【摘要】：目的:經(jīng)過分析數(shù)據(jù)庫中血清/血漿miRNAs芯片數(shù)據(jù),得到NSCLC差異表達miRNAs。經(jīng)過對差異miRNAs進行生物信息學(xué)分析,得到預(yù)測的靶基因并進行GO分析和Pathway分析。經(jīng)過對NSCLC患者和健康對照人群的血液樣本及臨床信息進行收集,驗證候選miRNAs差異表達并分析差異miRNAs與臨床指標的關(guān)系。方法:1.運用Pubmed、GEO、ArrayExpress這3個數(shù)據(jù)庫進行文獻檢索,得到符合納入標準的文獻,收集每篇研究中的miRNAs芯片數(shù)據(jù)并將差異miRNAs根據(jù)上調(diào)、下調(diào)分為2類。通過R語言運用RRA方法(FDR＜0.05),得到篩選后的上調(diào)和下調(diào)miRNAs。2.將篩選的差異miRNAs在TargetScan、PicTar、miRDB、miRanda、Tarbase數(shù)據(jù)庫進行靶基因預(yù)測,得到全部的靶基因。3.將得到的靶基因在GeneCodis網(wǎng)絡(luò)工具在線進行GO通路分析、Panther通路分析和Kegg通路分析。4.收集符合納入標準的NSCLC患者及健康對照人群的血清樣本,提取血清miRNAs,逆轉(zhuǎn)錄cDNA并進行qRT-PCR,以獲得每個研究對象中每種miRNA的相對表達水平。5.分析NSCLC患者的TNM分期與呼吸腫瘤標志物的秩相關(guān)關(guān)系。6.比較NSCLC組和健康對照組候選miRNAs的表達,并分析差異miRNAs與臨床病理類型、腫瘤大小、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移情況、TNM分期的關(guān)系。7.對差異miRNAs進行ROC分析。8.對差異miRNAs進行K-M生存分析。9.對差異miRNAs進行Cox回歸分析。結(jié)果:1.通過檢索,有12篇文獻符合研究的納入標準。2.通過RRA方法,篩選得到5個上調(diào)表達的miRNAs和27個下調(diào)表達的miRNAs。根據(jù)FDR值的大小,在27個下調(diào)的miRNAs中選擇前4種下調(diào)的miRNAs。5個上調(diào)的miRNAs(miR-1228-3p,miR-1228-5p,miR-133a-3p,miR-1273f,miR-545-3p)和 4 個下調(diào)的 miRNAs(miR-181a-5p,miR-26b-5p,miR-361-5p,miR-130a-3p)進行后續(xù)的靶基因預(yù)測,通路分析和qRT-PCR驗證。3.將9個差異miRNAs于在線數(shù)據(jù)庫中進行靶基因預(yù)測,獲得8110個靶基因,去除108個重復(fù)的靶基因,最終獲得8002個靶基因。4.將預(yù)測的8002個靶基因進行GO通路分析和Panther通路分析和Kegg通路分析。GO通路分析分為生物過程、細胞組分和分子功能三個部分,靶基因在這3部分富集數(shù)目最多的分別是轉(zhuǎn)錄調(diào)控,DNA依賴性(G0:0006355:regulation of transcription,DNA-dependent);細胞核(G0:0005634:nucleus)和蛋白結(jié)合(G0:0005515:protein binding)。靶基因數(shù)目富集最多的Kegg pathway 分析、Panther pathway 分析分別是癌癥途徑(Pathways in cancer)、Wnt 信號通路(Wnt signaling pathway)。5.NSCLC的TNM分期與癌胚抗原、鱗狀細胞癌抗原、細胞角蛋白19、癌抗原125、血清唾液酸進行秩相關(guān)分析,相關(guān)系數(shù)r分別為 0.408,0.294,0.481,0.436,0.474,P值分別為 0.003,0.038,0.000,0.002,0.001,即 NSCLC 的分期與 CEA、SCC、CYFRA21-1、CA125、SA 之間存在正相關(guān)關(guān)系。6.將候選的miRNAs進行qRT-PCR驗證,上調(diào)的miRNAs中miR-1228-3p(P =0.006),miR-1228-5p(P=0.8678),miR-133a-3p(P=0.0431),miR-1273f(P=0.0996),miR-545-3p(P=0.0473)。下調(diào)的 miRNAs 中 miR-181a-5p(P=0.0298),miR-26b-5p(P=0.5542),miR-361-5p(P=0.0066),miR-130a-3p(P=0.5880)。即候選的9種miRNAs在臨床驗證時有5種miRNAs為差異表達。7.分析腺癌組和健康對照組9種miRNAs的表達,結(jié)果顯示,miR-1228-3p(P=0.0092),miR-181a-5p(P=0.0315),miR-361-5p(P=0.0287),即 miR-1228-3p,miR-181a-5p和miR-361-5p是腺癌的差異miRNAs。8.鱗癌組和健康對照組的分析顯示,miR-545-3p的P值為0.0315,其他miRNAs的P值均大于0.05。即miR-545-3p是鱗癌的差異miRNA。9.MiR-181a-5p在健康對照組和I期NSCLC組比較(p=0.0279),即miR-181a-5p在NSCLC的早期就出現(xiàn)了表達量的改變。10.5種差異miRNAs進行ROC分析,單個miRNA中,AUC面積最大的是miR-1228-3p,AUC為0.685;多種miRNAs聯(lián)合中,AUC面積最大的是2種miRNAs 聯(lián)合,即 miR-1228-3p 聯(lián)合 miR-181a-5p,其 AUC 面積為 0.711。11.對50名NSCLC患者進行5種差異miRNAs的K-M生存分析,上調(diào)的miR-1228-3p和下調(diào)的miR-181a-5p的Log-rank檢驗的P值均為0.0407,即miR-1228-3p高表達和miR-181a-5p低表達的NSCLC患者中位生存期更短。12.MiR-1228-3p的HR為1.487,提示miR-1228-3p的高表達是NSCLC患者中位生存期的危險因素。結(jié)論:1.MiR-181a-5p對于NSCLC的早期診斷有重要意義。MiR-1228-3p聯(lián)合miR-181a-5p對于NSCLC有一定的診斷效能。2.MiR-1228-3p高表達和miR-18]a-5p低表達的NSCLC患者中位生存期更短。MiR-1228-3p的高表達是NSCLC患者中位生存期的危險因素。
【學(xué)位授予單位】：山東大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R734.2
【圖文】：

圖９上調(diào)ｍｉＲＮＡｓ預(yù)測的靶基因交集逡逑５１逡逑

圖１０下調(diào)ｍｉＲＮＡｓ預(yù)測的靶基因交集逡逑

圖１１祀基因的Ｋｅｇｇ邋Ｐａｔｈｗａｙ分析和Ｐａｔｈｅｒ邋Ｐａｔｈｗａｙ分析逡逑注：橫坐標表示靶基因富集的數(shù)目逡逑

【參考文獻】

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 劉瀟;慢性阻塞性肺疾病差異表達microRNAs及其臨床意義[D];山東大學(xué);2017年

本文編號：2756012