目的人腫瘤關(guān)聯(lián)鈣信號轉(zhuǎn)導(dǎo)因子2 （TACSTD2）在腫瘤形成過程中的促癌作用越來越受到重視。文中旨在采用生物信息學方法預(yù)測TACSTD2的分子結(jié)構(gòu)和生物學功能,為進一步研究TACSTD2的功能提供借鑒。方法獲取人源性TACSTD2基因mRNA和蛋白氨基酸序列,利用生物信息學方法分析TACSTD2蛋白開放閱讀框（ORF）、理化性質(zhì)、信號肽、亞細胞定位,預(yù)測TACSTD2蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域、蛋白修飾位點,最后預(yù)測TACSTD2蛋白的互作蛋白并進行相關(guān)的通路分析,及TACSTD2在人不同正常組織和腫瘤組織中的mRNA和蛋白表達水平。結(jié)果 TACSTD2的mRNA序列得到的ORF有12個,最長的ORF是ORF1,共972bp,可編碼323個氨基酸。TACSTD2蛋白親水性的氨基酸要多于疏水性的氨基酸,表明TACSTD2蛋白屬于親水性蛋白。TACSTD2是一種高度保守的堿性分泌蛋白,在胞質(zhì)內(nèi)外均有跨膜區(qū)。TACSTD2氨基酸序列存在核定位信號（nuclear localization signal,NLS）,提示TACSTD2可定位于細胞核。TACSTD2蛋白主要分布在細... 

【文章來源】：醫(yī)學研究生學報. 2020,33(06)北大核心

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【圖文】：

TACSTD2 mRNA在不同腫瘤中的分布

TACSTD2蛋白的脂肪指數(shù)為93.28,親水性的平均值為-0.228。TACSTD2蛋白最大的疏水性分值為3.8,親水性最大的數(shù)值為-2.3。圖1顯示TACSTD2蛋白親水性的氨基酸多于疏水性的氨基酸,表明TACSTD4蛋白屬于親水性蛋白。2.3 TACSTD2蛋白信號肽預(yù)測及蛋白質(zhì)定位

TACSTD2蛋白存在信號肽:剪切位點C 的最大值為0.846,位于31位氨基酸,綜合剪切位點Y 最大值為0.879,位于31位氨基酸,信號肽S 最大值為0.985,其預(yù)測的剪切點在1-30位氨基酸。S 平均值為0.913,能夠形成經(jīng)典的信號肽區(qū)域,說明TACSTD2蛋白是分泌蛋白且有信號肽。在第30-31位氨基酸殘基間C值最大,S值陡峭,Y值最高峰,預(yù)測為信號肽剪切位點。NLStradamus 工具預(yù)測結(jié)果顯示,TACSTD2氨基酸序列存在NLS,提示TACSTD2可定位于細胞核。見圖2。2.4 TACSTD2蛋白的亞細胞定位分析

【參考文獻】：
期刊論文
[1]新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患兒脂肪組織的表達及生物信息學分析[J]. 高春林,劉光陵,夏正坤,邱潔,高遠賦,樊忠民,伏潔,任獻國,徐敏,郭錫熔.  醫(yī)學研究生學報. 2011(02)
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本文編號：3452068