目的:探索腎透明細(xì)胞癌（Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵基因、分子標(biāo)志物及潛在的治療藥物。方法:從GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE68417,利用在線分析工具GEO2R基因差異表達(dá)分析,并從TCGA（The Cancer Genome Atlas）數(shù)據(jù)庫(kù)下載ccRCC的mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù),利用R軟件edgeR包分析獲得差異表達(dá)基因;通過(guò)Veen運(yùn)算取得2個(gè)數(shù)據(jù)集差異基因的交集,利用注釋數(shù)據(jù)庫(kù)、可視化數(shù)據(jù)庫(kù)、集成發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異基因進(jìn)行GO/KEGG（Gene Ontology/Kyoto Encyclopedia of genes and Genomes）富集分析,進(jìn)而來(lái)探索差異基因的相關(guān)分子通路,再利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape 3.7.2軟件MCODE插件分析獲得蛋白互作網(wǎng)絡(luò)及關(guān)鍵基因;分析關(guān)鍵基因與生存的相關(guān)性后,使用Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)及The Human Atlas數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因在mRNA及蛋白層面的表達(dá)差異驗(yàn)證;最后使用CMa... 

【文章來(lái)源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

鑒別差異表達(dá)基因注：A為GSE68417數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因火山圖，B為TCGA腎透明細(xì)胞癌數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因火山圖，C為GSE68417和TCGA差異基因的交集

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文EHF作為腎透明細(xì)胞癌診斷和預(yù)后標(biāo)志物的篩選及驗(yàn)證6圖2GO分析和十大重要途徑。a.BP分類的10條最重要的途徑免疫反應(yīng)：免疫應(yīng)答、免疫反應(yīng)調(diào)節(jié)、細(xì)胞表面受體信號(hào)通路、中性粒細(xì)胞趨化性、細(xì)胞黏附、趨化性、藥物代謝過(guò)程、細(xì)胞對(duì)腫瘤壞死因子的反應(yīng)、細(xì)胞增殖的正調(diào)控、細(xì)胞因子分泌的負(fù)調(diào)控。b.MF類別10個(gè)最有價(jià)值的注釋：細(xì)胞因子活性、G蛋白偶聯(lián)受體活性、趨化性子活性、序列特異性DNA結(jié)合、蛋白質(zhì)異二聚活性、轉(zhuǎn)錄激活劑活性、RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄因子活性、化學(xué)引誘物的活動(dòng)、半胱氨酸型內(nèi)肽酶抑制劑的活性、趨化因子受體的活動(dòng)。c.CC類別的10大重要條目：高密度脂蛋白顆粒、核小體、膜的組成成分、膠原三聚體、細(xì)胞表面、蛋白質(zhì)細(xì)胞外基質(zhì)、質(zhì)膜、質(zhì)膜的組成成分、細(xì)胞外間隙、細(xì)胞外區(qū)。表1KEGG的10大重要途徑TermGenesCountP-ValueCytokine-cytokinereceptorinteractionCSF3,CCL3,IL21R,FASLG,IFNW1,CD70,CXCR3,CCL5,CXCL11,CCL4,TNFRSF4,IL10,CCL27,CXCL10,IL12RB2,CCL23,IFNA6,IFNE,IFNG,TNFRSF18,CSF3R,IFNA8,IFNK,CD27,EPO,IL4,IL3,IL2RB,TNFRSF13B,TNFRSF17,EDA2R,CCL4L2,CCL18,INHBB,TNFRSF9,CCR8,AMH,CCR6,TNFSF13B,CCR5,INHBE,CXCL13,BMPR1B,BMP7,EDA,XCL1,XCL2472.73E-06**

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文EHF作為腎透明細(xì)胞癌診斷和預(yù)后標(biāo)志物的篩選及驗(yàn)證8件對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析得17個(gè)子網(wǎng)絡(luò)，其中14個(gè)子網(wǎng)絡(luò)中存在“seedgene”，故得到14個(gè)關(guān)鍵基因。以TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源數(shù)據(jù)基因表達(dá)為判定標(biāo)準(zhǔn)，其中7個(gè)上調(diào)基因，7個(gè)下調(diào)基因。結(jié)果見(jiàn)圖3。圖3蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)鍵基因的篩選（A）DEGs的PPI網(wǎng)絡(luò)，其中橙色節(jié)點(diǎn)表示上調(diào)，藍(lán)色節(jié)點(diǎn)表示下調(diào)基因。（B）MCODE插件分析得到14個(gè)seedgene，稱為關(guān)鍵基因，圖中加粗的基因與預(yù)后相關(guān)。3.4關(guān)鍵基因與預(yù)后的關(guān)系對(duì)14個(gè)關(guān)鍵基因進(jìn)行K-M生存分析，其中八個(gè)基因與預(yù)后顯著相關(guān)（圖4）。分別是EHF、ATP6V1C2、GPD1L、DAO、FCER1G、C1QA、FCGR2B和SLC30A2。可用作ccRCC的預(yù)后標(biāo)志物。圖4關(guān)鍵基因與預(yù)后的關(guān)系

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Epigenomics of clear cell renal cell carcinoma: mechanisms and potential use in molecular pathology[J]. Tianying Xing,Huiying He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2016(01)



本文編號(hào)：3287735