microRNA-106在胃癌中的診斷作用及其功能的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2020-07-22 10:06
【摘要】:目的:近年來,越來越多的證據(jù)表明,microRNA-106(miR-106)可能是胃癌診斷中的一種無創(chuàng)、經(jīng)濟的生物標(biāo)志物。然而,研究間的不一致結(jié)果阻礙了其在臨床實踐中的應(yīng)用。因此,我們進行了全面的meta分析,評價了用于胃癌診斷的miR-106和miR-106相關(guān)組合標(biāo)志物的診斷效能。同時,我們也對miR-106在系統(tǒng)生物學(xué)水平上的功能進行了全面的生物信息學(xué)分析。方法:基于 PubMed、EMbase、Web of Science 和 Cochrane Library 等數(shù)據(jù)庫,檢索公開發(fā)表的評價miR-106與胃癌診斷相關(guān)的文獻(xiàn)。由2名研究者按納入和排除標(biāo)準(zhǔn)獨立選擇文獻(xiàn)、提取資料和評價質(zhì)量。應(yīng)用STATA(14.0版本)和Meta-DiSc(1.4版本)統(tǒng)計軟件進行分析。此外,我們通過對miR-106的靶基因進行基因本體論和KEGG通路分析,構(gòu)建miR-106靶基因的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),鑒定網(wǎng)絡(luò)節(jié)點基因和重要模塊等生物信息學(xué)方法探討miR-106系統(tǒng)生物學(xué)層面上的功能,探究它們與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。結(jié)果:我們的研究最終納入了 10篇已發(fā)表的文章,包括12個單獨針對miR-106的研究和5個針對miR-106相關(guān)組合標(biāo)志物的研究。研究結(jié)果表明單獨miR-106對胃癌診斷的敏感性為0.71(95%CI:0.65-0.76),特異性為0.82(0.72-0.88),AUC(曲線下面積)值為0.80(0.76-0.83)。特別的是miR-106相關(guān)組合標(biāo)志物提高了聯(lián)合診斷效能,其敏感性、特異性和 AUC 分別為 0.78(0.65-0.87)、0.83(0.77-0.89)和 0.88(0.85-0.90)。亞組分析表明,樣本類型和樣本大小可能影響診斷的準(zhǔn)確性。此外,我們搜集了miR-106的靶基因,通過基因本體論和KEGG通路分析揭示了它們與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。從miR-106靶基因構(gòu)建的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中鑒定出了關(guān)鍵的節(jié)點基因和重要的網(wǎng)絡(luò)模塊,發(fā)現(xiàn)它們也與胃癌的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)。結(jié)論:miR-106可能作為診斷胃癌的生物標(biāo)志物,并且miR-106相關(guān)組合生物標(biāo)志物可能為臨床應(yīng)用提供新的選擇。
【學(xué)位授予單位】:蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:R735.2
【圖文】:
關(guān)于miR-106相關(guān)組合標(biāo)志物的診斷價值,共納入了邋4篇文獻(xiàn)的5項研究,包括逡逑322名患者和263名對照。樣本來源均為血清(n=5)。所有研究均采用定量實時聚合酶逡逑鏈反應(yīng)(qRT-PCR)檢測miR-106及相關(guān)聯(lián)合標(biāo)志物的表達(dá)水平。詳細(xì)情況見表1和表逡逑2。納入研究的質(zhì)量評估表明,總體而言,這些研宄的質(zhì)量從中等質(zhì)量到高質(zhì)量,這逡逑將提高我們分析的可靠性。逡逑
3邋Meta分析結(jié)果逡逑microR-106在胃癌中的診斷價值逡逑如森林圖所示(圖2A和2B),我們觀察到個體研究之間存在顯著的異質(zhì)性,敏感逡逑性方面邋Q邋值為邋31.46邋(P<邋0.001邋),邋I2邋值為邋65.04邋%邋(95邋%邋C1,43.54-86.53邋),特異性邋Q逡逑值為邋94.70邋(P<0.001),I2邋值為邋88.38邋%邋(95邋%邋CI,邋83.04-93.72邋)。因此,本研究使用逡逑隨機效應(yīng)模型來評估合并結(jié)果?傮w而言
0.36表明,如果miR-106為陰性,則胃癌患者的預(yù)期比例為36邋%。診斷比值比表明,逡逑被診斷為胃癌陽性且miR-106高表達(dá)的人實際患胃癌的可能性是胃癌實際陰性的人逡逑的10.84倍。最后,我們繪制了邋SROC曲線(圖3A),并計算了相應(yīng)的AUC值,為0.80逡逑(0.76-邋0.83邋),表明本研究的總體診斷準(zhǔn)確性為中等。逡逑A邐B逡逑StodyM邐SEWSmVITY邋{95%邋a)邐Siudyid邐SFEClPJCrTY邋{35%邋Cl)逡逑Yuan?al/2017邐-n-邐0邋77邋{0邋£6邋-邋0.91]邐Yuan邋et邋卻2017邐-?-;邐0.W邋[0.48邋-邋0邋78]逡逑Yuan邋et邋al/2017邐C邋S2{044-0邋78]邐YuanKal^017邐0邋64邋[0邐-邋0邋83]逡逑Li邋et邋al;*2C17邐;■?:邋0.8S邋{0.75邋-邋0邋93j邐LiKa^DI?邐0邋92邋[0邋83邋-邋0.97]逡逑Wang邋?t邋al^CIT邐0邋63邋[0.£4邋-邋0邋71j邐Wang邋e:邋ai^01?邐?邐089邋[0邋80邋-邋0.94]逡逑Hou邋?t邋af/2C15邐f邋0.77邋[0.6S邋?邋0-8#?邐Hou邋et邋al/2016邐j-se邋0.94邋[0.85邋-邋0.98]逡逑Zeng邋et邋al
本文編號:2765673
【學(xué)位授予單位】:蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:R735.2
【圖文】:
關(guān)于miR-106相關(guān)組合標(biāo)志物的診斷價值,共納入了邋4篇文獻(xiàn)的5項研究,包括逡逑322名患者和263名對照。樣本來源均為血清(n=5)。所有研究均采用定量實時聚合酶逡逑鏈反應(yīng)(qRT-PCR)檢測miR-106及相關(guān)聯(lián)合標(biāo)志物的表達(dá)水平。詳細(xì)情況見表1和表逡逑2。納入研究的質(zhì)量評估表明,總體而言,這些研宄的質(zhì)量從中等質(zhì)量到高質(zhì)量,這逡逑將提高我們分析的可靠性。逡逑
3邋Meta分析結(jié)果逡逑microR-106在胃癌中的診斷價值逡逑如森林圖所示(圖2A和2B),我們觀察到個體研究之間存在顯著的異質(zhì)性,敏感逡逑性方面邋Q邋值為邋31.46邋(P<邋0.001邋),邋I2邋值為邋65.04邋%邋(95邋%邋C1,43.54-86.53邋),特異性邋Q逡逑值為邋94.70邋(P<0.001),I2邋值為邋88.38邋%邋(95邋%邋CI,邋83.04-93.72邋)。因此,本研究使用逡逑隨機效應(yīng)模型來評估合并結(jié)果?傮w而言
0.36表明,如果miR-106為陰性,則胃癌患者的預(yù)期比例為36邋%。診斷比值比表明,逡逑被診斷為胃癌陽性且miR-106高表達(dá)的人實際患胃癌的可能性是胃癌實際陰性的人逡逑的10.84倍。最后,我們繪制了邋SROC曲線(圖3A),并計算了相應(yīng)的AUC值,為0.80逡逑(0.76-邋0.83邋),表明本研究的總體診斷準(zhǔn)確性為中等。逡逑A邐B逡逑StodyM邐SEWSmVITY邋{95%邋a)邐Siudyid邐SFEClPJCrTY邋{35%邋Cl)逡逑Yuan?al/2017邐-n-邐0邋77邋{0邋£6邋-邋0.91]邐Yuan邋et邋卻2017邐-?-;邐0.W邋[0.48邋-邋0邋78]逡逑Yuan邋et邋al/2017邐C邋S2{044-0邋78]邐YuanKal^017邐0邋64邋[0邐-邋0邋83]逡逑Li邋et邋al;*2C17邐;■?:邋0.8S邋{0.75邋-邋0邋93j邐LiKa^DI?邐0邋92邋[0邋83邋-邋0.97]逡逑Wang邋?t邋al^CIT邐0邋63邋[0.£4邋-邋0邋71j邐Wang邋e:邋ai^01?邐?邐089邋[0邋80邋-邋0.94]逡逑Hou邋?t邋af/2C15邐f邋0.77邋[0.6S邋?邋0-8#?邐Hou邋et邋al/2016邐j-se邋0.94邋[0.85邋-邋0.98]逡逑Zeng邋et邋al
【參考文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前2條
1 Qinghai Zeng;Cuihong Jin;Wenhang Chen;Fang Xia;Qi Wang;Fan Fan;Juan Du;Yihang Guo;Changwei Lin;Kaiyan Yang;Jingjing Li;Xiaowei Peng;Xiaorong Li;Ke Cao;;Downregulation of serum mi R-17 and mi R-106b levels in gastric cancer and benign gastric diseases[J];Chinese Journal of Cancer Research;2014年06期
2 Gerasimos Socrates Christodoulatos;Maria Dalamaga;;Micro-RNAs as clinical biomarkers and therapeutic targets in breast cancer:Quo vadis?[J];World Journal of Clinical Oncology;2014年02期
本文編號:2765673
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