目的遺傳變異中的單體型擴(kuò)增因具有潛在的選擇優(yōu)勢(shì)和克隆演變敏感性,成為尋找易感癌基因的一個(gè)重要標(biāo)志。本文充分考慮單體型擴(kuò)增狀態(tài)的影響因素,有效實(shí)現(xiàn)稀有變異關(guān)聯(lián)分析。方法通過(guò)等位基因變異頻率估計(jì)單體型擴(kuò)增狀態(tài)。首先采用置換檢驗(yàn),基于等位基因變異頻率實(shí)現(xiàn)候選變異位點(diǎn)的聚類。再應(yīng)用似然聚類方法,確定隱馬爾科夫隨機(jī)場(chǎng)模型中的鄰域系統(tǒng)。此外,引入一個(gè)威爾遜區(qū)間和錯(cuò)誤識(shí)別率的組合過(guò)濾機(jī)制,進(jìn)一步提高變異位點(diǎn)識(shí)別精度。最后將候選集與單體型擴(kuò)增狀態(tài)合并到加權(quán)虛擬位點(diǎn)中用于關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果通過(guò)仿真實(shí)驗(yàn),分別對(duì)不同次等位基因變異頻率的Ⅰ型錯(cuò)誤率比較分析,發(fā)現(xiàn)Ⅰ型錯(cuò)誤率基本穩(wěn)定在2%以內(nèi)。與其他5種關(guān)聯(lián)分析方法分別進(jìn)行Ⅰ型和Ⅱ錯(cuò)誤率比較分析,Ⅰ型與Ⅱ型錯(cuò)誤率均控制在2%以內(nèi),顯示出其顯著優(yōu)勢(shì)及較好的統(tǒng)計(jì)能力。結(jié)論本研究提出的針對(duì)單體型擴(kuò)增區(qū)域的腫瘤易感變異關(guān)聯(lián)分析方法能夠較為精確的識(shí)別單體型擴(kuò)增區(qū)域的腫瘤易感變異,具有良好的健壯性與穩(wěn)定性,可為臨床診斷提供決策支持。 

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本文編號(hào)：3701746