目的:通過(guò)對(duì)TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫(kù)中非小細(xì)胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)相關(guān)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分析,快速高效篩選出可能在肺癌組織中具有共表達(dá)關(guān)系的基因與microRNA(miRNA)。并采用體外實(shí)驗(yàn)方法,進(jìn)一步驗(yàn)證所篩選基因與miRNA在A549肺癌細(xì)胞系中的表達(dá)情況和靶向關(guān)系,以及他們的差異表達(dá)對(duì)肺癌細(xì)胞增殖、遷移等功能的影響,為這些基因和miRNA在肺癌中作用機(jī)制的研究提供更多的參考與依據(jù)。方法:1.使用R語(yǔ)言軟件包edgeR和DESeq2,對(duì)TCGA項(xiàng)目中所有NSCLC相關(guān)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,并使用WGCNA方法進(jìn)行共表達(dá)分析,結(jié)合已知注釋信息,篩選出目的基因及與之潛在共表達(dá)的miRNA;2.選用A549細(xì)胞進(jìn)行體外實(shí)驗(yàn),分別對(duì)目的基因、miRNA及其共同作用對(duì)細(xì)胞功能的影響進(jìn)行驗(yàn)證,實(shí)驗(yàn)肺癌細(xì)胞共分為11組:不作任何處理和僅包括轉(zhuǎn)染試劑的細(xì)胞分別設(shè)為Mock組和NC對(duì)照組,PRAP1組、PRAP1-NC組、siRNA組、mimics組、inhibitor組分別根據(jù)其名稱添加對(duì)應(yīng)的核酸試劑;根...

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略詞表
1 引言
2 材料與方法
    2.1 肺癌相關(guān)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析方法
        2.1.1 數(shù)據(jù)清洗與標(biāo)準(zhǔn)化
        2.1.2 差異表達(dá)分析
        2.1.3 共表達(dá)分析
        2.1.4 公共數(shù)據(jù)庫(kù)在線查詢驗(yàn)證
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.1 細(xì)胞來(lái)源
        2.2.2 實(shí)驗(yàn)器材
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.2.4 PCR引物序列
    2.3 細(xì)胞實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 細(xì)胞培養(yǎng)
        2.3.2 實(shí)驗(yàn)細(xì)胞分組
        2.3.3 使用CCK-8實(shí)驗(yàn)檢測(cè)細(xì)胞增殖活性
        2.3.4 使用Transwell實(shí)驗(yàn)檢測(cè)細(xì)胞遷移能力
        2.3.5 使用流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)細(xì)胞周期
        2.3.6 使用qPCR對(duì)細(xì)胞中目的基因與miRNA核酸定量檢測(cè)
        2.3.7 使用Western印跡法檢測(cè)蛋白表達(dá)
        2.3.8 雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證miRNA與mRNA的靶向關(guān)系
    2.4 統(tǒng)計(jì)方法
3 結(jié)果
    3.1 數(shù)據(jù)分析結(jié)果
        3.1.1 患者基本信息
        3.1.2 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化與差異表達(dá)分析
        3.1.3 共表達(dá)分析結(jié)果
        3.1.4 miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證共表達(dá)目標(biāo)區(qū)域
        3.1.5 選取進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的基因與miRNA
    3.2 PRAP1與miR-520e在A549細(xì)胞中的表達(dá)情況
        3.2.1 PRAP1與miR-520e共轉(zhuǎn)染組mRNA qPCR定量高于其他共轉(zhuǎn)染組及PRAP1組
        3.2.2 miR-520e mimics組miRNA qPCR定置高于其余各組
        3.2.3 PRAP1蛋白的表達(dá)與mRNA定量完全一致
    3.3 PRAP1與miR-520e對(duì)A549細(xì)胞功能的影響
        3.3.1 PRAP1 siRNA共轉(zhuǎn)染兩組細(xì)胞増殖活性高于其他共轉(zhuǎn)染組
        3.3.2 PRAP1上調(diào)與miR-520e上調(diào)均使細(xì)胞遷移能力受到抑制
        3.3.3 PRAP1過(guò)表達(dá)使細(xì)胞期占比增多
    3.4 雙熒光素酶報(bào)告基因檢測(cè)
4 討論
    4.1 共表達(dá)分析得到的多組肺癌相關(guān)基因和miRNA已得到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
    4.2 miR-520e上調(diào)可以促進(jìn)PRAP1在A549細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄
    4.3 PRAP1上調(diào),誘導(dǎo)A549細(xì)胞阻滯在G₁期
    4.4 PRAP1下調(diào)可使細(xì)胞的增殖活性降低
    4.5 PRAP1上調(diào)、miR-520e上調(diào)均可對(duì)A549細(xì)胞遷移能力進(jìn)行抑制
    4.6 miR-520e對(duì)PRAP1的靶向作用
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述 基于R語(yǔ)言的轉(zhuǎn)錄組分析在肺癌及相關(guān)miRNA研究中的應(yīng)用
    參考文獻(xiàn)
個(gè)人簡(jiǎn)歷、在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果
致謝



本文編號(hào)：3929712