目的:肝癌是全球第六常見的癌癥,也是排名第四的癌癥死亡原因。中國肝癌每年新發(fā)病例和死亡病例占全球50%以上,大多數(shù)肝癌初次診斷時已經(jīng)伴隨遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。由于肝癌異質(zhì)性的存在,肝癌在化療、靶向治療、免疫治療等治療容易產(chǎn)生耐藥,探究肝癌異質(zhì)性顯得格外重要。方法:對來自同一患者具有不同轉(zhuǎn)移潛能的肝癌細(xì)胞系(MHCC97-L、MHCC97-H、HCC97LM3)進(jìn)行了全外顯子測序。在Oncotator中注釋了測序數(shù)據(jù),并找到非沉默類型突變基因。為了探究三株細(xì)胞進(jìn)化關(guān)系,用Mega X軟件構(gòu)建了基于基因組單核苷酸多態(tài)性(SNP)的進(jìn)化樹。根據(jù)三株細(xì)胞突變位點和基因繪制維恩圖并計算了異質(zhì)性。在Excel中統(tǒng)計三株細(xì)胞的堿基改變情況、已知肝癌驅(qū)動基因和10個經(jīng)典致癌信號通路上的基因突變情況。為了進(jìn)一步探究三株細(xì)胞的不同,通過分析突變位點找到三株細(xì)胞的主干差異突變基因和各自特有的基因,利用STRING構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)找到hub突變基因,在c Bio Portal數(shù)據(jù)庫中查詢hub基因的突變與肝癌總生存期(OS)的關(guān)系。由于基因突變會影響基因表達(dá),在ULCAN數(shù)據(jù)庫探究了關(guān)鍵基因在肝...

【文章頁數(shù)】：108 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
英漢縮略語名詞對照
中文摘要
Abstract
前言
1 材料與方法
    1.1 細(xì)胞培養(yǎng)
    1.2 DNA提取
    1.3 DNA樣本評估及全外顯子測序
    1.4 Oncotator注釋突變體
    1.5 三株細(xì)胞的進(jìn)化樹以及突變基因分布
    1.6 功能富集分析
    1.7 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)互作分析
    1.8 HUB基因突變與HCC病人預(yù)后關(guān)聯(lián)分析
    1.9 HCC中 HUB基因的表達(dá)與病人預(yù)后關(guān)聯(lián)分析
    1.10 三株細(xì)胞的差異蛋白質(zhì)中的基因突變分析
    1.11 突變基因KEAP1 分析及PCR驗證
2 結(jié)果
    2.1 根據(jù)WES分析三株細(xì)胞的突變情況
    2.2 腫瘤驅(qū)動突變基因和致癌信號通路上的突變情況
    2.3 三株細(xì)胞的共有突變基因分析
    2.4 三株細(xì)胞的特有突變基因分析
    2.5 HCC中 HUB基因的表達(dá)與病人預(yù)后關(guān)聯(lián)分析
    2.6 三株細(xì)胞差異蛋白質(zhì)中的基因突變分析
    2.7 突變KEAP1 基因分析和PCR驗證
3 討論
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
文獻(xiàn)綜述 肝癌的主要驅(qū)動基因與腫瘤
    綜述參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
參與的課題項目



本文編號：3822020