本文關(guān)鍵詞：UC-MSCs條件培養(yǎng)基對HepG2影響的miRNAs差異表達譜分析及miR-3065-5p功能的初步探討，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：間充質(zhì)干細胞(Mesenchymal stem cells,MSCs)是一類多潛能成體干細胞,廣泛存在于動物胎兒和成體多種組織器官中,例如：脂肪、軟骨、骨髓、羊水、臍帶和胎盤等。MSCs可以向腫瘤歸巢,參與腫瘤基質(zhì)形成,通過分泌一些細胞因子影響腫瘤細胞的增殖、遷移和腫瘤血管的形成,并且能夠改變腫瘤內(nèi)源性miRNAs的表達水平,進而影響腫瘤細胞的生物學(xué)行為。課題組前期研究發(fā)現(xiàn),一定濃度的UC-MSCs條件培養(yǎng)基能夠抑制肝癌HepG2的增殖。為深入了解其分子機制,我們首先對UC-MSCs條件培養(yǎng)基處理HepG2不同時間(1h、6h、12h、24h)后的4個處理組和對照組HepG2(Oh)樣本進行Small RNAs高通量測序,構(gòu)建了miRNAs差異表達譜。結(jié)果顯示：從對照組到處理組的5組cDNA文庫中,分別獲得1091、1079、1164、1086和1193萬余條干凈序列；與基因組比對發(fā)現(xiàn),每組樣本均達到67%以上的基因組覆蓋率；進一步與miRBase數(shù)據(jù)庫比對發(fā)現(xiàn),5組樣本分別檢測出942,995,1031,976和958種miRNAs成熟體。另外,處理組與對照組比對差異表達miRNAs數(shù)目表明,隨著條件培養(yǎng)基處理時間的延伸,差異表達的miRNAs數(shù)目逐步增多,miRNAs的表達始終處于持續(xù)變化的狀態(tài)。此外,為了驗證測序結(jié)果的可靠性,用qRT-PCR方法對10個差異表達的miRNAs進行了驗證,結(jié)果顯示,miRNAs的表達趨勢與測序結(jié)果基本一致。其次,采用TargetScan軟件預(yù)測了差異表達miRNAs的可能靶基因,并對這些靶基因進行GO功能和KEGG信號通路注釋。結(jié)果顯示：這些差異表達miRNAs的候選靶基因主要集中在細胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控、細胞增殖、凋亡和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)功能中；這些候選靶基因顯著富集于多條信號通路中,例如：MAPK信號通路、Wnt信號通路、鈣離子信號通路、單純皰疹感染和氨基糖代謝等通路；這提示UC-MSCs條件培養(yǎng)基確實會影響HepG2細胞的生理生化相關(guān)信號通路。再次,為更好地闡明UC-MSCs條件培養(yǎng)基抑制HepG2增殖的分子機理,我們將HepG2細胞的Small RNAs數(shù)據(jù)與前期實驗室分析該樣本轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：上調(diào)miRNAs與下調(diào)mRNAs之間的互作調(diào)控模式有12條；下調(diào)miRNAs與上調(diào)mRNAs之間的互作調(diào)控模式有5條。例如：輸出數(shù)據(jù)中,差異倍數(shù)較大的miR-375負調(diào)控基因ARHGAP21和JUND的表達,表達豐度較高的let-7f-3p和miR-34a-3p協(xié)同抑制因子IL6的表達。最后,篩選出增殖條目下的差異表達miR-3065-5p進行功能驗證,體外實驗證實,過表達miR-3065-5p可以顯著抑制HepG2細胞的增殖和侵襲,說明miR-3065-5p是一個潛在的腫瘤抑制miRNA。此外,miR-3065-5p過表達可降低HepG2細胞中的SATB1的表達,可推測SATB1極有可能是miR-3065-5p的靶基因。
【關(guān)鍵詞】：UC-MSCs條件培養(yǎng)基 HepG2 miRNAs表達譜 功能驗證
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-10
• 符號說明10-11
• 第一章 miRNAs在肝癌發(fā)病中的作用(文獻綜述)11-16
• 1.1 miRNAs的概述11-12
• 1.2 miRNAs在肝癌發(fā)病中的作用12-15
• 1.2.1 miRNAs在肝癌發(fā)病中的基礎(chǔ)研究12-14
• 1.2.2 miRNAs在肝癌發(fā)病中的臨床研究14-15
• 1.3 結(jié)論與展望15-16
• 第二章 HepG2細胞系Small RNAs高通量測序及全局分析16-38
• 2.1 實驗材料16-17
• 2.1.1 細胞材料16
• 2.1.2 主要試劑與藥品16-17
• 2.1.3 主要儀器設(shè)備17
• 2.2 實驗方法17-23
• 2.2.1 細胞培養(yǎng)基配制17
• 2.2.2 HepG2和UC-MSCs培養(yǎng)17-19
• 2.2.2.1 細胞復(fù)蘇17-18
• 2.2.2.2 細胞傳代并鋪板18
• 2.2.2.3 UC-MSCs條件培養(yǎng)基處理HepG2細胞18
• 2.2.2.4 總RNA提取18-19
• 2.2.2.5 RNA純化19
• 2.2.3 HepG2細胞系RNA樣本的質(zhì)量檢測19
• 2.2.4 HepG2細胞系cDNA文庫制備及高通量測序19-20
• 2.2.5 HepG2細胞系Small RNAs測序數(shù)據(jù)輸出及全局分析20-23
• 2.2.5.1 Small RNAs測序數(shù)據(jù)的輸出20
• 2.2.5.2 已知miRNAs鑒定20-21
• 2.2.5.3 miRNAs差異表達分析21
• 2.2.5.4 qRT-PCR驗證21-22
• 2.2.5.5 miRNAs候選靶基因GO功能注釋分析22
• 2.2.5.6 miRNAs候選靶基因KEGG信號通路注釋分析22-23
• 2.2.5.7 肝癌HepG2細胞系miRNAs與mRNAs數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析23
• 2.3 結(jié)果與分析23-35
• 2.3.1 HepG2細胞系RNA樣本質(zhì)量檢測結(jié)果23-24
• 2.3.2 HepG2細胞系Small RNAs高通量測序及全局分析24-35
• 2.3.2.1 Small RNAs測序數(shù)據(jù)的輸出統(tǒng)計24
• 2.3.2.2 已知miRNAs鑒定結(jié)果24-25
• 2.3.2.3 miRNAs差異表達分析結(jié)果25-27
• 2.3.2.4 qRT-PCR驗證結(jié)果27-28
• 2.3.2.5 miRNAs候選靶基因GO功能注釋分析結(jié)果28-30
• 2.3.2.6 miRNAs候選靶基因KEGG信號通路注釋分析結(jié)果30-34
• 2.3.2.7 差異表達miRNAs與mRNAs關(guān)聯(lián)分析結(jié)果34-35
• 2.4 討論35-37
• 2.5 結(jié)論37-38
• 第三章 miR-3065-5p對HepG2的生物學(xué)行為的影響38-47
• 3.1 實驗材料38
• 3.1.1 主要試劑與耗材38
• 3.1.2 主要儀器設(shè)備38
• 3.2 實驗方法38-40
• 3.2.1 細胞培養(yǎng)與轉(zhuǎn)染39
• 3.2.2 細胞增殖能力檢測39
• 3.2.3 細胞侵襲能力檢測39-40
• 3.2.4 細胞周期檢測40
• 3.2.5 細胞凋亡檢測40
• 3.2.6 靶基因表達水平檢測40
• 3.3 實驗結(jié)果40-45
• 3.3.1 miRNA agomir轉(zhuǎn)染效果驗證40-41
• 3.3.2 細胞增殖能力檢測結(jié)果41-42
• 3.3.3 細胞侵襲能力檢測結(jié)果42-43
• 3.3.4 細胞周期檢測結(jié)果43
• 3.3.5 細胞凋亡檢測結(jié)果43-44
• 3.3.6 靶基因表達水平檢測結(jié)果44-45
• 3.4 討論45-46
• 3.5 結(jié)論46-47
• 參考文獻47-56
• 附錄56-63
• 攻讀學(xué)位期間取得的研究成果63-64
• 致謝64

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;Impact of tiny miRNAs on cancers[J];World Journal of Gastroenterology;2007年04期

2 宋寶;宋現(xiàn)讓;劉杰;魏玲;;miRNAs及其靶基因的識別[J];基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床;2007年09期

3 ;放療和miRNAs兩者關(guān)系的研究進展(英文)[J];Chinese-German Journal of Clinical Oncology;2012年05期

4 王寧;黃辰;姚嘉宜;艾婷;李圍圍;付學(xué)海;宋麗萍;;肺癌相關(guān)miRNAs研究進展[J];現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué);2012年05期

5 ;Identification of deregulated miRNAs and their targets in hepatitis B virus-associated hepatocellular carcinoma[J];World Journal of Gastroenterology;2012年38期

6 William CS CHO;南娟;;miRNAs作為癌癥預(yù)測和預(yù)后標志物的巨大潛能[J];中國肺癌雜志;2013年01期

7 李長貴;紀艷;;miRNAs和內(nèi)分泌疾病研究進展[J];中華醫(yī)學(xué)信息導(dǎo)報;2006年21期

8 William CS CHO;南娟;丁燕;;miRNAs在肺癌中的作用[J];中國肺癌雜志;2009年12期

9 Wen Luo,;Qinghua Nie;Xiquan Zhang;;MicroRNAs Involved in Skeletal Muscle Differentiation[J];遺傳學(xué)報;2013年03期

10 ;Small but influential:the role of microRNAs on gene regulatory network and 3′UTR evolution[J];遺傳學(xué)報;2009年01期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;A potential role for Chlamydomonas miRNAs in response to environmental changes[A];中國遺傳學(xué)會植物遺傳和基因組學(xué)專業(yè)委員會2009年學(xué)術(shù)研討會論文摘要匯編[C];2009年

2 Ping Xuan;Maozu Guo;Yangchao Huang;;MaturePred:Efficient Identification of MicroRNAs within Novel Plant Pre-miRNAs[A];第五屆全國生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會論文集[C];2012年

3 Zhen-Dong Xiao;Li-Ting Diao;Jian-Hua Yang;Hui Xu;Mian-Bo Huang;Yong-Jin Deng;Hui Zhou;Liang-Hu Qu;;Systematical identification of cis-elements orchestrating the expressions of miRNAs in humans[A];生命的分子機器及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)——2012年全國生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)術(shù)大會摘要集[C];2012年

4 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];2011醫(yī)學(xué)科學(xué)前沿論壇第十二屆全國腫瘤藥理與化療學(xué)術(shù)會議論文集[C];2011年

5 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結(jié)合化學(xué)發(fā)光技術(shù)快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學(xué)會2005年學(xué)術(shù)年會暨植物病理學(xué)報創(chuàng)刊50周年紀念會論文摘要集[C];2005年

6 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結(jié)合化學(xué)發(fā)光技術(shù)快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學(xué)會2005年學(xué)術(shù)年會暨植物病理學(xué)報創(chuàng)刊50周年紀念會論文集[C];2005年

7 戚鵬;韓金祥;魯艷芹;王傳璽;欒中華;卜范峰;;病毒編碼的miRNAs:基因表達新的調(diào)控因子[A];山東省藥學(xué)會2006年生化與生物技術(shù)藥物學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2006年

8 ;Bioinformatic identification and expression analysis of new microRNAs from Medicago truncatula[A];華東六省一市生物化學(xué)與分子生物學(xué)會2008年學(xué)術(shù)交流會論文摘要匯編[C];2008年

9 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];中華醫(yī)學(xué)會腫瘤學(xué)分會第七屆全國中青年腫瘤學(xué)術(shù)會議——中華醫(yī)學(xué)會腫瘤學(xué)分會“中華腫瘤 明日之星”大型評選活動暨中青年委員全國遴選論文匯編[C];2011年

10 ;miRNAs involved in Tau expression of BMSCs induced neurons[A];中國神經(jīng)科學(xué)學(xué)會第九屆全國學(xué)術(shù)會議暨第五次會員代表大會論文摘要集[C];2011年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 江尚;特異性miRNAs與前列腺癌發(fā)病密切相關(guān)[N];中國醫(yī)藥報;2007年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 陳健德;新生兒膿毒癥miRNAs表達譜及其免疫調(diào)節(jié)作用研究[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

2 A.B.M.Khaldun;[D];中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園);2015年

3 成鷹;大腸桿菌和布魯氏菌脂多糖刺激條件下巨噬細胞差異表達miRNAs的鑒定及其作用機制[D];海南大學(xué);2014年

4 王奕;MiRNAs在白癜風(fēng)外周血單個核細胞中的表達及miR-3940-5p對T細胞作用機制的研究[D];山東大學(xué);2015年

5 陳科;小鼠子宮內(nèi)膜mRNAs和miRNAs時空表達與胚胎著床的關(guān)系及SPOP對基質(zhì)細胞蛻膜化的影響[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2015年

6 陳芳;鵝肥肝生成相關(guān)miRNAs、基因的鑒定及功能研究和就巢性相關(guān)miRNAs的鑒定[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

7 顧麗紅;北京鴨胚胎期胸肌發(fā)育相關(guān)基因與miRNAs表達模式鑒定及其互作關(guān)系研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

8 侯冬霞;游離脂肪酸在脂肪組織胰島素抵抗中的作用研究及Solexa技術(shù)在miRNAs檢測中的應(yīng)用研究[D];南京大學(xué);2011年

9 李菁;分泌的miRNAs在2型糖尿病和血管再生中的生物學(xué)功能研究[D];南京大學(xué);2011年

10 王鳳;miRNAs對TBX5的靶向調(diào)控及其遺傳變異的調(diào)控差異在先天性心臟病中的作用[D];復(fù)旦大學(xué);2012年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 榮輝;B.melitensis M5-90及其LPS刺激條件下RAW264.7細胞受CD14影響的miRNAs的作用機制[D];海南大學(xué);2014年

2 李新瓊;豬細小病毒感染PK-15細胞前后microRNAs表達譜的研究及部分免疫功能的鑒定[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

3 邢艷芳;比較分析線蟲參與微重力調(diào)控的miRNAs[D];大連海事大學(xué);2016年

4 黨春艷;高山離子芥低溫脅迫調(diào)控的miRNAs及其靶基因的表達分析[D];蘭州大學(xué);2013年

5 高蓉芳;人ULK1的表達和純化及miRNAs對人宮頸癌細胞Hela中G4R1表達調(diào)控的研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

6 江冬瑞;人乳腺癌MCF-7細胞在不同HER-2水平下外泌型miRNAs表達譜檢測[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2016年

7 杜新;肉牛H-FABP基因分子特征及肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)miRNAs鑒定[D];沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

8 馬蘇日古嘎;UC-MSCs條件培養(yǎng)基對HepG2影響的miRNAs差異表達譜分析及miR-3065-5p功能的初步探討[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2016年

9 孟麗雅;惡性轉(zhuǎn)化BEAS-2B細胞lncRNAs與miRNAs的差異表達[D];鄭州大學(xué);2016年

10 趙海軍;應(yīng)用微陣列芯片技術(shù)分析先天性巨結(jié)腸miRNAs表達譜差異[D];南方醫(yī)科大學(xué);2016年

  本文關(guān)鍵詞：UC-MSCs條件培養(yǎng)基對HepG2影響的miRNAs差異表達譜分析及miR-3065-5p功能的初步探討，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：430683