本文關鍵詞：單核苷酸多態(tài)性北京杭州廣州三地中國人群前列腺癌相關性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景：前列腺癌是指發(fā)生在前列腺的上皮性惡性腫瘤。在2004年的WHO《泌尿系統(tǒng)及男性生殖器官腫瘤病理學和遺傳學》里面前列腺癌各種病理類型分別為腺癌(腺泡腺癌)、導管腺癌、尿路上皮癌、鱗狀細胞癌、腺鱗癌等等。其中前列腺腺癌占95%以上,因此,通常我們所說的前列腺癌就是指前列腺腺癌。2012年我國腫瘤登記地區(qū)前列腺癌發(fā)病率為9.92/10萬,列男性惡性腫瘤發(fā)病率的第6位。發(fā)病年齡在55歲前處于較低水平,55歲后逐漸升高,發(fā)病率隨著年齡的增長而增長,高峰年齡是70～80歲。家族遺傳型前列腺癌患者發(fā)病年齡稍早,年齡≤55歲的患者占43%。在世界范圍內(nèi),前列腺癌是影響男性健康的最常見惡性腫瘤之一,發(fā)病率在所有男性惡性腫瘤中位居第二,同時有著明顯的地理和種族差異。澳大利亞/新西蘭勒比海的納維亞地區(qū)最高,亞洲及北非相對較低。根據(jù)美國癌癥協(xié)會發(fā)布的報告,美國2013年前列腺癌患者數(shù)目達到238950人,占男性所有惡性腫瘤的28%,死亡人數(shù)為29720人；在歐洲,2008年新發(fā)前列腺癌患者數(shù)為382000人,90000名患者死亡。雖然亞洲的發(fā)病率低于歐美國家,但是其近年來的增長速率遠遠超過歐美國家的增長速率。根據(jù)2012年世界普查報告,也可以看出前列腺癌在中國的發(fā)病率有了明顯的增長：1998-19974年期間發(fā)病率的增長率為2.1%,但是在1994-2002,前列腺癌發(fā)病率增長率高達13.4%。引起前列腺癌的危險因素有待研究,一些已經(jīng)可以確定的危險因素包括年齡、種族和遺傳性。2個或者2個以上的一級親屬患病,患病危險性會增加5-11倍。通過全基因組相關研究,現(xiàn)階段已經(jīng)發(fā)現(xiàn)50余個單核苷酸多態(tài)性(SNP)與前列腺癌發(fā)病風險相關。有報告證實,發(fā)生5個或者5個以上的SNP的男性與無SNP的男性相比,罹患前列腺的風險比高達9.46.SNPs是指在基因組的復制過程中,單個核苷酸變異所引起的DNA序列多態(tài)性。與突變不同的是其變異發(fā)生率,突變小于1%。發(fā)生率大于1%則被稱為單核苷酸多態(tài)性。SNPs是常見人類可遺傳變異,廣泛存在于人類基因組中,占已知多態(tài)性的90%以上。大約每1000個基因組中就有一個SNP,故SNPs大概總共3×106個。SNPs就是單個堿基變異的產(chǎn)物,通常我們談到的SNP指的是轉換和顛換。在我們所表述的單個基因的變異的情況中,一般都是指堿基的轉換(transition)或者顛換(transversion),亦可以是堿基的插入或者缺失。并非所有的SNPs是有意義的,其中一些,例如非編碼區(qū)的SNPs是沒有意義的,并不影響蛋白質(zhì)的功能或者基因的表達。SNPs在人群中的分布廣泛,同時作為一個相對穩(wěn)定的遺傳標記,能存在于從個體的出生至死亡的所有時期,使疾病的早期遺傳分析成為可能。在現(xiàn)階段,研究已證實SNPs能夠影響基因的功能,有一部分SNPs能通過多種途徑影響前列腺癌的發(fā)生、發(fā)展以及預后。所以,SNPs不但作為遺傳性基因影響和證明腫瘤的發(fā)生與發(fā)展,也為腫瘤的普查提供了一個有效的思路與檢測方法。SNPs主要可以分成幾部分：約95%的SNPs在非編碼區(qū)內(nèi)部,其余的5%分布在基因調(diào)控區(qū)里面,稱為基因調(diào)控區(qū)SNPs(regulatory SNPs, rSNPs);編碼SNPs(coding SNPs,cSNPs)即是分布在基因編碼區(qū)中的SNPs。若cSNPs所編碼的氨基酸序列與之前沒有發(fā)生變化則稱為同義SNPs(synonymous SNPs, sSNPs),而編碼的氨基酸序列與未變異的的比較出現(xiàn)改變則稱為非同義SNPs或錯義SNPs(non-synonymous SNPs,nsSNPs)。cSNPs雖然在所有變異中所占比例不多,但是在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關注。在cSNPs中,大約有一半為非同義SNPs。SNPs可作為第三代遺傳標志物,突變水平不及微衛(wèi)星,只有兩種等位型；不過因為其在人體基因組中分布頻密,因而總數(shù)量巨大,所以相較微衛(wèi)星來說,它的遺傳性質(zhì)相對更為穩(wěn)定。相比第一、第二代遺傳標志物,SNPs篩查具有更簡便分型檢測并實現(xiàn)自動化分析的特點,因為在其篩查過程中,一般只需要陽性/陰性(+/-)分析。SNPs已代替微衛(wèi)星技術應用于基因研究領域,對于不同個體的表型差異、不同個體或者群體對疾病,尤其是復雜性疾病易感性、藥物耐受性和環(huán)境適應性的差異分析,其已成為最為合適的標志。SNPs目前應用領域包括分子診斷、臨床檢驗、法醫(yī)學、病院檢測、遺傳疾病和新藥研發(fā)等等。現(xiàn)階段比較普遍的SNPs的分析方法大致有三種：第一類為遺傳流行病學的相關性分析,主要通過調(diào)查SNPs在疾病易感性、藥物反應性及其他相關遺傳表型差異的手段；第二類是基于細胞水平和生化水平的分析,通過細胞通路、相關酶活性的分析來描述SNPs改變對于基因功能方面的影響；第三類為SNPs對于基因表達的影響的分子機制研究,主要是對SNPs在基因轉錄、翻譯及蛋白表達相關進行分析,研究其機制。日本的岡山大學科研小組經(jīng)過與癌癥相關的基因中的48個非同義SNPs的篩選,指出在12個SNPs中相關的10個基因?qū)η傲邢侔┻@種惡性腫瘤的發(fā)生與發(fā)展具有非常重要的意義。在這10個基因里,包含了1個代謝酶基因、1個凋亡調(diào)節(jié)基因、2個DNA修復基因、5個腫瘤抑制基因和1個染色體分離相關基因.在這里面有9個SNPs與惡性腫瘤的發(fā)生與發(fā)展的關系是首次被發(fā)現(xiàn)。在預測今后30年里面的前列腺癌罹患風險方面,風險組最高的可達29%,而風險組比較低的可為0.6%,其中風險組最低的僅僅約為0.2%。同時我們在預先評估前列腺癌罹患風險方面,發(fā)現(xiàn)這12個SNPs影響效應可以發(fā)生累積,風險組高與低的罹患率相比較,其OR值高達47.4。所以,在腫瘤的患病風險遺傳學的評估中應用上與多種惡性腫瘤有關聯(lián)性的SNPs的整合,與現(xiàn)有方式相比,對于罹患前列腺癌風險較高的人群的普篩是具有更大的準確性和更高的效率,并在腫瘤的早期診斷和預防措施的選擇方面具有優(yōu)勢。日本人群所在的地理位置與中國人群相近,同時兩國人群也具有相似的人種起源,因此兩國的遺傳背景有很高的共同性。經(jīng)過在日本大規(guī)模篩查得到的前列腺癌罹患風險相關的SNPs可能在中國人群中也會有部分適用。因此,在亞洲的四個國家,中、日、韓和新加坡聯(lián)合進行了一項跨國際的多中心研究,目的是為了檢驗這一假說的準確與否,并將在日本的篩查結果推廣到亞洲其他的國家,同時檢驗篩選出的前列腺癌高風險相關性SNPs在亞洲其他人群中的效力。本次試驗中所選位點是來自日本岡山大學科研小組的篩查成果、一致于此次多中心試驗的研究內(nèi)容。目的和意義：1、分析調(diào)查前列腺癌組和對照組人群中多個特定單核苷酸多態(tài)性位點的分布情況,探討多個特定位點與中國人群前列腺癌患病風險的相關性,尋找陽性位點以期于指導前列腺癌早期診斷和預防。2、嘗試建立多個陽性單核苷酸多態(tài)性位點與中國前列腺癌罹患風險的預測模型。方法：自2009年1月至2013年4月,在北京首鋼醫(yī)院吳階平泌尿外科中心、浙江大學第一附屬醫(yī)院及南方醫(yī)科大學附屬珠江醫(yī)院醫(yī)院招募253例前列腺癌(Pca)患者和214例非前列腺癌及其他健康人群(對照組)。病例組為術后病理檢查或者通過影像學、前列腺穿刺活檢證實前列腺癌患者,初次發(fā)病或復診均可。對照組為非前列腺癌及其他健康人群,主要條件是需與Pca組人員在年齡上相一致,同時也是在同一時段同一醫(yī)療單位住院或者門診就診的其他患者。記錄患者的臨床資料如發(fā)病年齡、Gleason評分、TNM分期、PSA水、治療的方法選擇及治療后療效等等,同時發(fā)給患者問卷進行調(diào)查,其中的內(nèi)容包括有飲酒吸煙史,家族史及飲食風俗等。抽血之前,需告知患者取得其同意同時簽署知情同意書。使用EDTA抗凝管將抽取到的大概2ml外周靜脈血保存在-20℃(或-80℃)條件下。全血基因組DNA則通過使用TIANamp Blood DNA Kit血液基因組DNA提取試劑盒進行提取。提取到的DNA基因分型則通過使用多重SNaPshot SNP分型技術來完成,結果所得出的基因有8個,命名方式主要是根據(jù)其所在的位點來命名：RAD17 SNP、SMARCAD1 SNP、MMP27 SNP、AXIN2 SNP、PSMD8BP1 SNP CASP9 SNP、、DCLRE1B SNP、BARD 1 SNP.統(tǒng)計學的方法：使用Pearson's X2檢驗方法用來比較各臨床指標之間的差異(患病組與對照組之間、多種基因型之間)。各個對照組的SNP位點的基因型分布頻率使用Pearson's X2檢驗方法,主要是進行Hardy-Weinberg平衡檢驗同時通過R語言來分析。logistic回歸分析主要用于計算特定的基因型與本次研究所涉及人群的前列腺癌罹患風險比值比(ORs)、與之相對應的P值以及其95%的可信區(qū)間(Confidence intervals,CIs),來分析各種基因型和前列腺癌罹患相關與否。前列腺癌罹患風險具有相關性的SNPs與腫瘤危險分期和年齡等因素以分層的方式進行分析。在腫瘤危險分期這一方面,我們將局限型前列腺癌和進展型前列腺癌作為不同分層。局限型的前列腺癌的分層標準設定為：TNM分期T1-2;N0/NX; MO/MX; Gleason評分2-7分；PSA≤50 ng/ml。進展型前列腺癌組的分層標準則設定為：TNM分期T3/4; N+; M+; Gleas88on評分8-10分；PS A50 ng/ml。局限型入組需滿足全部標準,進展性則只需要滿足標準被其中之一。在以年齡分層這一方面,我們主要通過其中前列腺組以初發(fā)年齡、對照組以入組年齡為標準的方式,以72歲年齡為分界線,最后分成≤72歲組以及72歲組。將患者吸煙飲酒等情況作為前列腺癌罹患腫瘤相關性的多因素回歸模型里面的影響因素。此次我們使用SPSS 20.0統(tǒng)計學軟件,在P0.05時可認定為差異有統(tǒng)計學意義,所有統(tǒng)計檢驗為雙側檢驗。結果：1、基因錯配修復外切酶1相關單核苷酸多態(tài)性(rs9350)相關SNPs分析：rs9350 CC等位基因片段在前列腺癌組與對照組中有相同百分比(32.8%與45.3%),rs9350 CT和TT基因型在前列腺癌組與對照組中的百分比分別為53.0%與44.4%(CT)、14.2%與10.3%(TT)。與CC基因表型相比,CT基因表型有更高的前列腺癌罹患風險(OR=1.648,95%CI=1.112-2.444,p=0.013;校正OR-1.678,95%CI=1.176-2.500, p=0.05),C與T基因表型之間具有統(tǒng)計學意義(p=0.09)2、不同年齡層的SNPs(rs9350)分析：在已有的數(shù)據(jù)分析中,我們將72歲作為年齡分界線(前列腺癌患者組及對照組中位年齡分別為71.4和70.2),在此年齡段上線具有近似的病例數(shù)。在大于72歲的年齡組中,rs9350 CT/TT基因型具有統(tǒng)計學意義(p=0.032)；攜帶C等位基因具有更高的前列腺癌罹患風險(校正OR=1.464,95%CI=0.998-12.147,p=0.041)。3、不同腫瘤危險程度分層SNPs(rs9350)分析：根據(jù)腫瘤侵襲性分為局限性前列腺癌組和進展性前列腺癌組。在局限性前列腺癌組中(對照組為正常人或非腫瘤患者)rs9350 CT/TT基因型與更高的前列腺癌罹患風險明顯相關(校正 OR=1.978,95%CI=1.070-3.022, p=0.027)。4、其他臨床指標SNPs (rs9350)分析：除PSA水平之外(PSA≤10 ng/ml相比較PSA10ng/ml) CT/TT基因型存在率更高(p=0.006),其余臨床指標與SNPs之間并無明顯的相關性。結論：通過本次病例對照研究,我們發(fā)現(xiàn)：EXO1 SNP [rs9350]與中國人群前列腺癌具有顯著相關性。在已知的研究結果中,本次研究結果為首次發(fā)現(xiàn)EXO1SNP [rs9350 CT/TT:C/T]和前列腺癌罹患風險顯著相關。盡管更大的數(shù)據(jù)樣本、更多的人種仍然需要進一步試驗驗證,EXO1 SNP [rs9350]具有成為前列腺癌罹患風險早期篩查及評估的有效分子生物學標記。
【關鍵詞】：單核苷酸多態(tài)性 前列腺癌 易感性 EXO1 rs9350 基因錯配修復
【學位授予單位】：南方醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R737.25
【目錄】：

• 摘要3-9
• ABSTRACT9-18
• 前言18-31
• 方法部分31-42
• 試驗結果42-49
• 討論49-52
• 參考文獻52-56
• 附件156-57
• 附件257-59
• 縮略詞表59-62
• 攻讀學位期間的發(fā)表的學術論文62-63
• 致謝63-64

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本文編號：443330