肝癌是發(fā)病率與致死率較高的實體腫瘤之一,其五年生存率僅有5%-7%且復發(fā)率高達60-70%。驅(qū)動肝癌的發(fā)生發(fā)展的因素包括內(nèi)在因素和外在因素。內(nèi)在因素指肝實質(zhì)細胞中發(fā)生的突變;而外在因素指腫瘤細胞與周圍的基質(zhì)細胞、免疫系統(tǒng)及非細胞成分的相互作用。對于已經(jīng)發(fā)生突變形成的腫瘤細胞,通過免疫系統(tǒng)或細胞外基質(zhì)的作用將其清除,從而抑制腫瘤的發(fā)展和轉(zhuǎn)移。因此,腫瘤與其外在的環(huán)境共同構(gòu)成腫瘤微環(huán)境的相互作用在腫瘤發(fā)展、復發(fā)及轉(zhuǎn)移中扮演中重要角色。其中,腫瘤浸潤免疫細胞及其分泌的細胞因子組成的免疫微環(huán)境是影響腫瘤微環(huán)境的重要組成部分。由于技術(shù)受限,先前對肝癌中復雜的免疫微環(huán)境的研究工作大多數(shù)是基于大量細胞的水平在原位或經(jīng)細胞分選后對特定一類細胞進行研究。單細胞測序技術(shù)的發(fā)展為腫瘤微環(huán)境的系統(tǒng)研究提供了有力工具。越來越多的研究表明,免疫微環(huán)境中各種免疫細胞以及不同免疫細胞之間的相互作用都影響腫瘤發(fā)生和發(fā)展,特別在腫瘤的逃逸中也扮演越來越重要的角色。然而目前對于肝癌免疫微環(huán)境在單細胞水平的研究,對淋巴細胞類型組成和功能有了初步認識,但肝癌中髓系細胞亞型的特征與腫瘤的作用仍然知之甚少。此外,原發(fā)性與復發(fā)性肝癌... 

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 肝癌的概述
        1.1.1 肝癌的全球趨勢
        1.1.2 肝癌的致病因素和分子機制
        1.1.3 肝癌的治療
    1.2 腫瘤微環(huán)境的研究現(xiàn)狀
        1.2.1 腫瘤微環(huán)境的概念
        1.2.2 腫瘤微環(huán)境中的免疫細胞及其功能
    1.3 單細胞RNA測序技術(shù)的發(fā)展及應用
    1.4 本課題的研究意義及主要內(nèi)容
        1.4.1 本課題的研究意義
        1.4.2 本課題的主要研究方法和內(nèi)容
第二章 單細胞RNA測序方法及數(shù)據(jù)預處理
    2.1 引言
    2.2 實驗材料與方法
        2.2.1 單細胞RNA測序樣本
        2.2.2 組織消化及細胞懸液制備
        2.2.3 免疫細胞的流式分選
        2.2.4 單細胞轉(zhuǎn)錄組文庫制備及測序
    2.3 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)的預處理
        2.3.1 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)的過濾與表達量定量
        2.3.2 單細胞樣本和基因質(zhì)控
        2.3.3 管家基因表達
    2.4 本章小結(jié)
第三章 解析肝癌微環(huán)境的免疫細胞圖譜
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 單細胞聚類分析及可視化
        3.2.2 細胞亞群特征基因的鑒定
        3.2.3 福爾馬林固定石蠟包埋組織樣本
        3.2.4 免疫組化分析
    3.3 肝癌微環(huán)境中免疫細胞類型鑒定
        3.3.1 免疫細胞的聚類分析及降維可視化
        3.3.2 差異表達分析及細胞類型鑒定
    3.4 肝癌微環(huán)境中髓系細胞亞型鑒定
        3.4.1 髓系細胞的聚類及降維可視化
        3.4.2 差異表達分析及細胞類型鑒定
    3.5 肝癌中免疫細胞的浸潤差異
    3.6 肝癌中髓系細胞亞型的浸潤差異
    3.7 本章小節(jié)
第四章 肝癌微環(huán)境與數(shù)據(jù)庫中外周血的DC細胞組成及轉(zhuǎn)錄組差異的對比分析
    4.1 前言
    4.2 數(shù)據(jù)來源
        4.2.1 外周血DC單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲取
        4.2.2 腫瘤微環(huán)境數(shù)據(jù)獲取
    4.3 肝癌微環(huán)境與數(shù)據(jù)庫中外周血的DC細胞組成及轉(zhuǎn)錄組差異
        4.3.1 肝癌微環(huán)境與外周血中DC細胞的整合分析
        4.3.2 肝癌微環(huán)境與外周血中DC細胞的差異表達基因鑒定
    4.4 DC3在黑色素瘤與頭頸癌中的鑒定
    4.5 肝癌微環(huán)境中DC的募集
    4.6 本章小結(jié)
第五章 肝癌微環(huán)境中髓系細胞與肝癌臨床表型和預后的關(guān)聯(lián)分析
    5.1 前言
    5.2 數(shù)據(jù)來源與分析方法
        5.2.1 癌癥數(shù)據(jù)庫中肝癌數(shù)據(jù)獲取
        5.2.2 TAM的極化狀態(tài)分析
        5.2.3 生存分析
    5.3 肝癌微環(huán)境中髓系細胞與肝癌臨床表型的關(guān)聯(lián)分析
    5.4 TAM的極化狀態(tài)與肝癌預后的關(guān)系
        5.4.1 TAM的極化狀態(tài)
        5.4.2 肝癌中TAM與預后的關(guān)聯(lián)
    5.5 微環(huán)境中單核細胞與肝癌預后的關(guān)系
        5.5.1 FCN1_mono的特征與預后的關(guān)系
        5.5.2 Mono4的特征與預后的關(guān)系
    5.6 微環(huán)境中DC亞型與肝癌預后的關(guān)系
        5.6.1 微環(huán)境中DC亞型的特征
        5.6.2 肝癌微環(huán)境中DC與預后的關(guān)聯(lián)
    5.7 本章小結(jié)
總結(jié)與展望
    總結(jié)
    展望
參考文獻
攻讀碩士學位期間取得的研究成果
致謝
附件



本文編號：3700271