實(shí)驗(yàn)背景:在全部惡性腫瘤中,食管癌的發(fā)病率排名第8位,其死亡率排名第6位。在我國(guó),食管鱗癌占食管癌發(fā)病總數(shù)的90%以上。盡管目前食管鱗癌的分子機(jī)制研究已取得了很大進(jìn)步,食管鱗癌的總體預(yù)后仍然很差。超級(jí)增強(qiáng)子可以驅(qū)動(dòng)控制細(xì)胞身份的基因的表達(dá),在干細(xì)胞發(fā)育和腫瘤等疾病發(fā)生過(guò)程中起到重要作用。許多腫瘤細(xì)胞的關(guān)鍵致癌基因是由超級(jí)增強(qiáng)子驅(qū)動(dòng)的。超級(jí)增強(qiáng)子在關(guān)鍵致癌基因的鑒定、疾病關(guān)聯(lián)變異位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)等領(lǐng)域顯示了巨大的應(yīng)用潛力。實(shí)驗(yàn)?zāi)康?借助食管鱗癌超級(jí)增強(qiáng)子圖譜,尋找和食管鱗癌發(fā)病、預(yù)后相關(guān)的超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)癌基因。實(shí)驗(yàn)方法:獲取食管鱗癌細(xì)胞系TE7和KYSE510的超級(jí)增強(qiáng)子譜,利用本實(shí)驗(yàn)室已發(fā)表的食管鱗癌mRNA表達(dá)數(shù)據(jù),分析食管鱗癌特異超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因在腫瘤組織與癌旁組織中的表達(dá)情況,篩選出在腫瘤組織與癌旁組織中差異表達(dá)的食管鱗癌特異超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因。通過(guò)多因素Cox回歸分析篩選可預(yù)測(cè)預(yù)后的超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因。實(shí)驗(yàn)結(jié)果:本實(shí)驗(yàn)篩選出食管鱗癌特異超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)蛋白編碼基因共162個(gè)。162個(gè)基因在腫瘤組織和癌旁組織中的平均表達(dá)水平均顯著高于非超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因（p<0.001）。在食管... 

【文章來(lái)源】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

目已dpana比.二t,習(xí)a口by3朗f8,486by

級(jí)增強(qiáng)子的標(biāo)準(zhǔn)認(rèn)為超級(jí)增強(qiáng)子應(yīng)該滿(mǎn)足以下條件：①位于基因組上的ＤＮＡ酶Ｉ??的超敏感位點(diǎn)；②具有和增強(qiáng)子一樣的表觀(guān)標(biāo)記，即Ｈ３Ｋ４ｍｅｌ、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３和??Ｈ３Ｋ２７ａｃ等；③與轉(zhuǎn)錄中介復(fù)合物中的蛋白具有高密度的結(jié)合［１１］。??具體的鑒定方法為利用染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序技術(shù)（Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ??ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ?ｆｏｌｌｏｗｅｄ?ｂｙ?ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＣｈＩＰ－ｓｅｑ）石角定活ｆ生增弓雖??子位點(diǎn)。之后對(duì)所得增強(qiáng)子進(jìn)行縫合。在基因組范圍內(nèi)，如這些單個(gè)增強(qiáng)子實(shí)體間??距在１２．５ｋｂ范圍內(nèi)，則合并為單個(gè)實(shí)體，及縫合增強(qiáng)子（Ｓｔｉｔｃｈｅｄ?ｅｎｈａｎｃｅｒ）。最后對(duì)??將所有增強(qiáng)子和縫合增強(qiáng)子按照ＣｈＩＰ－ｓｅｑ測(cè)得的標(biāo)記分子信號(hào)強(qiáng)度進(jìn)行排序，繪制??成曲線(xiàn)圖。該曲線(xiàn)上斜率為１的切線(xiàn)的切點(diǎn)位置的標(biāo)記分子信號(hào)值為分界線(xiàn)，高??于該值為超級(jí)增強(qiáng)子，其余的則稱(chēng)為普通增強(qiáng)子（丁＞＾）＾１６１１１１〇１＾１〇［１２］。２０１３年１＾１＾２??等人進(jìn)一步分析了增強(qiáng)子的其他分子標(biāo)記是否能夠應(yīng)用于超級(jí)增強(qiáng)子的鑒定，結(jié)果??顯示Ｈ３Ｋ２７ａｃ為鑒定超級(jí)增強(qiáng)子的最佳選擇，并在８６種人類(lèi)細(xì)胞中建立了超級(jí)增??強(qiáng)子圖譜［１３］［１３］。??

圖４食管鱗癌超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因顯著富集ＧＯ柱狀圖（生物過(guò)程）??Ｇ０：０００５６３４￣ｎｕｃｌｅｕｓ?￡?＿??ＧＯ：（）（）（）５７３７－ｃｖｉｏｐｌａｓｍ??Ｃｊ〇：００７００６２－ｃｘｉｒａｃｃｌｌｕｌａｒ?ｃｘｏｓｏｎｉｃ?＿?ｌｏｇ?ｉｕ（?Ｐ?．ｖ’ａ?ｌｕｅ）??國(guó)８??ＧＯ：０（龍Ｈ?６??００：０００５６１５－ｅｘｔｒａｃｃｌｌｕｌａｒ?ｓｐａｃｅ?＾??００：０００５９２５＇?ｆｏｃａｌ?ａｄｈｅｓｉｏｎ?２??Ｇ０：０００５９１３￣ｃｅｌｌ－ｃｅｌｌ?ａｄｈｅｒｅｎｓ?ｊｕｎｃｔｉｏｎ??Ｇ０：０００５７９４？Ｇｏｌｇｉ?ａｐｐａｒａｍｓ??Ｇ０：００４３２３１￣ｉｎｔｒａｃｅｉｌｕｌａｒ?ｍｅｍｂｒａｎｅ－ｂｏｕｎｄｅｄ?ｏｒｇａｎｅｌｌｅ?Ｂ｜Ｂ??Ｇ０：０００９９８６￣ｃｅｉｌ?ｓｕｒｆａｃｅ?－ｆｌＨＨ??．


本文編號(hào)：2939591