本文關鍵詞：利用外顯子組測序技術篩選肝內(nèi)膽管癌突變基因及驗證USP17基因

  更多相關文章： 肝內(nèi)膽管癌 深度測序 全外顯子組 基因突變 Sanger測序 USP17

【摘要】：目的：利用深度測序技術探究腫瘤形成過程中相關的遺傳改變,希望找到與肝內(nèi)膽管癌形成和進展相關的體細胞突變基因,為研究肝內(nèi)膽管癌病因,探尋合適的腫瘤診斷標記物及治療靶點提供更多理論依據(jù)。方法：①收集中國人民解放軍總醫(yī)院肝膽外科2014年5月至2014年12月經(jīng)手術治療的5例肝內(nèi)膽管癌患者癌組織及相應癌旁組織,進行外顯子組捕獲測序,經(jīng)生物信息學分析后挑選出候選基因。②收集來自中國人民解放軍總醫(yī)院肝膽外科2014年5月-2015年9月的肝內(nèi)膽管癌手術切除49例癌組織以及對應癌旁肝組織(含以上高通量測序標本),其中肝外轉(zhuǎn)移組15例,非轉(zhuǎn)移組34例。設計引物,PCR擴增目的片段后進行Sanger測序,驗證深度測序結(jié)果,比較轉(zhuǎn)移組與非轉(zhuǎn)移組中目的基因突變率差異。③采集中國人民解放軍總醫(yī)院病理科保存的2015年9月至2016年1月肝內(nèi)膽管癌術后標本制成的蠟塊,癌組織及對應癌旁組織各36例。采用免疫組化的方法觀察USP17蛋白表達水平在癌組織與癌旁組織,及癌組織轉(zhuǎn)移組與非轉(zhuǎn)移組當中的差異。結(jié)果：經(jīng)過對5對樣本的深度測序及生物信息學分析,篩選出USP17L10.SPDYE1、 LRRC37A3、SIMC1、TPSD1、PRAMEF18、TBC1D3G、OBSCN等在肝內(nèi)膽管癌中新發(fā)現(xiàn)的8個基因的12個SNV位點作為候選突變基因位點。擴大樣本量行Sanger測序發(fā)現(xiàn)在49例肝內(nèi)膽管癌組織DNA中發(fā)現(xiàn)7例發(fā)生了與深度測序突變位點相同的USP17L10點突變,突變頻率為14.3%,即在4號染色體基因組9213473位置(該基因序列1091位置,NM_001256852.1)發(fā)生GC點突變,為錯義突變,AGT-→ACT,絲氨酸變?yōu)樘K氨酸,雜合子突變型。癌旁組織未見該突變。7例突變標本中5例發(fā)生在15例轉(zhuǎn)移組中(33.3%),2例發(fā)生在34非轉(zhuǎn)移組中(5.9%),轉(zhuǎn)移組與非轉(zhuǎn)移組的突變率有統(tǒng)計學顯著性差異(P0.05)。免疫組化顯示36例肝內(nèi)膽管癌組織中存在16例USP17陽性(44.4%),36例癌旁組織中5例陽性(13.9%),且兩者陽性率有統(tǒng)計學顯著性差異(P0.05)。16例陽性癌組織中,6例屬轉(zhuǎn)移組,10例為非轉(zhuǎn)移組,兩者陽性率差異無統(tǒng)計學意義(P0.05)。結(jié)論:USP17基因突變可能與肝內(nèi)膽管癌發(fā)生發(fā)展相關,并與腫瘤的肝外轉(zhuǎn)移關聯(lián)。USP17蛋白在癌組織中的表達水平高于癌旁組織。USP17基因突變在肝內(nèi)膽管癌中的作用機制尚有待進一步深入研究。
【關鍵詞】：肝內(nèi)膽管癌 深度測序 全外顯子組 基因突變 Sanger測序 USP17
【學位授予單位】：中國人民解放軍醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.8
【目錄】：

• 中文摘要5-7
• Abstract7-9
• 前言9-11
• 第一部分 全外顯子深度測序及數(shù)據(jù)分析11-25
• 1. 材料與方法11-19
• 2. 結(jié)果19-24
• 3. 小結(jié)24-25
• 第二部分 Sanger直接測序?qū)Y(jié)果驗證25-33
• 1. 材料與方法25-29
• 2. 結(jié)果29-31
• 3. 小結(jié)31-33
• 第三部分 免疫組化探究蛋白水平變化33-37
• 1. 材料與方法33-35
• 2. 結(jié)果35-36
• 3. 小結(jié)36-37
• 討論37-39
• 參考文獻39-43
• 文獻綜述：肝內(nèi)膽管癌分子發(fā)病機制的研究進展43-58
• 參考文獻48-58
• 中英文對照縮略詞表58-59
• 攻讀學位期間公開發(fā)表的論文59-60
• 致謝60-61

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