目的（1）利用TCGA數(shù)據(jù)庫（The Cancer Genome Atlas,腫瘤基因組圖譜數(shù)據(jù)庫）,篩選肺腺癌預(yù)后相關(guān)的甲基化位點(diǎn)。（2）驗證TCGA數(shù)據(jù)庫篩選出的甲基化位點(diǎn)對中國肺腺癌病人預(yù)后的影響,評估其對肺腺癌病人預(yù)后的預(yù)測價值。（3）研究前期篩選出的甲基化位點(diǎn)對肺腺癌模式細(xì)胞生長狀態(tài)以及目的基因表達(dá)水平的影響,探索這些甲基化位點(diǎn)影響肺腺癌發(fā)生發(fā)展的生物學(xué)機(jī)制。方法（1）基于TCGA數(shù)據(jù)庫篩選肺腺癌預(yù)后相關(guān)甲基化位點(diǎn):選取TCGA數(shù)據(jù)庫中肺腺癌病人的臨床數(shù)據(jù)、全基因組甲基化數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)。首先對癌和癌旁組織中全基因組甲基化位點(diǎn)的甲基化水平進(jìn)行差異性分析,篩選出癌和癌旁組織中甲基化水平差異顯著的甲基化位點(diǎn),進(jìn)而采用LASSO COX（Least absolute shrinkage and selection operator COX）回歸分析從中篩選出與肺腺癌預(yù)后相關(guān)的甲基化位點(diǎn)組合（即甲基化signature）,通過甲基化signature結(jié)合臨床數(shù)據(jù)構(gòu)建肺腺癌病人預(yù)后預(yù)測模型。運(yùn)用Harrell’s C統(tǒng)計量對該模型的預(yù)測效果進(jìn)行評估。同時,采用相關(guān)分析研究甲基化位點(diǎn)... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

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6例肺腺癌病人癌和癌旁組織中1291個差異甲基化位點(diǎn)熱圖情況

中 科 技 大 學(xué) 博 士 學(xué) 位 論調(diào)控功能，negative regulation of apoptotic process 等細(xì)胞相關(guān)功能A-binding region，homeodomain，homeobox 等生物學(xué)過程。

圖 1-4 1291 個差異甲基化位點(diǎn)所在基因的部分 GO 富集性分析結(jié)果表 1-2 1291 個差異甲基化位點(diǎn)所在基因的部分 GO 富集性分析基因功能 N PEATURE DNA-binding region:Homeobox 11 2ORDS Homeobox 12 3 IPR001356:Homeodomain 12 6 IPR009057:Homeodomain-like 13 6SM00389:HOX 12 2 IPR017970:Homeobox, conserved site 10 1ORDS Developmental protein 15 4ORDS DNA-binding。18 4MF_DIRECT GO:0043565~sequence-specific DNA binding 10 1BP_DIRECTGO:0045944~positive regulation of transcription。from RNA polymerase IIpromoter13 1BP_DIRECT GO:0035115~embryonic forelimb morphogenesis 4 1

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：3540161