dá)趨勢(shì)基本與RNA-seq結(jié)果一致,證明了測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性。
【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.7
【目錄】：

• 縮略詞7-8
• 摘要8-9
• ABSTRACT9-10
• 第一章 間充質(zhì)干細(xì)胞與腫瘤10-15
• 1.1 MSCs的生物學(xué)特性10-11
• 1.2 間充質(zhì)干細(xì)胞與腫瘤微環(huán)境11-13
• 1.2.1 MSCs可以向腫瘤歸巢11-12
• 1.2.2 MSCs歸巢至腫瘤后的命運(yùn)12-13
• 1.3 MSCs應(yīng)用于腫瘤治療的潛能13-15
• 第二章 肝癌HepG2細(xì)胞系RNA樣本制備及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序15-26
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料16-17
• 2.1.1 細(xì)胞材料16
• 2.1.2 試劑與藥品16
• 2.1.3 主要儀器設(shè)備16-17
• 2.2 實(shí)驗(yàn)方法17-23
• 2.2.1 細(xì)胞培養(yǎng)液配置17
• 2.2.2 肝癌細(xì)胞系HepG2和UC-MSCs細(xì)胞培養(yǎng)17-20
• 2.2.2.1 HepG2細(xì)胞復(fù)蘇17
• 2.2.2.2 UC-MSCs細(xì)胞復(fù)蘇并傳代17-18
• 2.2.2.3 HepG2細(xì)胞傳代并鋪板18
• 2.2.2.4 用UC-MSC上清處理HepG2細(xì)胞18
• 2.2.2.5 RNA的提取18-19
• 2.2.2.6 RNA純化(去除總RNA中殘留基因組DNA)19-20
• 2.2.3 RNA樣本的質(zhì)量檢測(cè)20
• 2.2.3.1 微量紫外分光光度計(jì)檢測(cè)20
• 2.2.3.2 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer檢測(cè)20
• 2.2.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)制備20-22
• 2.2.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序22-23
• 2.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)路線23
• 2.4 結(jié)果與分析23-25
• 2.4.1 HepG2 RNA樣本質(zhì)量分析結(jié)果23-25
• 2.4.1.1 微量紫外分光光度計(jì)檢測(cè)結(jié)果23
• 2.4.1.2 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer檢測(cè)結(jié)果23-25
• 2.4.2 HepG2轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)輸出25
• 2.5 討論25-26
• 第三章 HepG2轉(zhuǎn)錄組注釋及全局分析26-55
• 3.1 實(shí)驗(yàn)材料26-27
• 3.1.1 HepG2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)26
• 3.1.2 試劑與藥品26
• 3.1.3 主要儀器設(shè)備26-27
• 3.2 實(shí)驗(yàn)方法27-31
• 3.2.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與基因組比對(duì)27
• 3.2.2 基因差異表達(dá)分析27
• 3.2.3 GO功能顯著性富集分析27-28
• 3.2.4 Pathway顯著性富集分析28
• 3.2.5 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化及新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)及注釋28
• 3.2.6 可變剪接分析28-29
• 3.2.7 SNP分析29-30
• 3.2.8 基因融合30
• 3.2.9 qRT-PCR驗(yàn)證30-31
• 3.2.9.1 RNA純化(去除基因組DNA)30-31
• 3.2.9.2 反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)31
• 3.2.9.3 qRT-PCR實(shí)驗(yàn)操作31
• 3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果31-53
• 3.3.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與基因組比對(duì)結(jié)果31-32
• 3.3.2 差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)32-34
• 3.3.3 差異表達(dá)基因的GO功能注釋結(jié)果34-40
• 3.3.4 差異表達(dá)基因的Pathway功能注釋結(jié)果40-46
• 3.3.5 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化結(jié)果46-52
• 3.3.5.1 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)和注釋結(jié)果46
• 3.3.5.2 可變剪接事件統(tǒng)計(jì)46-47
• 3.3.5.3 SNP分析結(jié)果47-49
• 3.3.5.4 基因融合事件統(tǒng)計(jì)49-52
• 3.3.6 qRT-PCR實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證結(jié)果52-53
• 3.4 討論53-54
• 3.5 結(jié)論54-55
• 參考文獻(xiàn)55-63
• 附錄63-75
• 攻讀學(xué)位期間取得的研究成果75-76
• 致謝76

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