【摘要】：目的:探討miR-191啟動(dòng)子甲基化狀態(tài),及miR-191啟動(dòng)子甲基化狀態(tài)作為非小細(xì)胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)預(yù)后分析等檢測(cè)指標(biāo)的可能性。方法:通過生物信息學(xué)網(wǎng)站對(duì)miR-191啟動(dòng)子區(qū)甲基化狀態(tài)預(yù)測(cè),并從TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫下載484例LUAD(lung adenocarcinoma,肺腺癌)以及397例LUSC(Lung squamous cell carcinoma,肺鱗癌)患者的甲基化芯片數(shù)據(jù)(Illumina Human Methylation 450 lvl-3)和相應(yīng)臨床信息,分析位于mi R-191啟動(dòng)子區(qū)甲基化狀態(tài)是否有差異性,并比較低甲基化組與高甲基化組間年齡、性別、TNM分期、預(yù)后等的差異。收集128例NSCLC術(shù)后組織和對(duì)應(yīng)癌旁組織,選擇最具有特異性的甲基化位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物,用甲基化特異性PCR(Methylation-Specific PCR,MSP)檢測(cè)NSCLC和癌旁組織中mi R-191啟動(dòng)子甲基化水平,并分析miR-191啟動(dòng)子甲基化水平與性別、年齡、分化程度、TNM分期、組織類型、預(yù)后等之間的關(guān)系。結(jié)果:生物信息學(xué)結(jié)果顯示miR-191啟動(dòng)子區(qū)存在CpG島。分析TCGA數(shù)據(jù)庫的芯片數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn),在LUAD及LUSC中,miR-191啟動(dòng)子區(qū)cg17217654位點(diǎn)甲基化水平顯著低于正常肺組織(P0.001),并且miR-191啟動(dòng)子甲基化水平與患者的TNM分期相關(guān),分期較晚的患者甲基化水平更低(P=0.025),生存分析顯示在LUAD組及LUSC組中mi R-191啟動(dòng)子低甲基化水平的患者總生存期(P=0.0116)更短。根據(jù)cg17217654位點(diǎn)所設(shè)計(jì)的引物可以擴(kuò)增出特異性的條帶,擴(kuò)大樣本至128例后發(fā)現(xiàn)128例NSCLC標(biāo)本中有57例發(fā)生甲基化,甲基化率為44.5%,128例正常肺組織標(biāo)本中有105例發(fā)生甲基化,甲基化率為82.0%。肺癌組織和正常肺組織間miR-191啟動(dòng)子甲基化率進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ~2=38.733,P=0.000),其甲基化水平與組織分化程度、患者TNM分期相關(guān)(P0.05),而與性別、年齡、組織類型等無明顯相關(guān)性(P0.05),生存分析顯示mi R-191啟動(dòng)子低甲基化水平的患者總生存期更短(P=0.0139)。結(jié)論:miR-191啟動(dòng)子的甲基化在NSCLC發(fā)生發(fā)展中扮演著至關(guān)重要的角色,其中,肺癌組織中mi R-191啟動(dòng)子區(qū)的甲基化水平顯著低于癌旁組織,且低甲基化水平的患者TNM分期更晚、總生存期更短。MSP結(jié)果顯示,肺癌組織的甲基化率顯著低于癌旁組織,非甲基化患者的組織分化程度更低、TNM分期更晚;相較于甲基化組患者,非甲基化組的患者總生存期更短。本次研究成功篩選出特異性的甲基化位點(diǎn)并驗(yàn)證,且該位點(diǎn)的甲基化與患者的TNM分期以及預(yù)后相關(guān)。這些結(jié)果表明,miR-191啟動(dòng)子的甲基化異�？赡軈⑴c了NSCLC的發(fā)生發(fā)展過程。
【圖文】：

其中包含了 27k 平臺(tái)的 90%位點(diǎn)，并且同時(shí)能保證單堿基的精度。40k 平臺(tái)采用了 Infinium I（InfI）和 Infinium II（InfII）兩種化學(xué)檢測(cè)法，者占 28.1%（n=135501 個(gè)），后者占 71.9%（n=350076 個(gè)）[23,24]。InfI 使了兩個(gè)探針來檢測(cè)單個(gè)甲基化位點(diǎn)：一個(gè)甲基化的（methylated）M 型磁和一個(gè)未甲基化的（unmethylated）U 型磁珠。DNA 在經(jīng)過重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)之后，發(fā)生了甲基化的胞嘧啶仍然是 C 堿基，而沒有發(fā)生甲基化的胞嘧則變成了 T 堿基。用來檢測(cè)甲基化位點(diǎn)的 M 型磁珠探針的 3’末端為 G 堿，而 U 型磁珠 3’末端為 A 堿基，用以檢測(cè)未甲基化位點(diǎn)。當(dāng) DNA 的胞啶發(fā)生甲基化時(shí)，可與 M 磁珠配對(duì)，熒光標(biāo)記的核苷酸摻入后延伸，可檢測(cè)到熒光信號(hào)，此時(shí) M 磁珠發(fā)光。如果 DNA 胞嘧啶沒有被甲基化，與 U 磁珠配對(duì)，延伸后 U 磁珠發(fā)光。

圖 1.1 miR-191 啟動(dòng)子區(qū) CpG 島的預(yù)測(cè)及各 CpG 位點(diǎn)陰影部分為 CpG 島Fig 1.1 Prediction of CpG islands in miR-191 promoter region and CpG sitesThe shadow area is CpG Island2.2 miR-191 及各甲基化芯片探針位點(diǎn)miR-191 啟動(dòng)子區(qū)共有 15 個(gè)甲基化芯片探針位點(diǎn)，去除 2 個(gè)數(shù)據(jù)有缺失的位點(diǎn)，，將各甲基化探針位點(diǎn)標(biāo)注在下圖中（附錄 1）。
【學(xué)位授予單位】：廣西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R734.2

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 Jae Yun Lim;Sun Och Yoon;So-Young Seol;Soon Won Hong;Jong Won Kim;Seung Ho Choi;Ju-Seog Lee;Jae Yong Cho;;Overexpression of miR-196b and HOXA10 characterize a poor-prognosis gastric cancer subtype[J];World Journal of Gastroenterology;2013年41期

本文編號(hào)：2668702