本文關(guān)鍵詞：個(gè)體體細(xì)胞突變的等位基因頻率揭示癌癥相關(guān)基因特征

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【摘要】：近年來,得益于癌癥基因組測序和相關(guān)分析技術(shù)的快速發(fā)展,越來越多的癌癥相關(guān)基因特征被發(fā)現(xiàn),比如驅(qū)動(dòng)基因和乘客基因、原癌基因和抑癌基因。然而,現(xiàn)有的基于群體統(tǒng)計(jì)學(xué)的分析方法,不僅需要耗費(fèi)巨大的人力物力,而且忽略了癌癥個(gè)體間的異質(zhì)性,也無法區(qū)分不符合分類規(guī)則的基因。本研究中,我們首次提出利用個(gè)體體細(xì)胞突變的等位基因頻率揭示癌癥相關(guān)基因特征。我們收集了50對微衛(wèi)星穩(wěn)定的原發(fā)結(jié)直腸癌樣本,找出了5個(gè)驅(qū)動(dòng)基因(TP53,APC,KRAS,SMAD4,PIK3CA),根據(jù)其等位基因頻率推算的突變發(fā)生時(shí)間順序與先前研究結(jié)果幾乎一致�？紤]到不同病人可能攜帶不同的驅(qū)動(dòng)基因,我們結(jié)合基因的等位基因頻率和COSMIC數(shù)據(jù)庫找到了另外542個(gè)癌癥相關(guān)基因,作為潛在驅(qū)動(dòng)基因。通過比較發(fā)現(xiàn),驅(qū)動(dòng)基因和潛在驅(qū)動(dòng)基因的等位基因頻率均顯著高于乘客基因的等位基因頻率,說明存在一些等位基因頻率較高、但未被鑒定為驅(qū)動(dòng)基因的基因,也參與了結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展。此外,原癌基因的等位基因頻率顯著低于抑癌基因的等位基因頻率。我們的研究結(jié)果表明,個(gè)體體細(xì)胞突變的等位基因頻率不僅可以預(yù)測基因突變的時(shí)間順序,而且可以用于尋找驅(qū)動(dòng)基因、區(qū)分原癌基因和抑癌基因。
【關(guān)鍵詞】：癌癥 等位基因頻率 進(jìn)化 基因特征
【學(xué)位授予單位】：上海交通大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R730.2
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第一章 緒論9-14
• 1.1 驅(qū)動(dòng)基因和乘客基因9-11
• 1.2 原癌基因和抑癌基因11-12
• 1.3 本研究的出發(fā)點(diǎn)12-14
• 第二章 數(shù)據(jù)與方法14-21
• 2.1 數(shù)據(jù)14
• 2.2 外顯子測序數(shù)據(jù)分析14-18
• 2.2.1 質(zhì)量控制（Quality Control，QC）14-16
• 2.2.2 映射（Mapping）16-17
• 2.2.3 預(yù)處理（Preprocess）17
• 2.2.4 體細(xì)胞突變挖掘（Somatic mutation calling）17-18
• 2.3 樣本均一性分析18-19
• 2.3.1 sciClone18
• 2.3.2 Mutational Signature Framework18-19
• 2.4 體細(xì)胞突變的影響評(píng)估19-20
• 2.5 鑒定驅(qū)動(dòng)基因20
• 2.6 個(gè)體體細(xì)胞突變的等位基因頻率20-21
• 第三章 結(jié)果21-34
• 3.1 樣本均一性21-23
• 3.1.1 sciClone亞克隆分析21
• 3.1.2 Mutational Signature Framework特征分析21-23
• 3.2 體細(xì)胞突變23-24
• 3.3 驅(qū)動(dòng)基因24-27
• 3.4 利用等位基因頻率揭示突變發(fā)生時(shí)間順序27-28
• 3.5 利用等位基因頻率尋找驅(qū)動(dòng)基因28-31
• 3.6 利用等位基因頻率區(qū)分原癌基因和抑癌基因31-34
• 第四章 討論34-36
• 參考文獻(xiàn)36-39
• 附錄39-65
• 附錄1 核心參數(shù)39-59
• 附錄2 原癌基因和抑癌基因列表59-65
• 致謝65-66
• 攻讀碩士研究生期間發(fā)表（或錄用）的學(xué)術(shù)論文66

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