第一部分肝癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析目的:利用生物信息學(xué)的技術(shù)來分析肝細(xì)胞肝癌的轉(zhuǎn)錄基因組芯片數(shù)據(jù)集以尋找出與肝癌發(fā)生發(fā)展有緊密相關(guān)性的關(guān)鍵基因,進(jìn)而探究出肝癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制,以期尋找到可以預(yù)測肝癌患者生存的生物標(biāo)記物,為肝癌的診斷和治療提供新的方向。方法:通過在GEO數(shù)據(jù)庫中下載的公開發(fā)表過的肝癌基因芯片數(shù)據(jù)集（GSE4520-3921、GSE14520-571、GSE39791、GSE57957、GSE76427）來進(jìn)行肝癌發(fā)生發(fā)展的相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘分析,應(yīng)用GE02R程序篩選差異表達(dá)的基因,通過DAVID軟件來進(jìn)一步對篩選出的差異表達(dá)的基因進(jìn)行GO功能分析和KEGG信號通路富集分析,最后利用STRING軟件對差異基因所編碼的蛋白質(zhì)進(jìn)行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析,找到PPI網(wǎng)絡(luò)中處在關(guān)鍵位置的關(guān)鍵基因,并聯(lián)合應(yīng)用TCGA數(shù)據(jù)庫來檢驗以上關(guān)鍵基因?qū)Ω伟┗颊呱嫫诘挠绊�。結(jié)果:通過生信分析我們總共篩選出151個差異表達(dá)的基因,這其中有22個差異基因上調(diào)表達(dá),有129個差異基因下調(diào)表達(dá)。GO功能富集分析的結(jié)果顯示上調(diào)差異基因及下調(diào)差異基因均在細(xì)胞外外泌體功能中富集。KEGG信號通路富... 

【文章來源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：46 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異基因

材料與方法4個、342個、309個、400個。通過Venn軟件分別作Venn圖取交集，最后我們發(fā)現(xiàn)在5個數(shù)據(jù)集中共同存在的差異基因為151個，其中在5個數(shù)據(jù)集中均上調(diào)表達(dá)的差異基因為22個，均下調(diào)表達(dá)的差異基因為129個（見圖1）。上調(diào)差異表達(dá)基因下調(diào)差異表達(dá)基因圖1差異基因Venn圖2.2差異基因的GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析我們選取至少在3個基因芯片數(shù)據(jù)集中共有的差異表達(dá)基因，通過DAVID軟件對這些差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析。GO功能富集分析結(jié)果顯示上調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞外外泌體、細(xì)胞液等功能方面，而下調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞外外泌體、胞外體等方面（見圖2）。而KEGG信號通路富集分析結(jié)果顯示上調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞周期、PI3K-AKT信號通路、ECM受體相互作用等通路，下調(diào)表達(dá)的差異基因主要分布在代謝通路等方面（見圖3）。圖2GO功能分析

材料與方法4個、342個、309個、400個。通過Venn軟件分別作Venn圖取交集，最后我們發(fā)現(xiàn)在5個數(shù)據(jù)集中共同存在的差異基因為151個，其中在5個數(shù)據(jù)集中均上調(diào)表達(dá)的差異基因為22個，均下調(diào)表達(dá)的差異基因為129個（見圖1）。上調(diào)差異表達(dá)基因下調(diào)差異表達(dá)基因圖1差異基因Venn圖2.2差異基因的GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析我們選取至少在3個基因芯片數(shù)據(jù)集中共有的差異表達(dá)基因，通過DAVID軟件對這些差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析。GO功能富集分析結(jié)果顯示上調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞外外泌體、細(xì)胞液等功能方面，而下調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞外外泌體、胞外體等方面（見圖2）。而KEGG信號通路富集分析結(jié)果顯示上調(diào)表達(dá)的差異基因主要富集在細(xì)胞周期、PI3K-AKT信號通路、ECM受體相互作用等通路，下調(diào)表達(dá)的差異基因主要分布在代謝通路等方面（見圖3）。圖2GO功能分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]癌癥早期篩查與過度診斷[J]. 劉昊,牛明玥,楊晨曦.  醫(yī)學(xué)與哲學(xué). 2020(01)
[2]中國肝癌肝移植現(xiàn)狀及展望[J]. 王征,周儉.  實用器官移植電子雜志. 2019(01)
[3]肝癌肝移植術(shù)后復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移的防治與評估[J]. 劉子榮,張雅敏.  中華肝膽外科雜志. 2018 (06)
[4]細(xì)胞外基質(zhì)蛋白SRPX2促進(jìn)HUVECs血管生成能力[J]. 樊江浩,劉揆亮,周躍,吳靜.  基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床. 2015(10)
[5]人大腸癌癌旁不同部位組織細(xì)胞外基質(zhì)分子和細(xì)胞極性分子表達(dá)差異比較[J]. 劉紅,文彬,陳丹,劉金元,胡豐良.  世界華人消化雜志. 2015(01)
[6]免疫組織化學(xué)反應(yīng)結(jié)果的判斷標(biāo)準(zhǔn)[J]. 許良中,楊文濤.  中國癌癥雜志. 1996(04)



本文編號：3608504