研究目的胰腺癌（Pancreatic adenocarcinoma,PAAD）是全球范圍內(nèi)惡性程度最高的消化道腫瘤之一,是所有惡性腫瘤中第四大死亡原因,5年生存率僅為5%。隨著醫(yī)療技術(shù)發(fā)展,雖然PAAD的診斷與治療得到了巨大的改善,但目前為止尚無(wú)治療PAAD的特效藥物。細(xì)胞周期蛋白依賴(lài)性激酶12（cyclin dependent kinase 12,CDK12）是轉(zhuǎn)錄相關(guān)的周期蛋白依賴(lài)性激酶之一,可使RNA聚合酶Ⅱ碳端氨基酸（carboxy terminal domain of RNA polymeraseⅡ,RNA pol II CTD）中的絲氨酸磷酸化,在多種腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中具有重要作用。本研究檢測(cè)了CDK12在胰腺癌細(xì)胞系和組織中的表達(dá)情況,分析了CDK12表達(dá)與PAAD患者臨床病理特征之間的相關(guān)性及CDK12表達(dá)水平對(duì)于PAAD患者生存預(yù)后的影響,旨在為PAAD患者的輔助診斷、靶向治療和患者預(yù)后生存的評(píng)估提供幫助。方法1生信學(xué)分析本研究通過(guò)HPA數(shù)據(jù)庫(kù)分析了人體各組織、細(xì)胞中CDK12的表達(dá)水平,隨后通過(guò)CCLE數(shù)據(jù)庫(kù)、GENT數(shù)據(jù)庫(kù)、GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析了人類(lèi)各腫瘤組織、細(xì)... 

【文章來(lái)源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：63 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

CDK12在人體各組織、細(xì)胞中表達(dá)水平的分析,紅色標(biāo)記部分為CDK12在胰腺組織、細(xì)胞中的表達(dá)情況

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文 CDK12 在胰腺癌中的表達(dá)及臨床病理學(xué)意義 多種腫瘤組織中高表達(dá), 這些腫瘤主要有乳腺癌(Breast invasive carcinoma, BRCA)、急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia, LAML)、胃腺癌(Stomach adenocarcinoma, STAD)等, 而在腎嫌色細(xì)胞癌(Kidney Chromophobe, KICH)、甲狀腺癌(Thyroid carcinoma, THCA)等腫瘤中 CDK12 呈低表達(dá)(如圖 3-2C, 3-2D, 3-2E)。CDK12 在 PAAD 組織中表達(dá)的中位數(shù)為 12.75, 在正常胰腺組織中表達(dá)的中位數(shù)為 5.29, 與正常胰腺組織相比, CDK12 在 PAAD 中的表達(dá)增加了 2.41 倍 (結(jié)果見(jiàn) 3-2E)。

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文CDK12在胰腺癌中的表達(dá)及臨床病理學(xué)意義18基因突變和CNAs分析,結(jié)果顯示CDK12蛋白中存在Pkinase結(jié)構(gòu)域之外的6個(gè)突變位點(diǎn)(如圖3-3A),CDK12在不同的數(shù)據(jù)集中存在不同的突變頻率,分別為4.35%(JHU),1.33%(TCGA),1.12%(TCGAPanCan2018),0.52%(QCMG2016)(如圖3-3Bi)。UTSW和TCGA數(shù)據(jù)分析顯示,PAAD患者中CDK12CNAs最多,主要表現(xiàn)為基因擴(kuò)增,約占4%~6%(如圖3-3Bii)。本研究還分析了168例TCGA,PanCancerAltas和149例TCGA,FirehoseLegacy的PAAD數(shù)據(jù)，結(jié)果顯示胰腺癌CNAs與CDK12的表達(dá)水平密切相關(guān)(單因素方差分析,p＜0.05)(圖3-3C)。圖3-3cBioPortal工具分析的CDK12在PAAD中基因突變和拷貝數(shù)變化情況。圖3-3A在組成CDK12蛋白的0-1490個(gè)氨基酸之間共檢測(cè)到6個(gè)突變點(diǎn)的改變,突變類(lèi)型和位置用棒狀圖標(biāo)注;圖3-3Bi柱狀圖表示PAAD中CDK12突變頻率,圖3-3Bii柱狀圖表示PAAD中CDK12基因拷貝數(shù)變化頻率;圖3-3C描述了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)PAAD中CDK12表達(dá)與拷貝數(shù)改變的相關(guān)性,淺缺失(SD)、二倍體突變(D)、獲得性突變(G)、擴(kuò)增(A)。3.1.3.2CDK12在PAAD組織中mRNA水平的改變本研究通過(guò)Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)分析了19項(xiàng)PAAD與正常胰腺組織CDK12mRNA表達(dá)差異性的研究,其中5項(xiàng)研究(GrutzmannPancreas,p=1.20E-2、LacobuzioPancreas,p=4.40E-2、SegaraPancreas,p=6.00E-3、BadeaPancreas,p=4.03E-7、PeiPancreas,p=2.15E-4)表明CDK12mRNA在PAAD組織中的表達(dá)顯著高于正常組織,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(如圖3-4Ai~v)。通過(guò)GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析了179例PAAD和171例正常胰腺組織中的CDK12mRNA表達(dá)情況,結(jié)果顯示與正常組織相比,PAAD組織中CDK12mRNA高表達(dá)(p＜0.05)(如圖3-4B)。通過(guò)UCSCXena數(shù)據(jù)庫(kù)我們分析了TCGA和GETX

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[5]ONCOMINE、cBioPortal和UCSC Xena的介紹,以EGFR為例[J]. 朱子清,李奇奇,趙曉娟,雷蕾.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(05)



本文編號(hào)：3451916