目的:聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）和質(zhì)譜分析（MS）分析基因和蛋白的差異表達情況,通過HLA I等位基因檢測結(jié)合RNA-seq的基因變異、融合基因結(jié)果預(yù)測并篩選潛在的腫瘤新抗原或抗原表位,為了解甲狀腺癌的生物學(xué)行為和免疫因素在甲狀腺癌發(fā)生、進展與診治中的作用提供實驗基礎(chǔ)。方法:選取收集病理確診為PTC的10例患者的癌組織及相應(yīng)甲狀腺組織進行RNA提取、文庫構(gòu)建、后在Ilumina Hiseq平臺上進行轉(zhuǎn)錄組測序,測序結(jié)果通過生物信息學(xué)分析出基因變異、融合基因、基因表達量及差異表達情況。對17例PTC患者的癌組織與甲狀腺組織進行全蛋白提取、酶解消化、加入重標肽段,后進行數(shù)據(jù)非依賴采集（DIA）法質(zhì)譜分析,分析蛋白的表達情況。結(jié)合RNA-seq和MS結(jié)果,對40例PTC患者的癌組織及相應(yīng)甲狀腺組織進行ANXA1、FN1、PROS1、RAB27A、ETHE1以及COX7A2免疫組化染色和統(tǒng)計分析。通過PCR-SSP檢測法、HLAprofiler和OPtiType分析RNA-seq數(shù)據(jù)得出HLA I等位基因分型,結(jié)合RNA-seq所得基因變異、融合基因結(jié)果,主要通過pVACtools軟件以... 

【文章來源】：天津醫(yī)科大學(xué)天津市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：113 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

所有生殖系變異SNP和體細胞突變SNV進行SIFT和PolyPhen功能預(yù)測情況

22圖 1.2 基因表達水平統(tǒng)計圖。該圖中，橫軸為樣品名稱，縱軸為 log10FPKM，每個區(qū)域的箱線圖對應(yīng)五個統(tǒng)計量（自上而下分別為最大值，上四分位數(shù)，中值，下四分位數(shù)和最小值），兩端實心點表示異常值。由圖可知，各樣品基因表達水平集中區(qū)間、分布趨勢差別不大。1.2.7 差異表達基因檢測結(jié)果以 DEseq2 方法將各樣品基因表達水平進行各分組之間的基因差異表達（DEG）分析。差異表達基因定義為 log2FoldChange≥1 或者≤-1，且 Padj≤0.05。Fold Change（FC）為一個基因表達量除以另一基因表達量所得 的值，log2FoldChange≥1 表示前者較后者基因表達上調(diào)，≤-1 表示前者較后者基因表達下調(diào)。Padj 為經(jīng)某種統(tǒng)計方法校正過的 P 值，比后者更為嚴謹、可靠。所有樣品

23圖 1.3 所有樣品癌組織比癌旁組織的差異基因表達情況的火山圖，橫軸代表 log2差異倍數(shù)值，縱軸代表-log10 轉(zhuǎn)換后的顯著性值。以|log2FoldChange|≥1， Padj≤0.0表達標準，紅色代表相對于甲狀腺組織，癌組織上調(diào)的 DEG，藍色代表下調(diào)的 DE代表非 DEG。共對 22572 個基因進行了差異表達分析，圖中可見癌組織比癌旁組基因有 1464 個，低表達者有 2276 個，表達無明顯異常者占 18832 個。Padj≤0.05 的標準下，當差異表達標準為|log2FoldChange|≥2 時，癌組調(diào)表達基因 659 個，下調(diào)表達者 873 個，總差異表達基因為 1532 個；當達標準為|log2FoldChange|≥4 時，癌組織中上調(diào)表達基因 136 個，下調(diào)表個，總差異表達基因為 203 個；當差異表達標準為|log2FoldChange|≥6 時織中上調(diào)表達基因 32 個，下調(diào)表達者 2 個，總差異表達基因為 34 個；當達標準為|log2FoldChange|≥7 時，癌組織中上調(diào)表達基因 9 個，下調(diào)表達者總差異表達基因為 10 個。表 1.9 列出基因表達上調(diào)最顯著的 10 個基因（5 個未知基因未列出）。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Differential expression of Rab27A/B correlates with clinical outcome in hepatocellular carcinoma[J]. Wei-Wei Dong,Wen-Hua Xiao,Department of Oncology,the First Affiliated Hospital,the General Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Beijing 100048,China Quan Mou,Jian Chen,Department of surgery,252 Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Baoding 071000,Hebei Province,China Jian-Tao Cui,Wen-Mei Li,Laboratory of Molecular Oncology,Peking University Cancer Hospital/Institute,Beijing 100142,China.  World Journal of Gastroenterology. 2012(15)



本文編號：3604019