發(fā)布時間：2021-12-18 10:06

　　目的利用聯(lián)合稀疏典型相關(guān)方法進(jìn)行泛癌拷貝數(shù)變異（CNVs）與mRNA數(shù)據(jù)融合分析,探討拷貝數(shù)對基因表達(dá)的影響,識別分子機(jī)制的同質(zhì)性和特異性,為癌癥的分子機(jī)制研究提供依據(jù)。方法通過聯(lián)合稀疏典型相關(guān)方法進(jìn)行泛癌CNVs和mRNA數(shù)據(jù)融合分析,提取泛癌中共存CNVs及其相關(guān)的mRNA建立相關(guān)模塊;在此基礎(chǔ)上利用聯(lián)合稀疏精確矩陣估計算法篩選具有直接關(guān)系的CNVs-mRNA對,并分析CNVs與不同腫瘤分期的相關(guān)性。結(jié)果提取的相關(guān)模塊中CNVs和mRNA變量數(shù)分別為195和177個,其中13個mRNA存在于全部癌癥,38個mRNA特異性存在于單一癌癥中;共篩選出16對具有直接相關(guān)關(guān)系的CNVs-mRNA對,包括11個CNVs位點,對應(yīng)基因EYA2、NNAT已在多種癌癥中被發(fā)現(xiàn);相關(guān)性檢驗顯示全部11個基因拷貝數(shù)與結(jié)腸癌的T、N期,腎透明細(xì)胞癌的T、M期,浸潤性乳腺癌的T期相關(guān)。結(jié)論 CNVs-mRNA相關(guān)關(guān)系在泛癌間存在同質(zhì)性和特異性,同質(zhì)性關(guān)系可用于識別泛癌藥物作用靶點,特異性關(guān)系可以為研究癌癥遺傳變異對基因表達(dá)的特異性影響提供線索;CNVs-mRNA直接相關(guān)對中部分基因拷貝數(shù)與腫瘤分期相關(guān),相... 

【文章來源】：中國衛(wèi)生統(tǒng)計. 2020,37(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

JSCCA原理圖

對預(yù)處理后的CNVs和mRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行JSCCA分析,獲得具有相關(guān)關(guān)系的模塊,其中CNVs和mRNA變量數(shù)分別為195和177個。在提取的相關(guān)模塊中,對177個mRNA進(jìn)一步觀察其在不同癌癥中的分布情況,其中13個mRNA在8種癌癥中均被提取,38個mRNA為癌癥特異性基因,其余126個mRNA在各癌癥中存在不一。通過JSCCA提取的CNVs和mRNA相關(guān)關(guān)系熱圖,見圖2,橫軸排列依次為共存mRNA和特異性mRNA。圖中顯示在全部癌癥中,共存mRNA與CNVs區(qū)域的相關(guān)性較特異性mRNA高。3.直接相關(guān)關(guān)系的確定

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]腫瘤基因組圖譜泛癌分析計劃[J]. 張坤,王紅.  中國肺癌雜志. 2015(04)



本文編號：3542169