背景原發(fā)性肝細(xì)胞癌（HCC）是最常見的惡性腫瘤之一。目前,肝癌的分子機(jī)制尚不清楚。環(huán)狀RNA（或circ RNA）是一種單鏈RNA,與眾所周知的線性RNA不同,它形成共價(jià)閉合的連續(xù)環(huán),即在環(huán)狀RNA中,通常存在于RNA分子中的3’和5’末端連在一起,此功能賦予環(huán)狀RNA多種特性。最近,環(huán)狀RNA（circ RNA）的失調(diào)已被證明在癌癥發(fā)生和發(fā)展中具有重要的調(diào)節(jié)作用。然而,大多數(shù)circ RNA在肝細(xì)胞癌中的作用仍然未知。目的通過環(huán)狀RNA表達(dá)譜芯片分析肝癌和癌旁組織中的差異環(huán)狀RNA,并尋找在肝細(xì)胞癌發(fā)生和發(fā)展中有意義的circ RNA,探討其在HCC發(fā)生和發(fā)展過程中的具體機(jī)制,為HCC的診斷和治療提供新的思路。方法在本研究中,首先,通過circ RNA Microarray分析了6對(duì)肝癌與癌旁組織樣本。選取在肝癌組織中表達(dá)較高的環(huán)狀RNA進(jìn)行驗(yàn)證,并在24對(duì)肝癌與癌旁組織樣品中通過q PCR進(jìn)行驗(yàn)證上調(diào)的circ RNA。通過RNase R消化法、q PCR鑒定上調(diào)的circ RNA為環(huán)狀RNA。采用Kaplan-Meier統(tǒng)計(jì)學(xué)方法分析circ RNA與HCC生存預(yù)后的關(guān)系。其次,... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：155 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

RNA提取實(shí)驗(yàn)流程圖

浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果223實(shí)驗(yàn)結(jié)果3.1肝癌及癌旁組織的環(huán)狀RNA表達(dá)譜分析為了篩選到在肝癌中有意義的環(huán)狀RNA,我們選取了6對(duì)肝癌及癌旁組織用于環(huán)狀RNA的表達(dá)譜分析，通過差異分析我們發(fā)現(xiàn)315個(gè)表達(dá)上調(diào)的環(huán)狀RNA和113個(gè)表達(dá)下降的環(huán)狀RNA（圖1-1）。圖1-16對(duì)肝癌及癌旁組織中環(huán)狀RNA的表達(dá)譜差異分析3.2circ-CCT3（hsa_circ_0004680）在肝癌組織中高表達(dá)根據(jù)目前對(duì)環(huán)狀RNA的研究，大部分的研究還是針對(duì)腫瘤組織中的低表達(dá)的環(huán)狀RNA。為了探索高表達(dá)的環(huán)狀RNA在肝癌中的作用和機(jī)制，我們分析了在肝癌組織中的環(huán)狀RNA情況，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA來源于exonic、intronic和intragenic，其中大部分的環(huán)狀RNA主要是來源于外顯子剪切環(huán)化而成（圖1-2）。在肝癌中高表達(dá)組環(huán)狀RNA中，我們挑選了在肝癌組織中表達(dá)量較高的兩種環(huán)狀RNA，分別是hsa_circ_0004680和hsa_circ_0014717，在芯片結(jié)果中，它們?cè)诟伟┙M織中表達(dá)豐度較高，因此，我們選取這兩個(gè)環(huán)狀RNA作為研究目標(biāo)。我們通過qPCR實(shí)驗(yàn)，對(duì)24對(duì)肝細(xì)胞癌組織和癌旁組織進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，hsa_circ_0004680在肝癌組織中是高表達(dá)，具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(圖1-3b)。與癌旁組織相比，

浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果23hsa_circ_0014717在肝癌組織中并沒有升高(圖1-3a)，因此，我們選擇hsa_circ_0004680作為我們后續(xù)研究的目標(biāo)環(huán)狀RNA分子，并將其命名為circ-CCT3。為了進(jìn)一步驗(yàn)證circ-CCT3在肝癌組織中的表達(dá)情況，我們?cè)O(shè)計(jì)了針對(duì)circ-CCT3的FISH探針，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，circ-CCT3在肝癌組織中的表達(dá)確實(shí)高于癌旁組織（圖1-3c）。圖1-2測(cè)序結(jié)果顯示，在肝癌組織中高表達(dá)的環(huán)狀RNA來源于外顯子、內(nèi)含子和基因內(nèi)。圖1-3a環(huán)狀RNAhsa_circ_0014717在肝癌及癌旁組織中的表達(dá)沒有差異，p=0.2972。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Pro?ling and Validation of the Circular RNA Repertoire in Adult Murine Hearts[J]. Tobias Jakobi,Lisa F.Czaja-Hasse,Richard Reinhardt,Christoph Dieterich.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2016(04)
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