腫瘤微環(huán)境調(diào)節(jié)腫瘤的生長、侵襲和轉(zhuǎn)移。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（TAM）在多種腫瘤中廣泛存在,是腫瘤微環(huán)境的重要組成部分。TAM對腫瘤組織的浸潤與多種惡性腫瘤患者的不良預(yù)后存在關(guān)聯(lián)。TAM來源于血液單核細(xì)胞,它們被細(xì)胞因子和趨化因子誘導(dǎo)分化。趨化因子CCL18由M2型TAM分泌。在乳腺癌中,CCL18能與其受體PITPNM3作用和粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子（CM-CSF）共同招募TAM,形成正反饋,促進(jìn)腫瘤轉(zhuǎn)移。CCL18在多種惡性腫瘤中異常表達(dá),可作為其早期篩查指標(biāo)和預(yù)后標(biāo)志物。但是CCL18介導(dǎo)非小細(xì)胞肺癌進(jìn)展的機(jī)制仍然缺乏深入研究。本研究以非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系A(chǔ)549為載體,從表觀遺傳修飾的角度,通過穩(wěn)定同位素標(biāo)記氨基酸細(xì)胞培養(yǎng)（SILAC）技術(shù),聯(lián)合液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）,結(jié)合生物信息學(xué)方法,分析CCL18介導(dǎo)的磷酸化蛋白質(zhì)組。我們鑒定出了3904個蛋白質(zhì)及其11628個磷酸化位點,對其中2408個蛋白質(zhì)中的7582個磷酸化位點進(jìn)行定量分析,當(dāng)定量比大于2或小于0.5的蛋白質(zhì)被認(rèn)為是有顯著變化的。與對照組相比,在定量的蛋白質(zhì)中,412種蛋白質(zhì)中的603個磷酸化位點被上調(diào),... 

【文章來源】：安徽醫(yī)科大學(xué)安徽省

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

LC-MS/MS檢測所得磷酸化肽段與位點整體信息

安徽醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文19圖2：差異表達(dá)磷酸化位點的特定基序分析。對于肽段的每個位置，采用雙尾Fisher精確（概率）檢驗來測定氨基酸發(fā)生頻率的富集。Fig2:Motifanalysisofallthephosphorylatedsites.Foreachpositionofpeptide,atwo-tailedFisher’sexacttestwasemployedtotesttheenrichmentoffrequenciesaminoacidoccur.3.4磷酸化蛋白質(zhì)的GO分析GO分析包括三個領(lǐng)域，亞細(xì)胞定位分析、生物過程分析與分子功能分析。亞細(xì)胞定位，也稱為細(xì)胞組分，表示細(xì)胞內(nèi)某個較大物體的一部分，可以是解剖結(jié)構(gòu)，如粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng)或細(xì)胞核，或者是基因產(chǎn)物，如核糖體，蛋白酶體或蛋白質(zhì)二聚體。使用WoLFPSORT在線數(shù)據(jù)庫對篩選出來的定量的差異磷酸化蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測，GO數(shù)據(jù)庫對篩選出來的磷酸化蛋白質(zhì)進(jìn)行亞細(xì)胞定位富集分析。分析結(jié)果顯示，CCL18處理后上調(diào)的磷酸化蛋白質(zhì)，有64%定位于細(xì)胞核，17%定位于細(xì)胞質(zhì)，7%定位于質(zhì)膜，剩下的定位于線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等（圖3-1-A）。CCL18處理后下調(diào)的磷酸化蛋白質(zhì)，50%定位于細(xì)胞核，21%定位于細(xì)胞質(zhì)，15%定位于質(zhì)膜，其余定位于細(xì)胞外基質(zhì)、線粒體等（圖3-1-B）。我們發(fā)現(xiàn)不論是上調(diào)還是下調(diào)的

安徽醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文20磷酸化蛋白質(zhì)，其主要定位皆于細(xì)胞核，位于細(xì)胞核的差異表達(dá)蛋白可能與細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的生成相關(guān)。定位于細(xì)胞質(zhì)，質(zhì)膜，細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)的差異表達(dá)蛋白質(zhì)可能是非小細(xì)胞肺癌分泌的一些分泌蛋白，參與腫瘤微環(huán)境的形成。圖3-1：上調(diào)(A)或下調(diào)(B)磷酸化蛋白的亞細(xì)胞定位。Fig3-1:Thesubcellularlocationofup-regulated(A)anddown-regulated(B)proteins.生物過程是由一個或多個分子功能的有序組裝完成的一系列事件。與分子功能的主要區(qū)別在于生物過程必須有多個不同的步驟構(gòu)成。使用GO數(shù)據(jù)庫對篩選出來的3904個差異磷酸化蛋白質(zhì)進(jìn)行蛋白質(zhì)生物功能注釋。生物過程分析顯示（圖3-2），CCL18介導(dǎo)的上調(diào)的蛋白質(zhì)磷酸化修飾主要參與細(xì)胞過程、單有機(jī)物過程、生物調(diào)節(jié)、代謝過程、應(yīng)激反應(yīng)、多細(xì)胞生物過程、發(fā)育過程等。這些生物過程與蛋白質(zhì)復(fù)合物合成、細(xì)胞骨架組織、細(xì)胞成分生成、rRNA代謝過程、rRNA加工、細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號通路、葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)、己糖轉(zhuǎn)運(yùn)、DNA代謝過程、單糖轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞成分的負(fù)調(diào)控、核糖體生成等密切相關(guān)。CCL18介導(dǎo)的下調(diào)的蛋白質(zhì)磷酸化修飾主要參與細(xì)胞過程、單有機(jī)物過程、生物調(diào)節(jié)、代謝過程等過程，這些生物過程與轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)、單有機(jī)物轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)等密切相關(guān)。分子功能描述的是在分子水平上發(fā)生的活性，例如催化或結(jié)合活性。GO分析中的分子功能代表的是活動，而不是執(zhí)行動作的實體（分子或復(fù)合物），并且未指定動作發(fā)生的地點或時間或背景。對A549細(xì)胞中篩選到的定量的差異磷酸化的

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]The incidences and mortalities of major cancers in China, 2010[J]. Wan-Qing Chen,Rong-Shou Zheng,Si-Wei Zhang,Hong-Mei Zeng,Xiao-Nong Zou.  Chinese Journal of Cancer. 2014(08)



本文編號：3623771