本文關(guān)鍵詞：下一代測(cè)序技術(shù)在乙型病毒性肝炎相關(guān)性肝細(xì)胞肝癌遺傳研究中的應(yīng)用

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【摘要】：研究背景和目的：肝細(xì)胞肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)是全球常見的惡性腫瘤之一,每年的發(fā)病率約為523,432例,其中中國(guó)約占56%。肝細(xì)胞肝癌的病因包括：乙型和丙型病毒性感染、酗酒、黃曲霉素以及非酒精性脂肪肝等。目前,對(duì)于HCC腫瘤發(fā)生的分子機(jī)制有很多進(jìn)展。肝癌組織中存在大量基因組的改變,包括染色體結(jié)構(gòu)異常以及單核苷酸變異等,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)突變基因與腫瘤的發(fā)展有重要關(guān)系(例如抑癌基因TP53)。雖然目前有部分研究描述了HCC的體細(xì)胞突變模式,但肝細(xì)胞肝癌與癌旁肝硬化組織中體細(xì)胞突變模式并未被深入研究。方法：1.我們對(duì)13例乙肝相關(guān)的肝細(xì)胞肝癌組織、癌旁肝硬化組織以及外周血進(jìn)行了全外顯子組測(cè)序。2.構(gòu)建生物信息學(xué)平臺(tái),對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。3.識(shí)別腫瘤組織體細(xì)胞突變及描述HCC突變模式。結(jié)果：每個(gè)樣本全外顯子組測(cè)序產(chǎn)生了大約1.06億個(gè)reads,平均覆蓋深度110層。我們發(fā)現(xiàn)在不同的HCC樣本中體細(xì)胞突變的發(fā)生率存在明顯差異。我們共識(shí)別到了6,972個(gè)非沉默性突變(類型包括：錯(cuò)義性突變、無義突變、剪切位點(diǎn)以及翻譯起始位點(diǎn)),在體細(xì)胞突變中,T到A或A到T的顛換所占比例最高,其次是C到T或G到A的顛換,C到A或G到T的顛換。我們發(fā)現(xiàn)相關(guān)基因的體細(xì)胞突變并未在乙肝相關(guān)性肝硬化組織中累積。另外,我們識(shí)別了兩個(gè)顯著突變的基因(TP53和KRTAP4-3),這兩個(gè)基因可能是肝細(xì)胞肝癌發(fā)生的"driver"基因。結(jié)論：下一代測(cè)序技術(shù)在幾年內(nèi)迅速地應(yīng)用于生命科學(xué)領(lǐng)域,具有數(shù)量大、價(jià)格便宜、測(cè)序周期短以及挖掘的信息多等特點(diǎn)。對(duì)于復(fù)雜性疾病研究的顯著推動(dòng)就是改變了宏觀基因組學(xué)的分析策略。下一代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于肝細(xì)胞肝癌的研究,找出SNP、插入缺失位點(diǎn),能夠在基因組層面上描述肝細(xì)胞肝癌的突變模式,對(duì)于分析肝細(xì)胞肝癌的遺傳突變背景、發(fā)病機(jī)制具有重要作用。
【關(guān)鍵詞】：肝細(xì)胞性肝癌 乙型肝炎病毒 體細(xì)胞突變 非沉默性突變
【學(xué)位授予單位】：重慶醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R512.62;R735.7
【目錄】：

• 英漢縮略語(yǔ)名詞對(duì)照5-6
• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 前言11-13
• 1 材料和方法13-18
• 1.1 樣本的收集13
• 1.2 全外顯子組測(cè)序13-15
• 1.3 體細(xì)胞突變的識(shí)別15-17
• 1.4 使用傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序去驗(yàn)證新識(shí)別的體細(xì)胞突變17
• 1.5 生物信息的分析17
• 1.6 顯著突變基因的識(shí)別17-18
• 2 結(jié)果18-24
• 2.1 樣本來源18-20
• 2.2 序列比對(duì)和覆蓋深度20
• 2.3 體細(xì)胞突變位點(diǎn)識(shí)別20-21
• 2.4 體細(xì)胞突變模式21-23
• 2.5 顯著突變基因的識(shí)別23-24
• 3 討論24-27
• 全文總結(jié)27-28
• 參考文獻(xiàn)28-31
• 文獻(xiàn)綜述31-36
• 參考文獻(xiàn)34-36
• 致謝36-37
• 攻讀學(xué)位期間的研究成果及發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄37

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中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 朱立新,耿小平;肝細(xì)胞肝癌術(shù)后復(fù)發(fā)的危險(xiǎn)因素、預(yù)防及治療[J];肝膽外科雜志;2000年06期

2 季偉,王慧芬;乙型肝炎病毒感染合并肝細(xì)胞肝癌153例臨床分析[J];中華肝臟病雜志;2001年06期

3 陳孝平;張志偉;楊甲梅;沈鋒;;肝細(xì)胞肝癌外科治療方法的選擇[J];中華普通外科學(xué)文獻(xiàn)(電子版);2008年06期

4 董碩;謝廣茹;吳雄志;;男性肝細(xì)胞肝癌術(shù)后預(yù)后因素分析[J];中國(guó)腫瘤臨床;2008年08期

5 陳孝平;張志偉;楊甲梅;沈鋒;;肝細(xì)胞肝癌外科治療方法的選擇[J];中華普通外科學(xué)文獻(xiàn)(電子版);2009年02期

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7 陳孝平;張志偉;楊甲梅;沈鋒;;肝細(xì)胞肝癌外科治療方法的選擇[J];中華普通外科學(xué)文獻(xiàn)(電子版);2010年01期

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9 張國(guó)強(qiáng);楊定華;李相z，

本文編號(hào)：702858